為了防范禁衛軍水師從秦淮河再次進攻，袁崇煥抽調了足足三萬軍隊，在江東門到秦淮河之間修筑了多達三處營壘，并在距離秦淮河的營壘中設置炮臺，抽調火炮近百門，用以封鎖秦淮河水面。
袁崇煥軍中本就有火炮，又從外城各城門繳獲不少火炮，都搬運到了炮臺。
為了修筑營壘炮臺，下令拆了外城多處宅院，其中不少宅院屬于剛剛投效袁崇煥的勛貴或士紳，不過這些宅院主人都表示理解和支持。畢竟若是袁崇煥失敗，這些剛剛投效的勛貴也沒有好下場，相反若是袁崇煥成功攻占整個南京，扶持朱由崧登基，他們得到的好處遠不止幾座宅院。
袁崇煥動作很快，修筑炮臺搬運火炮只用了兩天時間。李彥直得到消息再次派兵乘船來襲時，在秦淮河中的船隊遭到了猛烈的炮火襲擊，一艘江船被擊沉，兩艘江船被重創，士兵損失數十人，眼看再繼續向前損失太大，領兵的張煌言果斷下令撤兵。
不過李彥直水師火炮數量更多威力更大，其中光是紅夷大炮就有百門之多，比拼火力絲毫不怕！李彥直下令，把紅夷大炮從海船上卸下二十余門，運到距離反賊營壘兩里處，準備對反賊炮臺展開反攻。
反賊的火炮大都是普通的佛郎機、碗口銃、虎蹲炮，有些甚至是洪武年間的火炮，無論射程還是威力都遠不如紅夷大炮。雙方炮戰結果將可想而知。
但即便是紅夷大炮，命中率也低得可憐，炮戰必然耗費時日，并非短時間能夠出現結果。
除了設置營壘炮臺封鎖禁衛軍水師襲擾路線以外，袁崇煥把主要精力放在了經略外城、準備攻城事宜上。
南京內城太過堅固，袁崇煥并沒有急著攻城，而要做好充足的準備。
在張溥錢謙益的支持下，整個外城的士紳士子都被動員了起來，再加上投效的勛貴們，大半個南京城的上層都選擇了支持袁崇煥。
袁崇煥也選擇了充分放權，大量任用投效的士子士紳勛貴，同時下了一道命令，外城所有人家都必須出男丁編入鄉勇，用以協助大軍攻城。
雖然南京的大部分人口都在內城，但外城仍生活著四五十萬人，把男丁都征召起來得到七八萬鄉勇完全沒有問題。
而不止是南京外城，張溥等投效的士子被袁崇煥代表監國朱由崧任命為使者，分別派往南京周邊的寧國、太平、徽州、池州等府，掌管周邊各府的同時，抽調人力物力支援南京城。
復社、東林黨在江南士林中影響非常大，江南各府士紳的力量也比北方省份大的太多，而江東四府士紳的遭遇早讓其他府縣士紳心驚不已，生怕皇帝也來均田釋奴，故說動各府士紳支持靖難軍完全沒有問題！即便地方官府不愿造反，但各府是士紳們的天下，相對于士紳們來說，官府的力量太過薄弱。
果然，當張溥等人到達各府之后，各府士紳官員紛紛表示支持靖難軍，支持監國朱由崧。其后，張溥等人在各府同樣征召了鄉勇，然后士紳們募集了大量錢糧物質，連同鄉勇一起送到南京，使得袁崇煥手中的實力越來越強大。
與此同時，袁崇煥也沒閑著，發動手中軍隊和外城鄉勇，開始做攻城的準備。
征召了外城所有鐵匠木匠，開始打造云梯、撞門錘、呂公車等攻城器械。同時每日都派大量人手去填護城河。
秦淮河繞南京西南而過，但卻沒有經過南京城東，城東的護城河還是挖掘的護城河，遠沒有秦淮河那么寬闊。
秦淮河太寬，想填平太困難，袁崇煥便把攻城的方向放在了東北兩面，特別是城東，從朝陽門到正陽門之間這段城墻，最是適合。
袁崇煥一聲令下，動員了數萬鄉勇填壕，楯車的掩護下，用了十數日時間，填平了七八里長的護城河。為此也付出了數千鄉勇傷亡的代價，幸好洪承疇手中兵力太少，能動用的火銃火炮數量不足，否則傷亡會更大。
填平壕溝后，就可以開始著手攻城了，若是有威力巨大的紅夷大炮的話，完全可以憑借火炮轟塌城墻，攻城將會變得非常容易。但是袁崇煥手中雖然有很多火炮，紅夷大炮卻是一門也沒有。想憑普通的火炮轟塌堅固的南京城墻實在太難。
沒法火炮攻城，只能用原始的攻城方法。袁崇煥曾當過遼東巡撫，曾受過寧遠城，對守城非常熟悉，能守者自然能攻，對如何攻城也知道很多。
自古以來，攻城戰都是最殘酷的戰斗，往往會耗費很多時日，甚至有圍城長達數年仍無法攻克者。但袁崇煥知道，自己并沒有那么多的時間用來攻城，必須趕到精銳邊軍到達以前拿下南京城。否則一旦崇禎抽調鎮守邊疆的禁衛軍南下，哪怕手中有數十萬大軍，恐也不是禁衛軍的對手。
填平護城河后，袁崇煥下令開始堆積土山，決心堆一座與城墻齊平的土山，這樣便可以從土山上攻擊城上守軍。
寒冬臘月，地面凍得僵硬，挖掘并不容易，但在軍隊的逼迫下，抽調的鄉勇們仍被迫用鑿開地面，挖掘出泥土，然后背負泥土前往城墻處。
城墻上火炮火銃齊發，大量背負泥土的鄉勇被射殺在地，然而就在后方有督戰的軍隊，凡是畏懼不前的鄉勇，都被當場斬殺。有鄉勇被射殺在城墻下，身體便成為了土山的一部分。
在死亡的逼迫下，鄉勇們冒著城頭的銃炮落石往城墻處猛沖，把背負的泥土扔到城墻下，然后再快速跑回。每成功運送一趟泥土，他們會得到一支竹簽，每日攢夠五支竹簽便可以歇息，然后能領取五斤糧食。
城墻上，明知道城外這些鄉勇都是被反賊逼迫，都是炮灰，守軍仍然不得不沖著他們開火。沒有辦法，一旦城破，內城無論軍民恐怕都沒有好下場。
為了阻擋土山堆積，洪承疇抽調了數十門火炮，安放在兩側的突出的馬面城墻部分，從側面向土山進行炮擊，成功的把堆積的土山削平了一大截。
然而袁崇煥下令，命一部分鄉勇背負水袋，在堆土的同時把用水澆土山。寒冬臘月，水很快便結冰，土山被凍得硬邦邦，便是火炮也很難轟塌。
耗費了十多天時間，傷亡了五六千鄉勇性命，終于堆出了一段長達百余丈寬的土山，土山頂部幾乎和城墻齊平，賊兵們可以順著土山沖上城墻。
“東翁，他們多半明日便會攻城，咱們是不是派兵趁夜攻一下？”朝陽門城樓，趙寅建議道。
賊軍今日堆起了土墻，明日必定攻城，若是徹夜襲擊其營地，必能打亂其攻城節奏。
洪承疇卻微微一笑：“不用，按照既定辦法做便是。”
誰知道那袁崇煥有沒有防備夜襲，城中兵力就這么多，洪承疇不愿耗費兵力出城襲擊。只要讓對方無安然攻城便是，沒必要主動進攻。
在察覺袁崇煥意圖之后，洪承疇便做著準備，眼看著土山堆起，是時候給對方以反擊了。
洪承疇當即下令，抽調鄉勇千人，連夜加高城墻。就在這段城墻上，早就運上來了大量磚石，城墻上燃起火堆，當場燒水，以熱水和灰泥，迅速壘高土山這段城墻。
千余鄉勇皆是苦力出身，都干過泥瓦匠的活計，又只是加高城墻不需要考慮質量，便是在火堆火光照耀下也能干活。
只不過夜間太冷，城墻上冷風更是吹個不停，干起活來更是寒徹入骨。不過洪承疇早有準備，每個干活的鄉勇都給飲上一碗烈酒，用以驅趕寒意。
一夜的功夫，百余丈的寬度，往上加壘了丈余高，反賊想翻過這丈余高的城墻，幾乎不可能！
天亮了，反賊大營響起了聚兵的鼓聲，今日袁崇煥決定全力開始攻城。
然而大軍正在吃飯時，突然有手下來報：“閣部，大事不好了，守軍，守軍加高了城墻......”
沖出營地，來到朝陽門外，看著不遠處的城墻，袁崇煥幾乎要背過氣去。守軍連夜加高了城墻，意味著想從土山翻越入城不再可能，除非己方再次加高土山。
可是己方能加高土山，對方就能繼續加高城墻，根本就沒有意義。而且加高土山的工程量遠大于加高城墻......
“閣部，咱們怎么辦？”看著不遠處的城墻，大將軍宋進問道。
“還能怎么辦，強攻吧！”袁崇煥嘆道。
土山附城失敗，那么只能強攻了。只能采取最直接的云梯攻城。
“我軍數量是守軍數十倍，便是用人命堆也能拿下南京城！”袁崇煥發狠道。
話雖這么說，讓手下消耗戰殘酷的攻城戰中袁崇煥還是不太樂意，畢竟若是損失太大的話，手下軍隊必然會士氣低落。
一咬牙，袁崇煥決定驅趕征兆的鄉勇攻城。這些鄉勇沒什么戰斗力，肯定是打不下城池的，但卻可以消耗守軍箭矢彈丸，消耗其守城物質，消耗其體力士氣。
當然，這意味著會有大量鄉勇死傷，可為了打下南京城，袁崇煥已經不愿考慮這么多。
是日，大量鄉勇在賊軍刀槍威逼下，抬著云梯向城墻沖去，開始了攻城之戰。
城墻上炮銃轟鳴，箭矢如雨，無數攻城鄉勇慘死在城下。很多鄉勇心生恐懼不愿往城墻靠近，卻被督戰的賊軍用刀槍逼著向前。
城墻上，聽著城外熟悉的鄉音，看著很多熟悉的面容，協守城墻的很多民壯不由自主的停下了手，因為他們知道，正在攻城的也是南京人啊，很多還是他們的親朋......
“快扔磚石！若是讓他們攻入城中，都沒有好日子過！”守城的禁衛軍官兵大喊著，督促著民壯們戰斗。
想想若是真被攻破城池，二十萬反賊涌入南京內城的后果，城墻上的民壯不寒而栗，連忙搬起石頭往城墻外推去。城外攻城的鄉勇固然是鄉親，但還是自己和家人的命更加重要。
“該死，竟然以百姓攻城！”城墻上，趙寅怒罵道。
洪承疇卻沉默著，因為他知道，戰爭從來都是非常殘酷的，發生這樣的事情再正常不過。
是日，反賊們驅趕鄉勇攻了一日，在城墻外留下了過千具尸體，卻連一次都沒有爬到城頭。在最后的一次進攻中，袁崇煥抽調了千余士兵夾雜在鄉勇們中間，突然向城墻發動攻擊，數十架云梯成功搭上了城頭，反賊士兵們蜂擁往城墻上攀爬。
就在反賊將領們看到了攻上城墻的希望時，城上突然潑下了大量的火油，然后一支支火把扔下，幾十架云梯頓時被點著，攀附在上面的反賊們被燒得紛紛掉落。
次日，袁崇煥再次指揮大軍攻城，仍然是驅趕鄉勇攻城，攻了一天，仍然毫無進展，鄉勇們又傷亡了千余。
“閣部，不能再這樣下去了。”前兵部尚書傅振尚勸道，“若是再這樣下去，恐城中人心盡失。”
原本整個外城都是支持靖難軍的，現在袁崇煥這樣搞下去，外城鄉勇損失太大，每一個鄉勇背后都是一個家庭，死了的話一家都沒了希望，這樣搞下去恐怕整個外城百姓都會對靖難軍生出恐懼。
打仗本來就該是軍隊的事，袁崇煥放著手中二十萬軍隊不用，卻驅趕鄉勇攻城，讓傅振尚有些看不過眼。
“人心盡失總比軍心盡失的好。”袁崇煥面無表情道。
“可是......”
“沒什么可是的，你只看到了鄉勇損傷，卻不知道，他們同樣消耗了守軍很多守城物質。這樣下去不用多久，守城物質必然匱乏，守軍也會疲憊不堪，到時才是我靖難軍大舉攻城的時候！”袁崇煥淡然道。
“唉！”傅振尚嘆了口氣，不再多說了。
以鄉勇連攻了十日，直到鄉勇聞聽要攻城都跪地求饒，袁崇煥才換上靖難軍士兵。然而即便如此，想攻上城墻也非易事。這場攻城戰注定了要耗時良久。
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