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清軍的水師完全潰散后，鄭成功見大局已定，便讓部將分頭堵截企圖逃跑的清軍艦船，他本人則返回廈門港。剛才見到高崎方向出現烽火，鄭成功心中有些不安，就急著想去詢問到底發生了什么事情，為了以防萬一，還派了一隊船去高崎附近的海面巡邏。
等鄭成功返回廈門港的時候，前去高崎的使者已經返回，立刻就向延平郡王報告了所見所聞。得知陳蟒已經獲勝后，鄭成功非常高興，剛才他還有些擔心已經登陸的清軍可以向北方突圍，然后通過北面的海峽逃回去一些，現在這最后一扇門也已經堵死了。
陳鵬投敵叛變，根據鄭成功的規矩，應該是全族誅滅，本人亂箭shè死。可使者告訴延平郡王，陳鵬手下的軍隊集體替他求情，希望延平郡王能夠法外施恩。
“既然如此，那就從輕發落吧，不能寒了忠義之士的心。”鄭成功很痛快地答道，這些部隊沒有跟著將領一起叛變讓他心情大好：“陳鵬斬首，但不用懸掛營門了。”懸掛叛徒的首級是為了震懾潛在的叛徒，但陳鵬的手下顯然都是可靠的志士：“處斬后，首級交給陳蟒，讓他給收殮下葬吧，這樣他和陳鵬也算是全始全終了。”
略一思索后，鄭成功下令由陳蟒代替陳鵬的職務，統帥這支軍隊。
“陳蟒的妻子、兄弟皆不問，親兵不管一開始是否附逆，一概赦免了。”
鄭成功飛快的發布完命令，傳令兵大聲應是，帶著延平郡王的決定再次趕往高崎。
“陳鵬真是跳梁小丑，”使者走后，鄭成功身邊的長子——鄭經輕蔑地評價道：“竟然敢小看父王在軍中的威信，真是自取滅亡！這都是父王的兵馬，他一個人也休想拉走。”
聽到延平世子的話語后，不少部將也紛紛表示贊同，鄭成功微笑著接受了他們的祝賀，然后繼續調兵遣將，爭取盡快殲滅那些來不及撤退的登陸敵軍。
等眾將都領命而去后，鄭成功的營帳內只剩下他們父子二人，鄭成功這才糾正道：“你說的不對，陳蟒他們不從賊，固然有我的威信在內，但最關鍵的是，他們都是大明的赤子忠臣；不要說陳鵬，就是我想投降，他們都不會聽從，而是會自行散去。”
“父王說的是，孩兒失言了。”鄭經急忙點頭稱是。
“你是世子，在人前說話一定要注意分寸，不要讓人有所誤解。”鄭成功感覺鄭經并沒有完全聽進去，對軍心也有一些誤解，這讓他有點擔心。
東岸的清軍部隊在看到施瑯逃走后就失去了抵抗的意志，大批地向明軍投降，閩軍水師抵達時，已經沒有幾個清軍還在頑抗；東南的登陸場剛才是達素親自在指揮，鄭成功水師逼近時，達素已經沒有讓禁旅八旗全部登船的時間。在達素和黃梧撤退后，岸上還有近千禁旅八旗，他們成為了清軍抵抗的中堅。
在這些禁旅八旗的督促下，這里的清軍不肯輕易投降，而是在岸邊據守、困獸猶斗。
面對清軍的密集防守陣容，對面的明軍也沒有急于發動攻勢，而是繼續防守。隨著周圍海域上的清軍艦船不斷被繼消滅，這些清軍終于失去了所有獲得解決的希望，在海上清軍船只不斷消失的同時，越來越多的明軍水師開到清軍背后，向海岸上摩肩接踵的清軍陣型展開炮擊。
前面被明軍擋住，身后就是汪洋大海，清軍完全沒有躲避火炮的機會，只能呆在沒有遮掩的海灘上，被明軍的炮火狂轟濫炸。炮彈不停地撞進人群，每次都會響起連續的骨折聲，這種白挨打的局面并沒有持續太久，很快就有大批清軍士兵因為無法忍受這種折磨，開始向明軍的防線跑過去投降。
在天黑前，連禁旅八旗也失去了繼續抵抗的勇氣，他們中同樣有上百人在明軍的炮擊中傷亡。見戰局已經毫無希望，不可一世的禁旅八旗也派出使者，向明軍請求投降，滿洲八旗提出的要求就是免死——他們也知道鄭成功未必會守信，但絕望的人總想抓住一根稻草。
剛剛又從廈門港趕到前線的鄭成功同意了對方的要求，表示只要滿洲八旗放下武器，他就會饒了這些人的xìng命。
“父王真要放過他們嗎？”等使者走后，鄭經好奇地問道。
剛才鄭泰送來了一份報告，他沒能抓著黃梧或是達素，但截住了大批清軍的船只。一批清軍在走投無路的情況下，棄船逃上了金門島，鄭泰的部隊隨后趕到，把這些清軍包圍起來。為了盡可能地減少明軍的損失，鄭泰以不殺俘為條件，派使者去勸降。結果一部分清軍選擇了相信鄭泰，放下武器向明軍投降，這些俘虜不到一千人，其中二百是跟著達素一起來的禁旅八旗。等這些清兵放下武器后，鄭泰就把他們都捆起來，然后統統扔進了海里。
“我當然會言而有信。”鄭成功并不認為鄭泰做的有什么不妥，在明清兩軍的觀念里，處死俘虜不是什么大不了的事，大家都在這么干；至于毀諾一事，從上倒下都都認為是平常事，鄭泰勸降成功幫助明軍避免了傷亡，士兵們不但沒有反感，反倒都認為鄭泰手腕不錯，
鄭成功覺得自己身為郡王，在說話算數這個問題上應該比鄭泰強一些才對：“等真韃子投降后，就把他們雙手斬斷，耳朵切掉，然后送回泉州。”
雖然這些人都成了完全沒有生活自理能力的殘疾，但誰也不能說鄭成功沒有遵守諾言，等了大約半個時辰后，前去受降的明軍軍官返回報告，說剩下的清軍全部交出了武器。至此，達素在廈門東南方向上登陸的一萬多清軍也全都成了明軍的俘虜，其中還有二百多名滿洲大兵。
鄭成功正要下令行動，把投降的滿洲兵都砍去雙手，但他心里突然記起一事，導致已經到了鄭成功嘴邊的命令又被他咽了下去：“先都關起來吧，認真一點兒，不要把真韃子都餓死了。”
把這二百多禁旅八旗都關押起來后，鄭成功又下令準備一支艦隊，把這些滿洲八旗兵都送去舟山：“聽說鄧提督又一次攻打南京去了，這些真韃子就讓張尚書轉交給鄧提督吧。”
不久前鄭成功通過清軍控制區內的消息得知，鄧名離開武昌后繼續南下，已經攻破九江，控制了這個向長江下游進軍的關鍵地區。看起來鄧名的攻勢不太可能到此為止，鄭成功估計鄧名可能是擔心自己和張煌言忙于攻打臺灣，沒有對sāo擾太用心，因此又一次自親政江南。
剛才鄭成功突然想起鄧名在南京城下的處理辦法，那就是把滿洲兵賣給南京的地方官，鄭成功覺得此舉中收錢是幌子，釋放滿洲八旗影響他們的斗志才是鄧名的主要目的。既然如此，鄭成功就打算把這批俘虜也交給鄧名去處置，這種類是獻俘的工作即可以表示自己的敬意，也可以讓鄧名去決定取舍——鄭成功并不打算重蹈覆轍。
“這不是有點太麻煩了嗎？”鄭經對鄧名的身份也很清楚，不過他總覺得沒有必要對鄧名那么客氣：“若是鄧提督已經回去了，那俘虜又該著呢麼辦？”
“若是鄧提督已經離去了，那就歸張尚書全權處置了。”鄭成功已經想好，若是鄧名的計劃真是借此瓦解對方軍心士氣的話，那自己可以和鄧名統一行動——再說此戰消滅的滿洲八旗也不少了，釋放二百個人也不會有什么惡劣影響。
對于鄭成功對鄧名的態度，鄭經實際也是有些意見的，覺得鄭成功對一個實力遠不如自己的宗室，沒有必要啊這么客氣。
“剛才我說的話，你還是沒有聽進去啊。”鄭成功注意到兒子的不以為然，又嘆了口氣，幸好閩軍還是由鄭成功是說了算，雖然鄭經對大明的態度有些微妙，但鄭成功還不至于讓這種思維影響到自己的決策和心態。
這批清軍盡數投降后，廈門戰役至此就告一段落，鄭成功一戰繳獲了八千多匹戰馬，終于可以開始組建自己的騎兵隊伍了：“本來我想攻打臺灣的話，物資還是有些不足的。”
從南京返回后，鄭成功對臺灣就是念念不忘，可是他的兵力不太寬裕，擔心自己若是率主力出發，廈門就會變得太過虛弱，給清廷乘虛偷襲的機會。如果在攻打臺灣的過程中，傳來廈門失守，家屬和倉庫全部被清軍取得的消息的話，鄭成功擔心攻臺的大軍就會動搖。
但現在看起來鄭成功不必擔心這個問題了，靠著新繳獲的裝備，鄭成功啊就能夠在進攻臺灣的時候不至于把廈門削弱得太厲害，而且經過這場大敗后，清軍短期內也絕對無法湊齊再次進攻廈門的兵力，這讓鄭成功獲得了一段安全、可以進行zìyóu活動的時間。而只要攻占臺灣，鄭成功就要把所有家屬和壯丁都挪到臺灣區，這樣鄭成功也就不用為了根據地的安危而不敢出兵東南了。
不久后又是一個新的好消息傳來，施瑯為了讓把滿洲大兵跑掉，寧可犧牲自己的戰艦，現在行清軍主力已經失去了，進入了防御階段。鄭成功知道這次清廷損失的船都是全國的水師主力，這讓běijīng在幾年之內的都無法再聚集起一支規模相當的入侵艦隊。
明軍正在清點戰利品的時候，吳六奇仍領著援兵在遠離廈門的一處海灣內避風，之前吳六奇接到了總壇的檄文，也遵照達素的命令帶著兩廣水師來廈門助戰。但一直到圍繞廈門的一些列水戰、陸戰都結束后，吳六奇的主力艦隊仍沒有抵達廈門海區域。
之前吳六奇已經把一些雜牌部隊派去泉州了，讓他們服從施瑯，跟著一起出發，也答應了達素的號召。可吳六奇的心腹部隊，缺完全沒有派去參加今天的戰斗。對吳六奇來說，若是清廷一方能夠取勝，那他也不是完全沒有出力——他派出了一部分粵兵。
“施瑯和黃梧不知道怎么想的，居然敢去正面與鄭成功交戰，他們兩個人都做了鄭成功那么就的部下，難道就不懂的害怕嗎？”施瑯和黃梧的勇氣讓吳六奇感到相當驚訝，他和鄭成功也打過不少次交道，發現自己海戰完全不是延平郡王的對手，陸戰也不行。
“鄭逆去年在江寧大敗，聽說被梁化鳳上幾千水手就打垮了。”吳六奇身邊的一個幕僚說道，他和吳六奇不同，認為還是有機會攻占廈門的。
“我敢肯定，擊敗鄭逆的肯定不是梁化鳳的幾千水手，就是幾萬也未必夠用，一定是朝廷集中了山東、河南等地的兵馬，一起增援江寧，最后對上鄭逆時能有好幾倍的優勢，鄭逆一看一看，江寧是肯定打不下來了，所以還是退兵把。”和施瑯與黃梧不同，吳六奇對南京之戰有自己的看法，前者都親口詢問過南京一戰的親歷者，所以在他們看來，鄭成功的軍隊的戰斗力發生了嚴重下滑；而吳六奇沒有見到梁化鳳的部隊，認為鄭成功的戰斗力依舊和以前相差不多：“可這兩個人把鄭成功的撤退看成虛弱，竟然會想主動進攻廈門。”
把一部分雜牌部隊派去泉州后，吳六奇就帶著艦隊緩緩向廈門前進，他并不打算參與到這場進攻中去：“黃梧和施瑯加在一起也打不過鄭成功，別說他們兩個，就是再加上一個我也不行，這仗是先到先敗、后倒后敗，不到不敗。”吳六奇對心腹們分析道，他不是剛剛投降清廷的，而且已經為清廷立下過很大的工作，所以不用急著去立功。
慢吞吞地走了一天，吳六奇也沒有前進多久，天sè剛開始變暗就下令宿營。
結果第二天一早，吳六奇就接到消息，知道清軍無論是海戰還是陸戰，都被鄭成功所擊敗，已經退回泉州去了。
“我早就知道？”吳六奇炫耀了一下自己的先見之明，就地向朝廷遞上奏章，稱自己獨木難支，為了兩廣的安全考慮，必須立刻返回廣州了。寫好奏章之后，吳六奇立刻帶著艦隊踏上了回鄉路，毫不猶豫地遠離廈門而去。
廈門戰役徹底告終時，鄧名從衛士口中得知，漕運總督的秘使已經趕來鎮江，現在正在營地外等候他的接見。
