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與陳奇策定下新會戰略后，周士相終率太平軍于初十日渡江。※％，
長達數月之久的新會之戰，太平軍共戰歿百戶以下官兵1420人，傷570人，后征保安團丁聯同新會民夫青壯、清軍俘虜850人，傷亡達全軍四分之三多。至決定渡江，太平軍五大營只存官兵1165人，后營老弱7800余人，另有傷兵320人。
做為太平軍補充的2000民夫在太平軍的“要求”下隨同太平軍行動。周士相從中擇1500年輕力壯者補入各營，余下者歸入后營保安團和公庫軍。
1700名清軍俘虜在經過幾天的整編甄別后，也分批補入太平軍和保安團。800名廣州各府縣的綠營兵被第一批補入太平軍，600余非遼東出身的清軍第二批補入，余下200多遼東出身的漢軍旗兵則被撥入新建炮軍營充為炮手使用。
此去香山，關鍵在于立足，而香山對于太平軍太過陌生，故而原屬香山縣的100多綠營降兵得到了周士相的重視，分別將他們安在各營擔任副旗頭，以為各營占據香山時為向導。
1500名民夫聯同1700名清軍的補充，使得太平軍的軍力達到了4000余人，不但之前的五大營全部滿員，新建炮軍營也達到了600眾，如此不但太平軍六大營兵力達到3200人，屬后營的保安團和公庫軍也有了近2000人的編制。
長達數月的守城戰和出城決戰使得太平軍的軍官大量陣亡，現在又一下補入如此多的民夫和降兵，指揮和管理上面難免出現問題。周士相對此的解決辦法是大量提拔作戰有功的士兵擔任小旗，更從民夫和俘虜中選了20人擔任小旗官，幸存的小旗又大量升總旗，總旗升試百戶。此外，對于降兵的補充和改變，周士相還有另外的手段。那就是安軍使的存在。
安軍使所起的作用類似于后世軍隊的政委，周士相前世又是人民軍隊的一員，軍史戰史多少有些了解，自然知道解放戰爭時人民軍隊是如何吸納改造那些國民黨軍隊俘虜的。在將前世的一些改造手段告訴宋襄公后，便由后者物色安軍使人選一一補入各營，在降兵進入軍營第一天起，安軍使就開始發揮作用。僅從目前的情況來看，安軍使的工作很有成效，至少，加入太平軍的清軍俘虜總體還是安靜的。大多數人已經習慣自己身份的改變，甚至有一些俘虜開始主動找到安軍使，將自己是如何成為清兵，又如何在軍官的帶領下作惡一一道出，最后請求太平軍的寬恕，決意和清軍不共戴天。
雖然各營軍官對安軍使的突然出現有些不滿，他們無法接受自己的命令會受到另一個人的質疑，自己對部下的懲罰會被人阻撓，甚至這個人還會越級上報他的不是。讓他這個主官很沒面子。但不管怎么說，安軍使對于軍心的穩定作用還是被各級軍官們看在眼里的，因此他們也勉強接受安軍使的存在。
長達數月的惡戰雖然讓太平軍傷亡巨大，但同時也算是真正將太平軍打造成了一支百戰精兵。活下來的人無論是軍官還是士兵都比從前強得太多，經歷過血海尸堆的太平軍將士已經堪比精銳。補充的兵員已經超過原有官兵總數，但在這些太平軍將士的凝聚統帶下，戰斗力和忠誠性并沒有下降太多。接下來周士相要做的就是如何將這一支成分復雜的軍隊徹底改造。將其打造為一支能左右局面的強兵。
雄威營百戶仍由邵九公擔任，震虜營則由原百戶葛正弟弟葛義正式擔任百戶一職，陷陣營百戶繼續由鐵毅擔任。近衛營百戶禿子蔣和因為腳板受傷無法行動，周士相便改命公庫軍的趙四海擔任近衛營百戶，蔣和則調公庫軍，等到他傷愈后再作決定。虎捷營百戶則仍由秦智生擔任。各營陣亡的試百戶也分別由各營百戶報上人選，周士相無一不準。
新建的炮軍營百戶人選周士相定了齊豪，齊豪從前雖是大西軍的總兵，但現在只是太平軍的一員。在買鹽和炸營上立了大功的齊豪出任太平軍的高級軍官也是應有之意，對他的任命沒有引起其他將領的反感。炮軍營的炮手全部是被俘的漢軍旗炮手，起先在出任炮營百戶后齊豪還擔心這些漢軍旗兵不服管制，但讓他驚訝的是，根本不必他這百戶動作，原先那些先加入太平軍的漢軍旗兵就能壓制住新加入的旗兵，把他們管得服服貼貼，這讓齊豪大是輕松。
糧食短缺的問題并沒有因為繳獲的清軍糧草而所改編，為了最大程度的恢復那些快餓死民夫的體力，周士相也是不惜血本將不多的糧食拿出，如此才讓民夫們稍稍恢復一些，但離身強體壯還是差得遠。他急于離開新會去香山，也是因為對糧食的迫切需求。新會附近已經被清軍糟蹋得不成樣子，陳奇策為了籌糧連日來都是派水師沿江到各處去搜刮，周士相沒有水師可以遠派籌糧，只能選擇馬上離開這里到香山去。相比新會的殘破，香山可是處寶地，物產豐富，更鄰近澳門，無論是糧草還是軍械，只要經營得好都可以獲得。
原本周士相是想讓新會城的殘存百姓留在城中不必隨太平軍行動的，但不曾想這些百姓卻都主動要求隨太平軍去香山。有些不解的他問宋襄公百姓為何如此，宋襄公告訴他一來新會百姓有很多人家女子和太平軍將士有軍婚關系，雖說這些女子所嫁的男人很多都戰死了，但某種程度上說這些新會百姓，尤其是那些女人已是太平軍的一員，因而他們沒法離開太平軍獨自生活。二來太平軍軍紀甚好，對老弱都有照顧，而新接管新會的水師是不是能如太平軍一樣，百姓們心里沒底，這才寧可隨太平軍去香山也不愿留在新會冒險。說一千道一萬，新會的這些百姓還是怕水師軍紀不好，也怕他們守不住新會，結果再被清軍禍害。
陳奇策對于太平軍進軍香山提供了最大能力的幫助，如他先前所承諾一般，兩天內，他用船將太平軍的所有人員和物資全部運到了對岸，另外又贈送了一些從清軍繳獲而來的甲衣，反正他的水師也用不到這些，不如讓太平軍帶去還能發揮些作用。
待全軍渡過譚江，周士相發下軍令：此去香山不殺人、不、不搶財貨、不宰耕牛、不放火。(
