黎珠逃往南定，驚魂過后即派人快馬往升龍主府報訊，所派之人和范永錦派去報訊的是前后腳進的升龍城。
聞聽水師全軍覆沒，升龍府的一干大越朝臣都是心驚，一向在深宮之中不聞世事的皇帝黎維祺也被這消息驚動，派人往主府詢問鄭柞明人為何會大舉來犯，前方戰事又如何，明人是否會深入腹地威逼京師。
黎維祺雖是傀儡，但面子上鄭柞對他還是尊重的。他沒有告訴皇帝明軍來犯是因為他想討好清朝所以扣押了明朝公主一行，并且事實上直到現在，鄭柞也并不知道明軍水師大舉來犯的目的何在。
鄭柞遣人對皇帝說，明人因受制于北面清軍，且皇帝棄國，在國內無處立足，這才渡海來犯，妄圖取大越一兩地以為根據。戰事方面，雖水師遭受大敗，但明軍亦無力深入，眼下尚在海陽水寨。
事實上明軍現在已向山南關進軍，但黎珠撤退太過匆忙，逃到南定之后慌里慌張的就上報升龍府，范永錦那邊也是不知明軍內情，以致二人都沒將事情報清楚。鄭柞這邊自然不知具體情況。
黎維祺得此回報，自是大怒，發下旨意要鄭柞即刻派兵剿滅明人，大越之土絕不能為明人所占，百姓更不能為明人荼毒。
鄭柞接旨后，便召朝臣于主府商議派兵進剿之事。鄭氏政權沿后黎朝官制，卻是仿的北面他們看不起的明朝，相應官衙職署大體相同，南方阮主政權卻是自設一套，以差司、將臣吏司、令吏司及知縣知府等官員體系統治。
鄭柞被皇帝黎維祺冊封為西定王，按理其處所當稱西定王府，但不管朝臣還是百姓，卻皆稱之為主府，意為鄭氏之主府。而百官十之七八皆由主府出，鄭家牢牢把控了這大越朝的權力。
最終，鄭柞沒有采納大臣黎有德和陳玉厚的建議派人與明軍談判，以交還公主一行為條件換取明軍退兵，而是委任都督統帥陶玉饒和大將武良率優兵一萬三千余奔赴南定府反擊明軍，同時行文海陽、京北、山南、南定等十數沿海府州縣，命各地召回在鄉一兵，并行招募義勇，奮勇抗擊明人。
鄭柞這是被水師覆沒給激怒了，自他接位以來，便戰無不勝，還未嘗有一敗，爾今卻是叫都已亡國的明人欺上門來，真可謂是可忍孰不可忍！
決意堅決予以還擊明軍后，鄭柞又給北方的丁文左發去諭令，讓他馬上派人到云南和清軍取得聯系，在盡可能為大越爭取最大利益的前提下，將那個明朝的大長公主和隨行人員交給清方，以徹底斷絕明人的指望。
陶玉饒領軍出征之時面見鄭柞，鄭柞對他說道未有大勝之前絕不可與明人談判。陶玉饒請示是否將兵敗的黎珠鎖拿解回京城治罪，鄭柞思慮之后以黎珠乃鄭家三代老臣，且一直忠心耿耿，許他在南定戴罪立功。
陶玉饒和武良率優兵出京之時，太平軍第十一鎮在都督趙自強的指揮下，已經奪取山南關，正向南定方向進軍。而第十二鎮在留下一旅兵駐防山南關的同時，分兵攻掠左右州縣，以為大軍補充錢糧。
水師方面也沒有閑著，吳遠派鄭成魁和周勝各領一支船隊攻打北面的鴻基港和南邊的清化。鄭、周二人得到的命令是盡最大可能搶掠安南人的糧食，然后將青壯年抓回船上，分批送往廣東。
在明軍水陸大舉并犯之時，鄭主諭令下達地方，鄭氏所控沿海各級官府立即召回在鄉一兵，并貼榜招募義勇。各地百姓聞北吳人事隔兩百年再次來犯，均是同仇敵愾，踴躍報名參加義勇，積極支持和配合當地駐軍對來犯明軍作戰。導致明軍所到之處，無不遭到當地人的抗擊。水師偏將周勝率師朝北攻陷鴻基，發兵四下擄掠之時，當地民眾便自發組織起來襲擊明軍，迫使周勝不得不率水師退守鴻基港。
六月十三日，太平軍第十一鎮前鋒甲旅抵達南定府所轄果安城，果安說是城，其實不過一小鎮，根本無城墻可守，因此明軍不費吹灰之力就拿下了果安。
膽怯的黎珠知道明軍到達果安后，害怕明軍會來攻打南定府城，便擅自派人與趙自強開始談判，以期明軍能夠退軍。但由于趙自強提出條件過于苛刻，黎珠不敢簽訂，結果風聲走漏，鄭柞大為不滿，命將黎珠革職，由陶玉饒統一指揮南定左右安南軍隊作戰。
十七日，趙自強不滿黎珠突然被撤，探馬又報左近發現不少安南軍隊，遂先下手為強，命令十一鎮攻占南定府城的門戶慶安城。陶玉饒聞訊派武良統優兵四千配一兵三千余增援慶安。結果慶安的安南守軍雖明軍勇頑強，但終因寡不敵眾被明軍破城。武良救援不及，便令優兵1700余人，于黑夜出動，挈火箭、噴筒，夜襲慶安城，擲火焚燒，欲將城中明軍燒死。明軍派1500兵反攻，于夜色之中多扔轟天雷，結果安南軍隊抵擋不住潰退。
陶玉饒不甘慶安失敗，又陸續調集兵勇準備反擊。26日，陶玉饒以兵力已足，決定從三面同時反擊，企圖一舉收復慶安、山南關、果安三地。結果接戰均不利，紛紛撤回原駐地。
29日，駐山南關的第十二鎮丙旅乘勢攻打山南府，山南安南軍隊大敗，被殺兩千余人。30日，十二鎮數百兵在奉命抓人搶糧時激起當地安南百姓反抗，16名士兵被打死。隨后，該鎮安南男女老少在村中集合，以黑旗為令旗，約定旗進人進，旗退人退。同時，還聯絡了附近的數千百姓，手持大刀、長矛，冒雨襲擊明軍駐地。
因天降大雨，火藥受潮，明軍無法發揮出火器威力，遂和安南百姓展開肉搏戰，4名明軍死亡。明軍一路肉搏，在雙方人數懸殊的情況下，竟大勝安南反抗百姓，一路屠殺，致使安南百姓遺尸千余具。第二日清晨，卻有數萬安南人高舉黑旗，將明軍駐地圍得水泄不通。
明軍指揮千戶傳話給當地的安南知縣鄭國成，如果百姓不解除對明軍駐地的包圍，那么明軍便將屠近方圓所有百姓，不使一人走脫。
鄭國成清楚雙方實力，己方正規軍已被明軍擊敗，單靠自發組織起來的百姓勢難擋住明軍，因此為免百姓無辜枉死，鄭國成便出面勸退百姓，從而避免一場慘劇發生。可鄭國成卻為此擔上賣國賊的惡名，被群情激憤的愛國士子于知縣衙門外圍毆而死。'
