建文帝在解決其他藩王的時候，眼睛卻始終看著朱棣，因為他也清楚，這個人才是他最為可怕的對手。為了削減朱棣的實力，他先派工部侍郎張丙（上有曰旁）接任了北平市市長的職務，然后任命謝貴、張信為北平都指揮使，掌握了北平的軍事控制權。之后他還派宋忠（此名極不吉利）率兵三萬，鎮守屯平、山海關一帶，隨時準備動手。
刀已經架到脖子上了，朱棣似乎成為了板上魚，在很多人看來，他只能束手就擒了。
然而就在此時，朱棣卻做出了一件別人想不到的事。
按照規定，建文帝登基后，藩王應入朝晉見皇帝，由于當時局勢十分緊張，很多人都認為朱棣不敢如期拜見新皇帝，但大家萬萬沒有想到，他不但來了，還干出了驚人之舉。
建文元年三月份，燕王入朝參拜新君，按說來到別人的地盤就老實點吧，可這位仁兄居然在眾目睽睽之下"行皇道入，登陛不拜"。可見朱棣囂張到了何種地步。
朱棣的無禮舉動引起了群臣的憤怒，戶部侍郎卓敬多次上奏，要求就地解決朱棣，建文帝竟然以燕王是自己的至親為由拒絕了這一正確提議。卓敬氣得跳腳，大叫起來："楊堅、楊廣兩人難道不是父子嗎"？！
但建文帝仍然拒絕了他的提議。
朱棣就這樣在京城逛了一圈，風風光光的回了北平。而齊泰和黃子澄竟然結結實實當了一回看客，平日在地圖上運籌帷幄、決勝千里的所謂謀略家就是這樣的水平。
當然，建文帝手下并非都是一些如齊泰、黃子澄之類的人，事實證明，他還是有許多得力部下的。
隱蔽戰線的斗爭
在這場斗爭中，建文帝并非不堪一擊，他也使用了很多權謀手段，特別是在地下工作方面，可謂卓有成效。
成功的策反
建文元年（1399）初，朱棣派長史葛誠進京城朝見皇帝，其實這個葛誠也是個間諜，他的真實目的是打探消息，但朱棣萬沒有想到的是，此人竟然被策反了，而策反葛誠的正是皇帝本人。
葛誠一到，建文帝便放下架子，以九五之尊對葛誠禮遇有加，估計也親切地詢問了他的家庭收入況并鼓勵他好好工作之類。葛誠十分感動，皇帝竟然如此看重自己！他一時頭熱，就主動交待了燕王朱棣的種種不法行為和自己的間諜身份。然后他光榮地接受了建文帝地下工作者的稱號，表示回去后一定努力工作，并及時做好報信息傳遞工作，爭取早日將燕王等人一網打盡。
一顆釘子就這樣扎下了。
