“石頭要過刀，茅草要過火，土人要換種！”是湘西剿匪軍中一些中低層軍官背著鎮部和剿匪衙門擅自搞出來的，原因是他們的部隊遭到了負隅頑抗的土司武裝襲擊，于是在報復心理下，這個聳人聽聞的口號被提出，且被付諸實施。
核心區數縣，寨寨過兵，家家過刀，村村見血，其慘烈程度不亞第六鎮在靖州實行的燒光搶光殺光政策。據統計，永歷十三年以后，又有百余土寨被屠，死難土人六萬有余。
進剿過程中，以原清軍綠營降兵為主的一些旅在執行過程中格外瘋狂，而以歸附土司武裝改編的數旅兵亦充當了屠寨先鋒，其兇狠程度讓其余部隊自愧不如。
在這一瘋狂口號引領下，湘西境內未投附土司武裝力量遭到滅頂打擊，盤踞湘西的土匪大寇也多遭覆沒。湘西境內雖仍有殘疾余土司武裝不肯下山投附，原駐防湘西境內的清軍綠營殘疾兵亦有多股仍在負隅頑抗，但軍帥府及剿匪軍上下毫不懷疑湘西匪患將被徹底蕩平。
發動百姓、利用百姓、鼓勵百姓，予百姓以實惠是湘西剿匪能夠取得成功的關鍵所在。而這個百姓，不分民族，只要愿意接受太平軍領導，愿意漢化，那便是大明的百姓，便是太平軍予以保護的子民。
周士相將后世解放軍在湘西剿匪的經驗原封不動的照搬于這個時代，而無論今世還是后世，湘西匪患的本質都是一樣，活動模式也是一樣，自然不存在水土不合這個問題。事實證明，再狡猾、再奸詐的敵人在群眾力量前都是紙老虎，不堪一擊。
而當發動群眾與大規模屠殺威攝相結合后，困擾中國千年的湘西土患便被徹底終結。
湘西剿匪軍中也涌現一大批戰斗英雄及英雄部隊，由軍帥府授旗表勛的就有“五寨英雄衛”、“鳳凰攻堅英雄隊”、“麻陽尖刀新一旅”等；由湘西剿匪指揮衙門授予英雄稱號的有“十五洞特戰英雄模范伍”、“米公寨群眾工作模范營”、“勇猛頑強方家屯新六旅”等。
而個人榮獲軍帥府表彰的則有原驢池洞土司廖蘭奇，得授“大漢勇士”勛章，獲委保靖參將一職；原黃道溪土官萬麻得授“大明忠誠衛士”勛章，獲委沅州副將一職。
而由湘西剿匪指揮衙門下發的個人勛章則有六十余枚，勛章由金、銀兩種材料鑄成，正面都為“大明”二字，反面則為“榮譽漢人”四字。得授金勛章者，有漢人4人，土官6人，土人14人。得授銀質勛章者則有漢人9人，土官12人，土人28人。
周士相本人在二月初七那日，親自前往麻陽縣為一英雄母親授勛，此舉開創太平軍為女性授勛首例。
該英雄母親為苗族婦人撾靚花，在太平軍進抵麻陽剿滅土司武裝，號召土人下山歸漢后，撾靚花帶著六個兒子兩個女兒越過數十里山路來到麻陽縣城。此后更是響應官府號召，送三個兒子參加太平軍，在長子、次子戰死后，又為身邊的三個幼子報名。
麻陽縣城遭到附近數支土匪聯合進犯時，撾靚花毅然帶領兩個女兒參與守城，幫助救治傷員。其英雄事跡在麻陽廣為傳誦，經麻陽駐防新四旅安軍使奏報剿匪衙門，并由剿匪總指揮趙四海特報軍帥府，周士相親往麻陽接見撾靚花，除為其授勛表彰外，更為其親自取漢名范漢杰，其子女均以范姓。除給予榮譽外，更在政治上予以一定地位，物質上給予一定賞賜，以鼓勵更多的土人學習范漢杰。
周士相在麻陽對范漢杰等土人婦女說道：“從今往后，你們就是漢家女人，你們的子女也都是漢家兒郎，你們不必再擔心受到土司欺壓，也不必擔心你們的女兒被土司霸占，更不用擔心你們的兒子會被土司殺害，因為你們有我，有太平軍！”
會后，周士相在麻陽縣衙對前來的剿匪軍諸將如此說道：“前一陣子剿匪，在湘西20多個縣中殺了土司匪首、地方惡霸四千六百余人，剿匪衙門準備在今年由地方再殺一批。本帥以為這個處置是很必要的，也必須堅決予以落實。只有如此，才能使敵焰下降，使民氣大伸。如果我們優柔寡斷，姑息養奸，不將匪患徹底解決，不能將湘西徹底漢化，則將遺禍漢人，遺禍后世子孫。”
趙四海代表剿匪衙門對下一階段任務匯報，他道：“核心區、邊緣區現在大概還有十幾萬不肯來附土匪、在鄉惡霸與偽清地方官員、散兵游勇、綠林土寇、暗藏禍心的地方士紳等壞分子將近一萬，我們經過幾次討論，決定分化瓦解消滅敵人。在這個總方針下作出了再殺五萬人的預算。這五萬人包括土匪和在鄉這批人。”
周士相欣然認可，他道：“這個預算軍帥府認可，只有匪患徹底消彌，只有不再有土人，才可以考慮不殺人。不然，還是要殺人。消滅敵人最好的辦法就是消息，不論他們是什么人，只要他們是我們的敵人，那么就應該無情消滅。”
為了更加有效肅清匪患，讓湘西漢土百姓知道誰是壞人，誰是好人；誰在侵犯他們的權益，誰又在保護他們的權益。周士相建議各地可以廣泛召開公審大公，大會要大張旗鼓舉行。公審犯人為罪大惡極的土司、大寇及那些偽清官員。參加大會的人數可從幾百到幾千或幾萬，要組織百姓們登臺控訴犯人的罪行，然后公開宣判，當著百姓們砍掉這些罪大惡極犯人的腦袋。
經軍帥府同意，剿匪衙門部署，駐沅陵的剿匪軍新八旅在校場坪廣場舉行了公審裘五、烏基郎達、郭萬夔三人的大會。
裘五，永順縣人，曾在孫可望的駕前軍中擔任把總、千總，后降清擔任清軍沅陵守備。太平軍攻入湖南后，裘五開城投降，同時積極配合太平軍肅清附近清軍殘余勢力。因其表現忠心，被委以千戶一職。不想，未過多久，因見太平軍對各地士紳大戶“勸糧”，裘五擔心其家族也會被勒餉催糧，便在偽清官員、吉首知首郭萬夔的重金勸說和唆使下率部反水，血洗了沅陵縣城，遭成漢土百姓千余人喪命。后被聞訊趕到的太平軍趕出沅陵縣城，和附近土司烏基郎達合兵一處繼續對太平軍發動襲擊，更制造無人區，致使三千漢土百姓無辜被殺。經剿匪衙門重兵進剿，三大寇遂在永歷十三年元月二十一日兵敗被俘。
會審之后，裘五、烏基郎達、郭萬夔及其黨羽手下254人被集體斬首。首級懸于沅陵縣城門樓，風吹雨淋三月后方取下。
同時，又在芷江舉行有芷江、懷化、黔陽、晃縣等六縣代表參加的公審李永全的大會。
李永全年輕時即為匪，后被明朝湘西官府招安，先后任過千總、參將。其所部明軍被清軍擊潰后，李永全逃回老家繼續為匪，橫行鄉里，并以發展幫會組織手段擴充勢力，成為“復興大唐宮’的雙龍頭。永歷十二年三月十八日，其參與“血洗黔城”事件，不久向清軍投降，得授沅州副將一職。同年六月，清五省經略洪承疇來到芷江，對李永全贊賞有加，給其發銀三千兩。太平軍入湘后，李永全一心替滿清賣命，數次率部襲擊太平軍。去年十二月底，駐芷江太平軍三個旅對李部發起圍剿，李部很快被擊潰，但李永全本人得以逃脫。他到處藏匿，最終化妝成新娘乘坐花轎出逃時被抓獲成為俘虜，公審當日連同手下心腹18人被公開處決。
因受李永全禍害百姓請求，對李永全本人采取裂尸刑。即以大馬數匹拉斷其尸，后任由百姓取尸相食，以泄痛憤。
根據軍帥府意見，湘西剿匪軍指揮衙門又在各處開辦軍官訓練班。參訓學員一半是太平軍入湘初期因不敵而降的清軍軍官，另一半則是進剿過程中被迫投降的一些土司和土官。
這些訓練班，一不設鐵絲網，也不設警戒，有家眷在的人每隔七天還可回家團聚。太平軍對于這些投降的清軍和土官給予了最大信任，然而事實卻是訓練班中的不少人表明接受訓練，暗地卻與反動土官和地方士紳聯絡，一心籌劃迎接清軍。尤其是當這些訓練班成員知道滿清平郡王羅可鐸領大軍正在攻打太平軍后，這些人的活動更加密集。在反復權衡之后，周士相下達鎮壓命令。
在大帥特令下，湘西六處訓練班中356名偽清軍官及土官均被坑殺。
高級軍官和土司土官不穩定，底層嘍羅同樣不安定。和舉辦高級軍官訓練班一樣，太平軍于一些地方也成立了低層訓練班。成員多是普通清兵和土匪，對這些老兵油子和經年土匪，在思想工作進展不順的前提下，經剿匪衙門報請軍帥府，決定予以處決。
各地接令后立即動手，先選擇一個山谷地方，預先布置好刑場，山谷兩端設置警戒，隨即將要處決的匪兵，以轉場名義重兵押送過來后，立即分批處決。
類似這等處決，剿匪衙門有文報如此寫道：“有的地方有成批殺的現象，如芷江、辰溪、沅陵幾個城市中曾一天殺過三五十人的。有的地方，在駐軍奉令移防時，倉促行事，以致有的土匪就被殺在官道上不得掩埋”。
針對反動偽清軍官、土司土官及底層賊性不改的嘍羅土匪的大規模處決只進行了不到一個月時間，因戰事緊張，軍帥府下令剿匪衙門將身體健康的，罪惡不大的免去死刑，改為輸送各部隊充為夫子使用。這些人是被真正當作夫子，而不是被充作輔兵使用，人數大概在萬人左右。他們雖身著紅色衣服，但并非軍服，所任的也都是極其辛苦的活計。這幫匪兵在隨后太平軍與云貴清軍的大規模交戰中，不少人死在陣中。有的人表現很勇敢，有的人則表現很不堪。
各地大規模處決土匪人員時，太平軍中不是沒有過不同意見，尤其是湘西剿匪軍中爭論頗多，認為有些土匪可能是冤枉的，也有的一些是被逼上梁山，本質不壞，應當給他們一個改過機會。有的則說土司和土官是兩千年來湘西等地特有現象，他們對于族人的欺壓并不損害官府利益，所以對他們不當一昧剿滅殺戮，而當予以懷溫柔手段。有的身處大山之中，強迫他們出來改漢名，學漢語，穿漢衣，受漢令有些苛刻。
湘西剿匪指揮衙門及軍帥府內的一些不同聲音傳到了周士相耳中，他沒有就此發表什么訓話和看法，而是手書六個書送到了湘西剿匪指揮衙門。
這六個字“寧殺錯，不放過。”
“湘西成功的經驗以后要向天下推廣，尤其滿蒙等族，更要依此例辦。有意見者可以保留，但必須執行。不執行者，同賊論。”
