消滅了西班牙菲律賓艦隊后，整個菲律賓的海域已經完全被太平洋艦隊控制住。此役克里斯蒂娜號、卡斯蒂利亞號、唐－安東尼奧－德烏洛亞號、萊索將軍號被擊沉，唐－璜－德－奧地利號焚毀，古巴島號、呂宋島號、阿羅侯爵號和維拉斯科號受輕傷后投降被俘，曼達諾島號運輸艦投降被俘。西班牙共陣亡812人，其中克里斯蒂娜號自艦隊司令蒙托霍少將以下共計425人全部陣亡，萊索將軍號魚雷炮艦150人全部陣亡，其他各艦受傷人數達517人。
太平洋艦隊共中彈15枚，受傷11人，皆輕傷。
對于俘虜的軍艦，林建章從其他軍艦上勻出人來將其控制住，臨時編入太平洋艦隊巡邏艦隊。
處理好一切后，太平洋艦隊司令林建章中將同徐參謀長一起商量后給夏威夷的張云飛發去了報捷電報，同時附上戰果和艦隊損失情況，以及請示對于馬尼拉的后續行動方案。
由于西班牙海軍的實力在這一地區已經喪失殆盡，于是，林建章就在馬尼拉附近海面拋錨，派出海巡艇對菲律賓群島進行巡邏，使菲律賓防止外來的干擾。
然而幾天后，德國遠東巡洋艦隊司令棣特利希率領的7艘德國軍艦的意外抵達馬尼拉使問題復雜化了。太平洋艦隊司令林建章中將對于德國大批軍艦的到來，不知其意圖是什么。
出于本能的反應和在中法馬尾海戰中得到的教訓，林建章立即下令整個太平洋艦隊進入一級戰備狀態，鍋爐儲備蒸汽，不許熄火。
仔細觀察了一下闖進來的德國艦隊，通過情報以及詢問后得知這支艦隊有裝甲巡洋艦德意志號和凱瑟琳－奧古斯塔皇后號，巡洋艦格希翁號愷撒號、亨利親王號、阿卡娜號和卡麥隆號，總噸位兩萬八千噸。雖然林建章知道德國艦隊的實力差太平洋艦隊很遠，但是也不可以掉以輕心。于是派人詢問了德國遠東艦隊司令棣特利希。
結果知道德國艦隊是要啟程前往俄國海參崴訪問，臨時在馬尼拉加煤的之后，林建章才稍微松了一口氣。雖然德國海軍遠沒有德國陸軍強大，單畢竟德國這個強國還是很令人忌憚，尤其是他敢公開同英國較量海軍是何等的威風，至少張云飛現在還不敢。
于是林建章便把德國艦隊的動向和規模分毫不差的也上報給了在夏威夷的張云飛知道。
自從美國和張云飛同西班牙開戰后，德國人一直在遠東和南美洲尋找機會，一旦他們對菲律賓或者古巴等地不感興趣，德國人就準備馬上把它掠為自己的殖民地。遺憾的是，張云飛對菲律賓很感興趣，而美國對古巴和波多黎各更感興趣。
德國人見到張云飛的太平洋艦隊已經取得了海戰的勝利，同時攝于太平洋艦隊的強悍實力，德國艦隊只好放棄打秋風的念頭，準備在馬尼拉補給完畢就離開前往俄國海參崴。
好在張云飛的菲律賓遠征軍早已秘密從夏威夷出發。夏威夷本土艦隊在海軍副司令杜錫圭少將的率領下已于1897年6月12日駛入關島阿普拉(Apra)港，用大炮擊毀了存在300年的古老要塞。
令杜錫圭驚訝的是這些古老的要塞炮早就無法使用了，不但沒有士兵把守，甚至你都找不到在50年內使用過的痕跡。
“又浪費了不少炮彈，不知道元首會不會心疼！”杜錫圭微笑著說道。
之所以這么說，是因為一路行來，杜錫圭本著為元首打下一個大大的疆土的目標，見一個島就先一頓炮擊，然后登陸占領，馬里亞納群島和加羅林群島及馬紹爾群島都已經被杜錫圭打上了已經被占領的標語。
趙剛帶領著部隊登上關島后沒有遇到任何的防御和抵抗。于是直接包圍了西班牙關島總督府并且兵不血刃就占領了西班牙所屬的關島殖民地，等和關島的總督進行審訊時，他竟然不知道已經爆發了戰爭。
杜錫圭和趙剛一陣暴汗。
隨后，按照既定方案。趙剛將三師留守關島，關島的總督暫時由三師長王力風少將擔任，同時將大批的軍用物資存放在這里。為了不讓三師的官兵閑著無聊，趙剛給王力風少將下達了在關島修建防御體系，包括重建關島要塞和擴建阿普拉港的任務。
為了加強關島的巡邏和早期預警，趙剛要求三師長王力風少將首先搭建大型的無線電聯絡站，用以同艦隊取得聯系。同時本土艦隊司令杜錫圭少將則把兩艘海巡艇留在了關島，負責對外警戒任務，為關島提前預警。
處理完關島的相關事務后，杜錫圭和趙剛二人立刻帶著艦隊和遠征軍趕往馬尼拉城，因為他們已經接到了太平洋艦隊消滅了西班牙菲律賓艦隊并控制了整個菲律賓海域的消息。
‘接下來就要看咱么陸軍的了！’一想到即將參加真正的戰爭，趙剛心中是即緊張又歡喜。
北京紫禁城養心殿門外此刻站著一大群宮女和太監，在大總管李蓮英的帶領下正焦急的等待著。
不一會兒，只聽著嗚嗚的聲音從遠處傳來。聽到聲音的李蓮英心中一喜，知道是慈禧太后打頤和園回來了。而他身后的宮女太監們顯然對這個聲音極為熟悉，紛紛排好隊形恢復嚴肅的表情。
果然，先后有三兩外觀豪華的小汽車打宮門外開了進來，不一會兒就到了李蓮英所在的位置。
這時，李蓮英急忙跑到第二輛車的后車門處，小心的將車門打開。
“太后吉祥！”李蓮英發嗔的喊道。
這時，車內的慈禧太后將手從車內先伸出來。李蓮英急忙把他的手腕伸過去讓慈禧的手搭在上面，同時說道：“太后您慢點！”
下了車的慈禧說道：“小李子，你還別說，這洋車跑的既快、坐著又舒坦。”
李蓮英急忙說道：“那太后您以后到萬壽寺拈香禮佛就都坐這個洋車吧！”
邊走著慈禧邊說道：“嗯！那倒是好。不過哀家聽說這洋車價格不菲啊！”
見慈禧終于問起這車的價格來，李蓮英正好趕緊為張云飛打，誰讓他收了錢了呢？
于是說道：“太后放心就是，這洋車都是張云飛特意為您定制的，是全天下最好最舒坦的洋車了，也只有您有這個資格使用，呵呵！”
慈禧見李蓮英這么說，心里也很得意。于是說道：“嗯，算這小子還有點孝心！”
聽到慈禧提起張云飛了，李蓮英急忙接話道：“太后說的是，張云飛對您是最有孝心的了！不但送洋車，還……”
“好啦，也不知道你收了張云飛多少好處，抽個空你就幫他說好話！”慈禧故作生氣的打斷李蓮英的話。
李蓮英急忙為自己辯護道：“太后，奴才可是不敢啊！奴才……”
“好啦！”慈禧再次打斷李蓮英的話，同時問道：“你那點破事哀家也懶得管，說正事吧。哀家這么急著回來就是詢問皇上為張云飛開辟港口一事。”
知道慈禧太后一旦問起正事，李蓮英就不敢再說別的了，急忙回答道：“喳！奴才得到兩廣電報，說是突然得到皇上的800里加急公文，要求東南各省的督撫挑出一個沿海港口借給張云飛作為補給的地兒，請太后您定奪。”
“嗯，看來皇上是著急了啊！這么大的事兒直接跟地方督撫聯系，都不讓哀家知道！”慈禧沉著臉說道。
“各省督撫們都知道皇上年輕，這回恐怕是想讓張云飛回來，畢竟張云飛這兩年在海外混的還不錯，不過大事還得讓太后來拿主意。”李蓮英笑笑說。
李蓮英這么說，慈禧倒是很高興。自從發動政變以來，慈禧對于權力特別看重。別的事情她可以妥協，但是若是觸動她的權力的話，那就沒的商量了。
如今的光緒帝正在不斷的靠近慈禧太后的最后底線。于是慈禧說道：“你給他們回個信兒，開辟港口的事情哀家準了，就先由著皇上吧！至于讓他回來的事情，暫時不要提了。”
李蓮英一聽慈禧不希望張云飛回來，心中疑惑。于是問道：“太后為何不讓他回來？雖然他的實力和野心都很大，可是只要有太后在上面震著，是不會翻起多大風浪的。”
看了李蓮英一眼，慈禧笑著說道：“你太想當然了，張云飛雖然已經不是以前的那個無惡不作的紈绔子弟了，但是他一個嫩雛，如何能同那些老奸巨猾的督撫們斗？若是一旦回來，立刻便是眾矢之的。雖然他有軍權在手，但是治國不是靠武夫，是靠一張嘴。若是這些督撫們要張云飛交出他的兵艦軍權，你讓他怎么辦？造反？那樣的話大清就亂套了，還不如讓他在外面折騰去呢!”
李蓮英聽明白了，看來張云飛是暫時回不來了，原本還想著等張云飛回來多收刮點錢財呢！看來是泡湯了。
今天對于張云飛來說是個幸運的日子，從上午接到滿清軍機處的電報，說光緒皇帝已經同意開辟澎湖作為張云飛的臨時補給基地。
張云飛原本是想要廣州灣（湛江軍港）作為補給基地的，可是這些兩廣和福建的督撫們又不是傻子怎么可能給他，要是張云飛賴著不走，他們豈不是惹火燒身。于是便把沒啥油水的澎湖作為交差給了張云飛，即使張云飛賴著不走，也沒關系，到時候只要福建和臺灣掐斷補給，澎湖就失去作用了。
張云飛是典型的不挑食那伙的，你給啥咱就要啥，有總比沒有強吧。
第二個好消息是杜錫圭和趙剛安全的到達關島，并占領。對于他們見一個小島就占一個小島的做法，張云飛只是置之一笑。
‘把所有的島嶼都占了，我才高興呢！’張云飛高興的想著。
第三個好消息是林建章率領的太平洋艦隊以極小甚至可以忽略不計的代價全殲了西班牙菲律賓艦隊，為張云飛下一步全面攻占菲律賓群島奠定了基礎。雖然對于打敗西班牙的艦隊早已是板上訂釘的事，可是聽到勝利的消息還是格外的高興。
不過后面的消息卻讓張云飛緊鎖眉頭了。
德國七艘軍艦突然出現在馬尼拉灣，讓張云飛警惕起來。雖然林建章報告說這支德國艦隊只是在馬尼拉做臨時停靠補給，但是張云飛想著不是那么簡單。
德國艦隊在亞洲沒有海軍基地和自己的港口，何況突然來了這么多軍艦肯定有目的的。即便是去俄國訪問，也用不著去那么多啊！
于是張云飛又重新對遠東的態勢進行分析。確定了德國海軍肯定是想在這次戰爭中撈點好處的想法。他們的七艘軍艦雖然是打著路過的旗號，可是目前還呆在馬尼拉就是看張云飛對菲律賓有沒有占領的興趣，一旦張云飛稍微露出絲毫松動的話，他們必將出兵掠奪菲律賓。德國太需要海外殖民地了，否則也不用同英國爆發世界大戰了。
好在張云飛的遠征軍早就秘密出發，如今已經抵達馬尼拉的吧！
‘就讓你們這些德國佬干眼饞去吧！’張云飛心中得意的說道。
這時，張云飛好像突然想起了一件事情。德國一直要求自己盡快返回大陸，然后幫他們弄個海港，好像他們已經盯上了膠州灣。他們的皇帝威廉二世不會是等不及了，自己出手搶奪膠州灣吧！
可是那是以前的歷史了，如今北洋水師并未全滅，北方依然擁有海防，德國強占的話，勢必會和北洋水師沖突的，搞不好是要開戰的。
不好！張云飛突然意識到事情的復雜。原來的歷史就是德國和俄國，還有法國幾乎是同時強占了膠州灣、旅順和廣州灣，難道那不是偶然！是他們之間的秘密協定。想到這里張云飛立刻向情報室要了一份關于最近德國、法國和俄國的情報。
經過分析后，張云飛認為他的猜測可能會發生。
原來俄國的遠東艦隊自去年強行進入膠州灣過冬后，直到現在還未離開，清廷幾次同俄國交涉均不得結果。無奈下清廷派李鴻章為全權大臣出訪俄國圣彼得堡，借著為俄皇尼古拉二世加冕典禮之機，向俄皇提出讓俄國艦隊退出膠州灣的要求。
可是俄皇尼古拉二世卻以幫助滿清將日本驅逐出朝鮮替滿清阻擋了來自日本的直接威脅為理由，要求李鴻章給俄國報酬。于是提出了將膠州灣租借給俄國25年的要求，李鴻章對于俄國的漫天要價顯然是不同意。于是俄國又坐地還錢要求滿清同俄國建立軍事同盟關系，共同防御日本的威脅。對于這個李鴻章顯然十分樂意，于是同俄國簽署了《防御同盟條約》（即中俄密約）。作為對李鴻章的報酬，俄國將遠東艦隊撤離膠州灣，并賄賂李鴻章300萬盧布，作為俄國日后修鐵路時得到清兵配合的通行證。
具體的內容張云飛的情報部門無法獲得，但是大致的條約框架還是有一些的。例如日本如侵占俄國遠東或中國以及朝鮮土地﹐中俄兩國應以全部海﹑陸軍互相援助。開戰時﹐中國所有口岸均準俄國兵船駛入，為使俄國便於運輸部隊﹐中國允于黑龍江﹑吉林地方接造鐵路﹐以達海參崴﹐該事交由華俄道勝銀行承辦經理。無論戰時或平時﹐俄國都可通過該路運送軍隊軍需品。有效期十五年等。
張云飛看完就知道李鴻章被俄皇騙了，因為從內容上看，這完全就是一個防御性質的同盟條約。俄國的目的顯然不是共同對付日本，因為俄國自己就有足夠的實力應付日本，滿清的戰力一旦開打就是一個甩不掉的包袱，根本用不上。俄國的目的根本就是為了修建侵略滿清的鐵路，一旦這條鐵路和俄國遠東鐵路完工的話，東北就落入俄國的嘴里了。
同時，戰時允許俄國兵艦進入港口這條顯然是另有目的的，因為歷史上俄國在德國強占膠州灣后，就是打著這個旗號強行開進旅順軍港，占領了旅順和大連的。
‘李鴻章真的老了，連對方這樣明顯的目的都看不到！’張云飛心中給李鴻章打上了‘old’標記。張云飛心里早就把他當成這個時代的人了，可是卻忘記了這種對于歷史的遠見之名又有幾人能達到張云飛這個未來人的水平呢？他太高估這個時代的人了。
另外，德皇威廉二世和法蘭西第三共和國總統弗朗索瓦－菲利－福爾（FrançoisFélixFaure）親自前往莫斯科參加俄皇尼古拉二世的加冕典禮，不可能只是前往道賀，因為德國自從俾斯麥下臺后，對俄國的關系已經不再那么看重了，甚至又回到了敵對，只不過現在俄國的主要心思還在遠東，所以矛盾還沒有激化而已。一旦等到俄國在遠東失敗后，從新回到歐洲爭霸時，他們就會成為死敵。
法國因為是德國的世仇，因此聯合敵人的敵人就成為了法國隊俄國的既定方針，因此法國肯定是會同俄國穿一條褲子的。
顯然威廉是別有用心的，結合德國派出的龐大艦隊到遠東來看，不是聯合俄國對日本下手，就是對滿清下手。
而最有可能的就是對滿清下手了，因為滿清經歷了同法國、日本的戰爭后，他的紙老虎軍隊和一心出賣利益卑躬屈膝求和的朝廷，讓所有的列強都看到了再次瓜分滿清的希望。
考慮到自己目前被菲律賓戰爭拖住了，無法對德國、法國和俄國在遠東地區進行干涉。于是張云飛立刻給位于菲律賓前線的海陸軍發去了新的作戰指示。
海軍立刻分批前往香港和上海抓緊時間對軍艦進行檢修和保養，遠征軍全力進攻馬尼拉，爭取在短時間內拿下馬尼拉，迫使西班牙軍隊投降。同時命令菲律賓狼穴組織配合海陸軍加大力度拉攏菲律賓本土親華勢力，對于中立的其他的勢力保持安撫，對于反對勢力堅決血腥鎮壓，必要的時候允許特殊手段。
所謂特殊手段就是列強在每占領一塊殖民地后，所進行的大規模的屠殺令。歷史上美國在打敗西班牙占領菲律賓后，在歷時3年的美菲戰爭中，共使用過12次特殊手段來血腥鎮壓菲律賓游擊隊，屠殺共計92萬菲律賓反抗族群勢力，最終才迫使菲律賓反抗組織放棄抵抗。
不過菲律賓人對于白人沒有一絲好感，因此張云飛對于菲律賓的占領相較西班牙和美國等白人的統治來說，阻力要小的多，最起碼處于上層統治地位的華人和華裔菲律賓族群就不會反抗，反而還會大力張云飛的統治。再加上過半的親華菲律賓族群的默許狀態下，使得張云飛在短時間內完成對菲律賓的占領和統治成為了可能。
公元1897年6月20日，由夏威夷本土艦隊護送的菲律賓遠征軍抵達馬尼拉外海，在那里太平洋艦隊司令林建章中將將太平洋艦隊平均分成兩個分艦隊，第一分艦隊交由本土艦隊司令杜錫圭少將指揮，連同本土艦隊一起擔當菲律賓群島海防任務和對陸軍的支援任務。而林建章則帶領第二分艦隊連同繳獲的幾艘西班牙艦艇一起前往香港和上海進行檢修和保養，同時對朝廷提供的澎湖補給基地做下調查和安排。
德國艦隊見張云飛的陸軍都已經到達，知道沒有打秋風、撈油水的可能了，于是補給完畢就離開了馬尼拉灣，北上海參崴。
于是在林建章離開后，杜錫圭率艦隊掩護遠征軍于22日凌晨在馬尼拉城外西南方向的甲米地淺水區，實施了搶灘登陸作戰。不過虛驚一場而已，因為馬尼拉面向海區的炮臺早就被摧毀，而西班牙軍隊對于上次炮擊的恐懼依然記憶猶新，眼睜睜的看著遠征軍毫無顧忌的登陸。
6月27日，由趙剛率領的遠征軍共計三萬多人完成了登陸，并構筑起對馬尼拉城的全面包圍的工事。而西班牙軍隊則全部從周圍地區撤軍，龜縮到馬尼拉城附近準備做最后的抵抗。
