在十一月十五日清晨，商家軍分從南北，向清軍的鐘鼓樓據點發動了進攻
商家軍的士兵們分散成以連為單位，在復雜如迷宮一樣的街巷中穿行，而清軍依托著房屋，倒處設立了阻擊點，也在拼力阻擊商家軍的進攻盡管每一個連隊都有一份詳細的南京地圖，但在激烈的交戰中，也難免會迷失方向，有時也不得不釆取炸開墻壁，然后從街巷和院落中橫穿而過的方式，有時會從房屋的另一側炸開一個大洞，從清軍的背后殺進來因此整個鐘鼓樓地區的建筑群里到處都是槍聲和混戰的吶喊聲
攻擊方和防守方都利用復雜的街巷互相摸索，雙方都是以小股兵力接戰，整個戰場呈犬牙交錯，根本就沒前后方的概念，你中有我，我中有你，大部份的戰斗都是突然相遇，猝不及防，然后短兵相接，照面就開打幾乎在每一條街巷，毎一個院落里都會發生遭遇戰，經常是打著打著，兩隊士兵就撞在了一起
在這個時侯幾乎沒有任何的戰術可言，依靠的就是雙方士兵的機警、現場的極時反應、巷戰的經驗和戰士們個體的作戰能力不過在這幾方面，受過巷戰訓練的商家軍都占了明顯的優勢，投入戰斗的人數，戰士們的士氣也都在清軍之上，而且商家軍是輪換作戰，現在出戰的士兵們基本都有二三個小時的休息時間，而清軍大部份都是經過了一戰的激戰，從各條戰線退到鐘鼓樓區來后，因此雙方的精神體力狀態，也不能同時而語
一但發現了清軍的阻擊點，商家軍就會正面吸引，然后派出一個小隊從側面突擊，一但靠近了之后，就立刻向清軍的據點里扔出手榴彈而與清軍遭遇則立刻展開成戰斗隊型，前排拼刺刀，后排火力支援，因此逐個逐個的搗毀清軍的阻擊點，逐條逐條的奪取街道一步一步向鐘鼓樓區的中心地區推進過去
到了下午二時左右，鐘鼓樓區的大部份陣地都被商家軍占領，清軍己經被壓縮到以鐘鼓樓為核心的十余門民房內，這時清軍在鐘鼓樓區的人數己不足二千，商家軍的戰士們都己經可以看見鐘鼓樓的基座于是向這兩座如鶴立雞群一般高聳矗立的建筑發動潮水一樣的進改
而清軍也在鐘鼓樓上拼死防守，從每一個窗口中都有淸軍的弓箭手和火銃手，拼命的向進攻的商家軍打去，有的還用石頭、磚頭砸，在兩座建筑的周邊，己經躺滿了士兵們的尸體，而且有不少也是從樓上被拋下來后
商家軍首先殺到了鐘樓邊，用幾十手榴彈一起炸開了鐘樓的大門，突擊隊的戰士們立刻從突破口里拼死往鐘樓里沖雙方在一樓大堂展開了激戰，而很快商家軍就擊散了一樓的清兵,又向二樓發動了進攻，這時守軍的傷亡十分慘重，不斷的有人被打死，從窗口扔下來，或是自己為了逃跑跳下樓去而留在樓里的士兵則利用一切能夠利用的東西進行抵抗，包括桌椅、柜子、木箱、成袋的糧食等等，都被用來當作掩體
但在商家軍的勇猛進攻下，清軍終于抵抗不住，二樓、三樓也都相繼失守，最后被逼到四樓的二百多名士兵全部都投降，商家軍也占領了鐘樓
鐘樓、鼓樓是隔街相望的建筑，鐘樓被商家軍攻破，在鼓樓里負隅頑抗的清軍也看得一清二楚，清軍在鐘鼓樓區的指揮的指揮部就設在鼓樓上，這時滿達海手執佩刀，剛剛斬殺了一名建議向商家軍投降的偏將，刀刃上還滳著鮮血，在滿達海身邊還站著十幾名清兵，滿達海鐵青臉色，道：“朝廷養兵千日，就是為了用在一時，現在南京危矣，我們身為武將，自然是為國盡忠，大家就在這里和商家軍決一死戰，絕不許投降”
就在滿達海的話聲剛落，商家軍就己經攻進了鼓樓，而這時在鼓樓對面的鐘樓上，商家軍的士兵對紛紛對鼓樓這邊開火射擊，打得鼓樓里的清軍根本就不敢靠近窗戶邊
而商家軍向鼓樓的二樓三樓發動進攻，由于這時鐘樓己經失守了，鼓樓里清軍巳經沒有抵抗之力，紛紛投降，因此商家軍也十分順利的殺上了鼓樓的第四樓,而這時滿達海己在這里自盡身亡了
就在十五日下午，鐘鼓樓區被清軍占領，南京內城也被商家軍截為兩段，隨著第二軍向西北，第三軍轉向東南，開始清掃南京城里的殘余清軍
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商家軍對皇城的進攻也是從十五曰清晨開始
在一夜的時間里，第一軍完成了對皇城的全面包圍，并且調進城大量的火炮，成進分派各部隊的進攻任務，由第一師進攻承天門，第一旅為預備隊；第五師進攻東安門，第五旅為預備隊、第七師進攻北安門，十九旅為預備隊；二十三師進攻西安門，因為西安門面對的是南京城內，因此這一路沒有設預備隊
而這時清軍在皇城里的駐守兵力己不足四萬人，不過還是包括有八十余門火炮、五千多名火銃兵，霹靂火箭、靂天雷也都有一些南京的皇城雖然不算高大，但也都是由大石塊和大方磚砌成，十分堅固，一般的火炮對皇城城墻的作用并不大
清晨約七時左右，付責進攻皇城的第一軍從東南西北四方大約近五百門火炮，向皇城一起開火轟擊，而清軍也在城墻上開火還擊，雙方用火炮對轟足足打了近一個時辰，其中還夾雜著大量的霹靂火箭對射，盡管商家軍的火炮轟擊對皇城的損傷并不大，但卻清軍在城墻上的火力點打掉了大半，霹靂火箭也基本全用光了，只能夠使用火銃打擊時，商家軍這才出動了突擊部隊，向城墻發動了猛攻
由于在進攻南京城墻時償到了甜頭，這一次商家軍仍然是釆用爆破戰術，但清軍也有了經驗，首先拼命阻擊商家軍的突擊士兵，而等商家軍將炸藥包推放到城門邊時，立刻在城頭向下澆水，將炸藥全部都淋濕，使商家軍根本就無法爆破
一師一連派上去兩批爆破隊，但都被淸軍用這種辦法給破壞了，相反還使二十多名突破手倒在城門外師長蘇建林也覺得十分惱火，沒想到清軍想出的這種笨辦法到還十分管用
但就在這時，士兵們再次想到了使用門板，于是立刻從附近的建筑上拆下來幾十塊門板，爆破手們扛著門板，再一次冒著清軍的打擊，突進來到城門邊，用門板在城門邊搭成了幾個小棚子，然后把火藥放在小棚子下，這一下無論清軍再怎么沷水也沒有用了而且蘇建林也組織了一批士兵，對準城樓上輪番開火射擊，也打得清軍幾乎無法探頭
等炸藥都布置好了之后，爆破手們立刻退開，只聽“轟”的一聲巨響，承天門的兩扇城門立刻被炸得粉碎，而商家軍的各種火炮火槍、霹靂火箭也對著承天門里陣亂轟亂射，不讓淸軍再次把承天門給堵上
亂打一陣之后，突擊隊也立刻出動，沖進了承天門，而守衛在城里的清兵這才反應過來，也紛紛殺上來，雙方展開了白刃作戰
這時蘇建林也下令，讓雇傭兵團上陣，突入皇城，加入到戰斗中
其實這時雇傭兵團己經等了好久，現在終于輪到自己上場了，一個個都怒吼著沖進了承天門從開戰到現在，雇傭兵團僅僅只是在聚寶山打過一仗，現在都是生力軍，人人精力充沛，而且斗志旺盛
而清軍現在都己是連續奮力了數日，精神體力也都十分疲憊，再加上老外們個個人高馬大，勢猛力沉，不少清兵在一擊之下，兵器紛紛脫手，有幾個人都被打飛了出來立刻將清兵殺得連連后退
清軍也都大為震驚，也不知道商家軍是從那里找來的一支兇神惡煞一樣的部隊，其中有幾個幾乎就像小巨人一樣，而且個個都強悍無比，比起八旗中最精銳的白甲兵也毫不遜色，淸軍幾乎完全無法抵擋得住他們的突進
而科雷亞這時也顯示出一個老職業軍人的風范來，他指揮著雇軍傭團，并非是一味的依然蠻力胡打亂攻，而是將全軍七百多人分成三個梯隊，輪番向清軍發動猛攻，而且在每個小隊都派幾名最猛的猛人來當頭沖鋒，其他人都在他們的左右側方保護那支上前突進，那支回撤，那支掩護，都組織得有條不紊，絲毫也不亂
同時其他的商家軍也都十分配合，以雇傭兵為箭頭，從側后方跟進，以火槍、手榴彈等遠程武器支援雇傭兵團作戰硬是從清軍的陣中突入，一步一步的向紫禁城逼近過來而其他的士兵也立刻向左右兩側展開，進太社稷和太廟發動進攻
