這樣一來，張勇和線國安的判斷出現偏差便是很自然的事情，再加上他們輕視了云南這亞熱帶雨季的厲害，弄得兵疲將乏。又急于結束這場艱難的征討，更有昆明方面的催促，失敗的絞索便越來越緊，牢牢地套在了他們的脖子上。
而張勇和線國安卻并沒有這個覺悟，他們派出的精銳部隊傳回來的消息也在加深他們的誤判。精銳前鋒被明軍結寨阻擋，但只是一天，便趁夜撤退，顯然在給騰沖的偽宗室爭取逃跑的時間。
與逃入緬甸的偽帝永歷及君臣是一個德性。張勇和線國安不禁冷笑鄙視。偽宗室留守為圣旨所迫，不得不裝出個樣子，現在目的基本達到，還不得倉惶而逃，跑到邊遠之地茍延殘喘。也好，占領騰沖就意味著此次軍事行動劃上了句號，終于可以結束這令人備感折磨的征討了。
而軍中瘟病的蔓延流行，此時正牽扯著張勇和線國安的主要精力，顯然他們不知道那句叢林格言，“要戰勝敵人，先戰勝疾病”。
叢林地帶植被茂密，有毒植物四處滋生，蟲獸繁多。雜草叢生及溫熱的環境利于霍菌和病源微生物大量繁殖，致使各種疾病流行。如痢疾、瘧疾、肝炎、勾端螺旋體、乙型腦炎、恙蟲病、霍亂和各種蟲咬性皮炎，還有由于疲勞、潮濕而引起的綜合疲勞癥和“三爛”（襠、腳、手）等，使清軍出現了大量非戰斗減員，而且隨著時間的延長，瘟病有愈演愈烈的態勢。
也別說張勇和線國安沒有預料到叢林環境的險惡，依據當時的醫療水平，他們也確實沒有什么有效的辦法來防范。要知道，即便到了二戰時期的依姆法爾戰役，日軍由于忽視叢林傷病的急救與防護，戰斗中幾乎100的人員都患了瘧疾，部隊病員與傷員的比例最高達到6∶l；而法國軍隊在侵越戰爭的五年中，患瘧疾、痢疾的人數占部隊總數的42.2，病死的人數為戰死人數的四倍。
當然，叢林環境對明軍也有影響。但朱永興依靠后世的知識，提前采取了一系列的措施：讓士兵多嚼吃檳榔、茶葉、大蒜；睡覺用蚊帳，沒有蚊帳就涂抹大蒜汁或薄荷葉汁；軍營中多修廁所，不許隨地便溺；不喝生水，不吃不潔食物，飯前便后要洗手，勤洗澡，病員隔離，撒石灰等等。這些后世小學生可能都知道的防范醫治措施，再加上有青嵩熬水的偏方，以及鄭氏馬幫搞來挖來的藥材，使得明軍的境況要比清軍好得很多，士氣也逐漸超過了清軍。
從這些情況綜合來說，張勇和線國安作出孤軍挺進的策略，一部分原因是基于自己的判斷，另一方面也確實是清軍異常疲弊，帶著傷病員和輜重繼續前行，有著很大的困難。
但這些困難并未被昆明重視，滿洲將領驕橫，對于綠營和漢軍低看一等，對他們的作戰，只重結果，不看過程；而洪成丑認為大勢已定，朝廷對吳三桂等人的安排也已經確定，老漢奸自覺老邁，體衰多病，便乞旨回京休養了；吳三桂呢，得到了駐鎮云南的旨意，雖然離他的預期有些距離，但吳三桂還是準備利用朝廷所給予的權力，極力擴充和發展自己的勢力，而這樣的準備無疑當以軍隊為先。
其實，無論是順治，還是議政王大臣，在授予吳三桂等人留鎮特權的時候，都都強調此系臨時辦法。主要考慮到云貴、兩廣、福建新近開辟，情況復雜，局勢還不夠穩定，不得已而行此暫時辦法，希圖借助他們的威望和兵力來盡快恢復和確保正常的社會秩序。實際上，“三王”的統治在某種程度上就是一種軍事管制。
但吳三桂老奸巨滑，借著云南初定，形勢不穩之機，向清廷上奏，請設“云南援剿四鎮”，在軍事組織上安設重要將領為一個方面的統帥。按照吳三桂的設想，這援剿四鎮并不駐扎在昆明，而是要分駐在云南的四個重要地區：武定府，曲靖府，楚雄府，洱海衛（祥云）。一鎮之兵為馬兵六百，步兵一千五，守兵九百，共是三千人。最重要的是，這四鎮之兵均隸屬于吳三桂，等于是他要擴充自家人馬。
由于云南剛剛平定，極需要加強軍事防守，這符合清朝的根本利益，故吳三桂認為請設四鎮很快便會得到批準。但他也知道，清廷雖然對他提議、提名的四鎮將帥人名不會作梗，可一定會有些制衡手段，比如作命一批武職人員充任云南各地區的軍事長官。
張勇率領的甘陜綠營能不能被留在云南，歸他調遣、被他吸收尚未可知；線國安是廣西提督，所率漢軍也是孔有德舊部，那是肯定要回去的。所以，在清廷的旨意下達前，吳三桂對在騰沖的軍事行動并不是很關心。甚至他還有那么點小期待，希望偽明宗室留守得以逃脫，繼續折騰。
這樣一來，吳三桂便可以再向朝廷請奏，名正言順地改編投誠的明軍降卒，甚至連組建方案都設計好了。初設兩大系列營，分別命名為“忠勇營”、“義勇營”。在這兩大營中，再各分設中、前、后、左、右五營，總共計十營兵馬。每大營馬步兵初定為六千，這么一來，又是一萬兩千的軍隊掌握在吳三桂手中。
吳三桂之所以急于擴充軍隊，實在是因為他手中的兵將并不充足。除了很快便可以成立的援剿四鎮和計劃中的“忠勇”與“義勇”兩大營外，屬于他直接掌握的軍隊，也就是“藩下”，不過才一萬多甲兵。
而這支軍隊才是他最信賴的家底，各級軍官都是他的親信，是他的軍隊中最重要的將領。其中還有他的親屬，如吳應期是他的侄兒、夏國相是他的女婿。有一部分早在遼西時已成為心腹將領，如楊珅、吳國貴等都是，這些人，跟三桂有著密不可分的特殊關系。非到關鍵時刻，吳三桂哪舍得動用這支嫡系隊伍。
至于“平西藩屬”，則包括了其他各地的清軍，比如甘陜綠營，湖廣綠營等等，雖歸其統轄，但與吳三桂的關系卻差了一層，而且這些軍隊在名義為國家即朝廷所有，只是暫時駐扎云南，最后的去向未定，吳三桂想籠絡收服，還需要時間。
養賊自重，不可令滇省一日無事，吳三桂稟持著這樣的思路，再加上時值雨季，云南道路難行，自然對遠在騰沖的戰事不是很關心。另外，吳三桂對朱永興這個突然冒出來的宗室留守也十分輕視，根本沒把朱永興看在眼里。所以，三鬼這個老漢奸忙于擴充實力，對張勇和線國安的叫苦并沒放在心上。
