從南京敗退回到金廈后，鄭軍的實力仍然很強大，雖然精心訓練了幾年的陸兵損失很大，尤其是鐵甲兵基本損失怠盡，但水師卻是損失不大。然而這次北伐卻消耗了金廈數年積蓄，鄭軍有效控制的沿海島嶼根本再無法支撐這么一支龐大軍隊的后勤供應，故延平王尚在崇明時就開始考慮進軍東番，以求為金廈軍民獲取一塊能夠穩固的根據之地。
回到廈門后，原弘光朝太常博士、永歷朝太仆寺少卿沈光文自東番歸來，向延平王進言：“金門寸土，不足養兵；廈門丸城，奚堪生聚”
又有在東番熱蘭遮任荷蘭東印度公司臺灣評議會通事長十幾年的漢人何斌來投，獻上了一份秘密地圖，標明船艦如何航行才能繞過荷蘭炮臺在鹿耳門登陸，另外何斌在逃離臺灣之前曾經暗中派人測量了進入大員灣的鹿耳門水道。沈光文的進言和何斌的來投促使延平王下決心收復東番，他召集諸將軍議，將出兵東番之事與諸將說了。
“天未厭亂，閏位猶在，使我南都之勢，頓成瓦解之形。去年雖勝達虜一陣，偽朝未必遽肯悔戰，則我之南北征馳，眷屬未免勞頓。何廷斌所進東番一圖，田園萬頃，沃野千里，餉稅數十萬。造船制器，吾民鱗集，所優為者。近為紅夷占據，城中夷伙不上千人，攻之可垂手得者。我欲平克東番，以為根本之地，安頓將領家眷，然后東征西討，無內顧之憂，并可生聚教訓也。”
延平說完，原以為諸將定為響應于他，不想大半將領都是心存疑慮，一個個面有難色。
宣毅后鎮將吳豪起身道：“藩主，末將去過東番幾次，紅毛夷在那里修的炮臺甚是厲害，水路又險，實是不利進軍。再者東番和我閩地風水不同，我等皆大陸之人，若去東番，只怕水土不服。”
吳豪的意見很明顯，他不同意去和占東番。宣毅前鎮將黃廷也道：“東番那地方，聽人說是很大，但我等大多都未過去看過，不知情形是否屬實。紅毛夷的炮火雖厲害，這個卻是不怕的，只是我們的海船太大，若進東番則必須在紅毛夷的炮臺前過，這不是聽任紅毛夷打嗎”
兩個大將的發言讓延平王眉頭微皺，這時建威伯馬信卻開口說道：“藩主考慮的是咱們金廈太小，軍民又多，難以憑之久據韃子，所以想先固根據，再壯枝葉，此是萬全之策。我馬信是北人，對東番虛實不知，但以人事而論，蜀地還有高山峻嶺，兵將尚可攀藤而上，卷氈而下；長江有鐵纜橫江，都可用火燒斷，所以紅毛夷雖桀黠，布置周密，難道真沒辦法破他們....今我軍在南京失利，軍心影響極大，將士們都擔心金廈立不住，故信以為，不如派一軍前往探路，倘可進取，則并力而攻；如果紅毛夷真的利害，不利進取，那咱們再作商量，亦未為晚。”
馬信所言甚是中肯，延平聽后點頭道：“馬信所言，因時制宜，見機而動之論，甚穩妥。”
不過閩地出身出將還是出言反對，各將議論不一。不同意出兵東番的
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比同意的要多，有將領更是提出和廣東聯兵合取福建，這怎么也要比去東番，遠離大陸要強。有將領更是心下擔心，去了東番，還如何抗清，如何復興大明
原兵部尚書唐顯悅、兵部侍郎王忠孝、浙江巡撫盧若騰三人堅絕不同意延平去東番，認為收復東番的目的是脫離抗清前線，僅從鄭氏一家私利考慮取遠離大陸的臺灣為安身立命之所，是無意復明的表現。但他們不敢直言，便以吳豪和黃廷意見為肯，認為不可去東番。
參軍陳永華見諸將和官員們不同意藩主意見，思慮片刻，道：“世上之事，做了才知能不能知，不做如何知成不成先盡人事，再聽天命。吳、黃二位將軍所言，是身經其地，細陳利害，乃守經之見，亦愛主也，未可為不是。但建威伯所言，大興舟師前去，審勢度時，乘虛覷便，此乃行權將略也。所以我以為，不若先盡人事，成與不成，都由藩主決斷。”
協理五軍戎政楊朝棟支持陳永華之見，認為收復東番此舉可行。楊朝棟是鄭鴻魁舊將，在軍中素有影響，他支持出兵東番，使得不同意的將領開始動搖。延平趁機起身拍板定下此事，不容諸將再議。
延平的意圖為取東番為復明基地，而不是全軍撤往東番，自絕大陸。所以金廈及南澳一帶的島嶼不能失去。為此他決定親自統率主力出征臺灣，命忠勇侯陳霸防守南澳；派郭義、蔡祿二鎮前往銅山會同原鎮該地的忠匡伯張進守御該島，必要時策應守南澳的陳霸部；留戶官鄭泰和參軍蔡協吉守金門；洪天祐、楊富、守南日、圍頭、湄州一帶，連接金門，以防北面來犯之敵。
最后，延平決定世子鄭經守廈門，輔以洪旭、黃廷等將，與洪旭之子洪磊、馮澄世之子馮錫范、陳永華之侄陳繩武三人調度各島防守事宜。
延平向來果斷，威信又重，諸將只得奉令。延平下令全軍立即大修船只，只等年后出兵東番。然就在軍議后的第六天，卻傳來了南都被太平軍光復的消息。緊接著南都就有周士相的使者前來，告訴延平，甘輝、余新等鄭軍將士已被解救，此刻正在江南和清軍戰斗。周士相邀延平再入長江，兩軍會師南都，共奉唐王號令天下，驅逐滿韃。
南都光復的消息令得金廈軍民為之欣喜鼓舞，失利的頹喪一掃而空，兩島鞭炮之聲日夜不絕。魯王朱以海在病榻上聞訊后，淚流滿面，要世子朱桓扶他起來向著孝陵方向長跪。寧靖王朱術桂、瀘溪王、巴東王等明朝宗室亦是激動，一個個在那如小孩般又跳又喊。
延平藩下諸將磨拳擦掌，便要再入長江和太平軍會師南都。然延平卻遲遲未有下令各軍再入長江，這讓宗室和諸將們都是困惑。已有更確切的消息傳來，蘇松提督馬逢知都扯旗反正歸明，正在攻打浙江的閩浙總督趙國祚和浙江巡撫佟國器，何以藩主卻還按兵不動，便是不入長江和太平軍會師，也當發兵大陸，攻取福建啊。
諸將困惑時，延平卻接待了達素派來的使者。
