就在龍謙連日研究軍隊整編的時候，全事局勢再起變化。
10月9日，西南傳來好消息。
第二師出廣西后沒有先定貴州而是先進云南，是因為就軍事力量而言，云南強于貴州。另外，受孫文在兩廣武裝反清的影響，云南的同盟會反清勢力也較強。云南籍留日學生大批加入了同盟會，比較著名的有楊振鴻、羅佩金、唐繼堯、葉荃等，這些人回國后大批發展同盟會勢力，使得云南成為政治上傾向孫文的省份之一。西南諸省中，云南的軍事力量也是比較強的，在1909年初，云南已成立了新軍第十九鎮，轄三十七、三十八兩協四標，雖然裝備訓練比起北洋六鎮差得多，但畢竟是一直成建制的軍隊了。
龍謙率第五鎮進占兩廣后，即命情報處加強對云南的工作。在1908年初即組建了昆明站，開始了對云南各派力量的調查和滲透。而龍謙平息了新寧之亂，起兵反清后，反復指示經略西南的第二師要穩扎穩打，先切實控制廣西后再西進云南。所以，在山東、北方兩軍捷報飛傳，南方軍主力勢如破竹北伐的情勢下，第二師（當時只有一個完整的建制旅）一直停在廣西，一面招降清剿廣西清軍，一面組建訓練第六旅，第一師打下長沙，第二師尚在廣西停步不前。
長沙之戰后，第四旅歸建。藍心治上報了進軍西南的計劃：集中第二師主力自廣西挺進云南，先不管貴州，第一步解決云南問題。而第四旅不必折返廣西而是自長沙西進，經湘西叩四川之大門，相機奪取重慶。第四旅的任務不是攻略四川，而是牽制西南。為師主力奪取云南創造條件。
該計劃經總部反復研究后批準。但龍謙署名的電報指示藍心治，就軍事而言，第二師主力兩個步兵旅加上師直屬部隊并不戰局絕對的優勢，尤其要考慮第六旅這支剛組建的部隊嚴重缺乏戰爭的考驗。不堪大用。還要考慮周馮事件后對第二師的影響，加上過于遙遠的后勤補給路程。軍事解決云南的難度是很大的。但云南問題的核心不在于軍事，而在于政治。要善于利用全國范圍內大勝的聲勢，并且將這種聲勢發揮到最大。促使其內部發生有利于我們的變化，要相信。云南的地方勢力（主要是滿清勢力）及同盟會勢力在全國局勢巨變的情況下是會產生動搖的，要促成這種動搖，以利于軍事上的迅速解決。龍謙特別強調，不管什么人，只要愿意與合作，一概給予團結，委以重任。
龍謙幾次跟司徒均、曹敏忠等人談起對第二師的擔心。其中就有對藍心治獨領一軍的擔憂。但彼時別無他策了。不過。藍心治在平定西南的過程中打消了龍謙的疑慮，這是他出任西南軍區司令官的主要因素。
跟高層預料的一樣，南方軍奪取長沙后，云南終于亂了。七十四標統羅佩金、二營管帶劉存厚、一營管帶唐繼堯。七十三標三營管帶李鴻祥，炮十九標管帶劉云峰等利用的聲勢發動了昆明事變，殺死了十九鎮統制官，奪取了昆明城，云貴總督等滿清高官乘亂逃走，云南成立了軍政府，羅佩金為都督，云南脫離滿清宣告獨立。
按說云南起義后應當在政治上表態站隊的，支持同盟會還是？必須做出明確的選擇。但奇怪的是云南軍政府一直沒有這樣做，令總部十分的不解。當時龍謙生病，王之峰自作主張派員攜了偽造龍謙簽名的信函到昆明，轉交都督羅佩金，希望云南加入陣營。王之峰這樣做是征求了司徒均意見的，司徒均當時被龍謙的病嚇壞了，覺得這樣做也無所謂，沒什么后遺癥。等情報處特使去了昆明聽了昆明站的介紹，方曉得云南在獨立后分成了兩派，一派以羅佩金為首，堅決支持孫文的民黨，這不奇怪，本來他們就是同盟會嘛。另一派以唐繼堯、劉存厚為首，卻認為大勢已成，決不能與為敵。兩派誰也說不服誰，越談越僵，漸有火并之勢。
這大概就是云南雖然獨立，但卻在政治態度上模棱兩可的緣故。
于是，特使找上了劉存厚和唐繼堯，給他們看了偽造龍謙簽名的信函，表示既然羅佩金不識大體，總部一定支持劉、唐二人，希望他們切實控制手里的軍隊，待第二師逼近昆明時做策應，將來自然跑不了開國元勛的待遇。
劉存厚和唐繼堯自然非常高興。表示一定按照龍大帥的指示辦事。這個時候，封國柱已經取得了汀泗戰役的勝利，武昌指日可下。劉存厚及唐繼堯正想怎么聯絡呢。現在龍謙的人帶來了他的親筆信，自然讓決定改換陣營的劉、唐等人十分欣喜。
待第二師進入云南，逼近昆明，唐繼堯和劉存厚設計，以大敵當前，云南部隊應精誠團結共度時艱為由，邀請羅佩金、劉云峰等人到唐繼堯家里商議大局。羅佩金不虞有詐，不聽劉云峰勸告欣然赴會，被扣。唐繼堯本來是要殺掉羅佩金的，但劉存厚不忍，只是將人給扣了下來。于是忠于唐、劉的部隊猝然發難，包圍羅佩金、李鴻祥的部隊，將其強行繳械。然后派出聯絡官，引導第二師第五旅進入了昆明城。
不戰而平定云南。整個事件藍心治第二師沒有戰死一人，倒是云南部隊死了十幾個，李鴻祥在事件中被殺。
這是10月8日的事。消息傳至北京已是次日了。剛妥善解決北洋軍改編的龍謙聞報大喜，立即以總部的名義授予云南起義部隊第二十二師的番號，任命唐繼堯為第二十二師師長，劉存厚為云南都督。
這樣憑空又多了一個師。盡管這個師的實力尚不清楚，更不能馬上使用。但第二師主力兵不血刃解決云南，使得兵力本來捉襟見肘的西南方面立即變得寬裕起來。即使預定投放四川的曹錕第十三師不上去，第二師已有余力進軍貴州，從南面威脅四川，促其轉變了。
此時。挺進湘西的第四旅沿辰州、永順已至酉陽。一路上倒是打了幾仗，當地的防營怎么會是正規軍的對手？第四旅目前已經進入川東。在酉陽、石柱間休整，準備向重慶進軍。留守武昌統攬南方戰局的司徒均下令第四旅暫緩前進，他認為云南問題解決后，貴州已是囊中之物。命令進入昆明的藍心治相機派出不少于一個旅的部隊北進貴州。逼迫四川做出最后的站隊。
現在西南問題只剩了一個四川了。司徒均自武昌連發電報，建議在武昌補充休整的第三旅結束休整，沿長江西進，接應第二師向四川的進軍。
此時各大軍區已經成立，軍區配屬部隊已經明確，但司徒均似乎不等曹錕師南下了，認為依靠原南方軍現有兵力即可解決四川問題了。
在北京的龍謙將司徒均的電報轉給了藍心治。藍心治迅速回電。不同意總參的意見，認為目前第二師主力仍需留駐云南，其第五旅可以北出貴州，但駐武昌之第三旅在東南問題尚未徹底解決。黎元洪第十四師未曾整編南下兩廣前不可輕動，建議曹錕之十三師立即南下，歸西南軍區直接指揮。即使曹師不能全師出動，至少應在數日內先期開動一個旅，該旅乘火車抵漢口后，立即裝船，逆長江而上，攻擊四川。此為萬全之策。
龍謙同意藍心治的意見。這份電報鞏固了藍心治的地位，龍謙認為其具備一個戰區司令應有的全局觀念。于是龍謙親自擬寫了關于西南戰局的電文，發西南軍區的同時轉總參，強調西南問題應穩步解決，不可存了畢其功于一役的想法。
龍謙再次召見尚未返回衡水大營的曹錕，介紹了西南局勢并轉達了西南軍區司令官藍心治對使用十三師的意見后詢問曹錕，可否在七至十日內完成一個旅的整編并統軍南下？曹錕表示可以。提出了以原第三鎮改編為十三師第三十七旅的意見，建議吳佩孚統領該旅先期北上，以完成總部對四川的軍事計劃。但曹錕提出了對原第三鎮兩個協統的安排要求，龍謙答應了曹錕的要求，答應將二人調回總部侯用，但龍謙強調三十七旅南下曹錕應當親自統率，三十八旅及師部的組建，曹錕可委托蔡鍔實施，具體問題可以電報指示。
曹錕領命后當日便與蔡、吳二人離京返回了衡水。
安頓了西南，龍謙將目光轉向了西北。
再說西北。西北諸省以陜西為第一，西北的中心城市是西安，也是中原進入西北的門戶。早在袁世凱發出歸的通電后，陜西省便通電擁護，但其過程也是一波三折，充滿了戲劇性。
陜西雖為西北政治軍事的中心。但兵力并不強。1906年，陜西巡撫李鴻勛將前任巡撫升允組建的常備軍改編為陜西新軍第二標，他自己又招募青壯千余人組建了第一標。算是搭起了一個協的架子。次年，即1907年，新任陜西巡撫恩壽奉旨編擴新軍一鎮，他委派道臺王毓江主辦其事，但錢糧被姓王的貪污，軍隊也沒有編成。直到龍謙起兵反清，陜西的所謂正規軍也就是兩個裝備訓練均很差的步標，朝廷也沒有授予番號。
陜西軍事力量極差，但會黨及隨后發展勢力的革命黨力量卻原來越強，各級官員對中樞越來越失望。宣統元年（1909年），西安街頭便有民謠，“不用掐，不用算，宣統不過兩年半。”新軍軍官陜南人錢鼎及咸寧人張鳳翔都是同盟會成員，組織了“軍事研究社”為掩護，積極從事反清工作。舉義，錢鼎、張鳳翔等人認為時機已經成熟，于是在八月底舉行了武裝起義，哥老會首領萬炳南積極協助，起義軍順利占領西安，連巡撫衙門都是哥老會攻占的。
于是，幾經爭議，以張鳳翔為“秦隴復漢軍政府”大統領，錢鼎、萬炳南為副統領。陜西算是“光復”了。跟云南一樣。光復后的山西面臨站隊問題，是向靠攏還是擁護不成氣候的民黨？“秦隴復漢軍政府”內部發生激烈的爭吵，萬炳南是極力主張歸順的，錢鼎搖擺不定。張鳳翔則主張立即聯絡同盟會要員前來主持大局。
九月初。陜人于右任奉孫文之命回到陜西，接管陜西軍政。卻引發了西安之變。此時。清廷已經退位，奪取天下的大勢已成，萬炳南說服錢鼎，扣押了張鳳翔及于右任。在袁世凱發出通電的第二天便宣告陜西歸順總部。于是，吳念第七師經豫西西進，入潼關，順利占領西安，也是一個兵不刃血的過程。
根據總部的指示，吳念在進駐西安后委任錢鼎為陜西民政長，目前正在整頓陜西部隊。將其整編為第七師第二十一旅。主力暫時停在西安，停止了西進的步伐。
坐鎮武昌的司徒均認為，東南戰局已經明朗化，既然總部慮及兩湖廣大的地域間竟然沒有一支主力部隊鎮守而不準第三旅西進四川。所以，可令第三旅暫留武昌。待河南、湖北降軍徹底整編后方可動用。但建議第一師立即西返，經武昌北上西安，抓緊進軍西北。
司徒均分析了南方局勢，認為東南雖然在軍事上即將平定，但非駐重兵不可，僅靠一個第三師負責江蘇、浙江、福建、江西四省軍務是不夠的！而且福建仍處于獨立狀態為實現軍事上的占領。目前進入江蘇腹地的第六師暫時不能返回山東。而廣西民風強悍，第二師主力西移后，仍有部分地方勢力采取觀望態度，沒有真正投誠我軍。兩湖至少應有一個主力師駐扎以策應南方與西南的變局。綜算下來，司徒均認為南方軍力至為空虛，應當抽調老部隊至少一個師南下“填補空白”。
龍謙接電后給司徒均回復了一份長電。通報了軍事整編的總體方案，在原定的六大軍區加一個衛戍區不變的情況下，國防軍師級部隊不是在武昌商定的十三個而是十七個了（含云南二十二師）。這樣，總參所考慮的南方空虛的問題即將得到解決。第六師可暫駐江蘇，待南方軍區兩個師及西南軍區一個師組建部署到位后，總參所顧慮的兵力緊張的問題將迎刃而解。
龍謙電示司徒均，大軍區組建令及司令官的任命將立即公布，總部將著手組建軍事委員會以代行中央政府成立前的過渡階段。總參機關在南方軍區組建、胡宗玉就位后即行北上。
司徒均復電完全同意龍謙對于軍務的安排，特別提醒龍謙關注北洋軍的整編以及曹錕第十三師的南下。他匯報說，黎元洪非常配合，出任十四師師長至為妥當。
10月9日，總司令部發布了組建北方、中央等六大軍區的命令并公布了軍區防區、駐地及司令官名單。
龍謙委托副總司令魯山、寧時俊負責改編及組建新師。這事一件非常重要的任務，涉及到大量的部隊調動、換防以及人事安排。但龍謙表示完全委托魯、寧二人負責，方案報批后即行實施。
魯山和寧時俊首先對北洋部隊提出了整編方案：以原北洋第二、四鎮組建第十二師，師長馮國璋，參謀長張清義（原25旅參謀長），轄第三十四旅，旅長陳光遠；三十五旅：旅長李純；以原北洋第三鎮、第六鎮組建第十三師，師長曹錕，參謀長渠庶士（26旅參謀長）；轄第三十七旅，旅長吳佩孚；三十八旅：旅長蔡鍔。
為了控制兩個由北洋整編的新師，魯山從北方軍調了三十名營連長充任兩個新師的團參謀長、營長及連長。這是龍謙與北洋諸將商談時確定的整編原則之一，同時，北洋軍將抽調差不多同等數量的軍官到國防軍的幾個新師中任職，職務一般不低于原職。
程二虎第四師、熊勛第五師、姜義柳第八師、丁小富第十五師、高虎子第十六師的組建將放在第二批。
魯山與寧時俊拿出的意見是這樣的，在完成第十二、第十三師的組建后，將首先組建熊勛第五師，因為該師將用于北方，在決定對外蒙出兵后，老部隊僅靠第九師及獨立騎兵旅是不夠的。計劃從第25、26、28、29四個旅各抽調一個整團，加上原京師第一混成協的降兵及新招的新兵先將第五師的架子搭起來，然后出關整訓，作為魯山對外蒙進兵的后備部隊。相關的炮兵、騎兵、工兵部隊均從北方軍抽調，山東方面迅速抽調新生產的武器補充該師。考慮到北方軍原先的槍械為俄制口徑，而山東軍、南方軍為德制口徑，而山東的軍工實力已經很可觀，第五師部隊就此換裝德制槍械，以便后勤供應。
為此，魯山、寧時俊給龍謙的報告中建議確定國防軍武器標準，先將現有俄制槍械彈藥集中于鄭雙慶第九師，待條件具備后逐步換裝山東造武器。
隨后是第十四師的組建，因為該師部隊為原二十九混成協及黎元洪起義部隊為主，魯山、寧時俊建議該師的組建工作交給仍在武昌的總參謀長負責。
而姜義柳第八師將依托第一師組建，魯山、寧時俊同樣不負責不負責該師的組建，交由南方軍區負責。
最后是預定劃撥衛戍區的第四師、中央軍區的第十六師及東南軍區第十五師。由于兵員、武器的嚴重缺口，魯山建議十六師在山東組建，第四師在京畿組建，時間要稍后一點。
而第十五師則參照第十四、第八師的辦法，交由東南軍區組建。
還有一份滿清的“遺產”，及山西成立的第四十三混成協。在北洋通電后，山西第一批宣布歸順。該混成協目前仍在山西，只有兩個不完整的標。鑒于陜西駐有主力，山西的穩定不存在問題，魯山建議將山西新軍整體劃入熊勛第五師，番號為第十四旅，立即北上綏遠，控制內蒙核心，為預定用于外蒙方面的北方軍區獨立騎兵旅后援。
龍謙批準了魯山、寧時俊的方案。
安頓好這一切后，龍謙終于可以著手考慮政務問題了。
