話說明太祖大肆殺戮有功之臣，胡惟庸一案前后持續了十年之久，楊璟雖“死”也不能逃過所謂的審查。由于朱棣的暗中保護，命手下將楊璟身世的真實檔案統統予以銷毀，重新做了一份假檔案，漂白了楊璟的身世，上報給明太祖。
遠在南京的朱元璋最疼愛四子朱棣，對朱棣之言深信不疑，故誅殺了營陽侯楊通之后，就不再追究楊璟的罪行，最后此事不了了之。
洪武十五年(1382)，朱元璋在全國遴選高僧為已故馬皇后誦經薦福，同時也是為各路同姓王挑選輔佐人才。一個人的偶然出現，改變了大明王朝的歷史走向，他就是道衍和尚。
道衍經人舉薦成為燕王朱棣的重要謀士，隨燕王朱棣至北平(今北京)住持大慶壽寺。他從此經常出入燕王府，參與奪位密謀，成為朱棣的重要謀士。
燕王朱棣并不是朱元璋的馬皇后親生兒子，1360年出生在應天府，到了七歲才和其他兄弟一樣有了自己的名字。
朱棣自從生母死后，就一直被馬皇后養著，童年衣食無憂，過得還是比較開心的。20歲那年被封藩在北平，鎮守邊關。
此后朱棣多次受命參與北方打擊元朝殘余勢力德爾軍事活動，展現出了非凡的軍事才能和過人的膽識。朱棣兩次率師北征，招降蒙古乃兒不花，并生擒北元大將索林帖木兒，戰功卓著，在北方軍隊中影響力很大。于是，他變得越來越心志不凡、目中無人和桀驁不馴。
楊璟全家被朱棣救了以后，覺得太憋屈，總想找機會回蘇州看看岳父母，回城步寨看看父親楊谷慶（楊政）。燕王知道楊璟乃忠勇孝悌之士，可是老皇帝沒有死，是不能冒險回江南的。
1392年，太子朱標病死，朱標沒有經受戎馬倥傯、生活磨難，養尊處優，朱棣很其瞧不起這位兄長。隨后秦王朱樉、晉王朱楓先后去世，于是朱棣在軍事實力和家族尊序上都成了諸王之首。
朱元璋覺得朱棣這個兒子極像自己，多次透露信息，打算想傳位給朱棣，這讓朱棣興奮不已。
朱棣很樂觀地對楊璟道：“芮國公，你再忍忍，天很快就要亮了。”
楊璟憂郁道：“現在圣上健康得很，況且沒有正式冊立，殿下還是要做好最壞的打算。”
朱棣還是信心十足道；“不怕，萬一父皇不立本王為太子，我雄兵十數萬，隨便找個借口殺進應天府便是。”
楊璟道：“師出無名，貿然出兵，不可。”
朱棣道：“那怎么著？”
楊璟道：“殿下目前最好的辦法就是韜光養晦，等待皇上的消息。”
朱棣道：“我都等了三十多年了，就怕我走在父皇之前。”
楊璟道：“殿下宅心仁厚，切莫擔憂。心態好，就可以長命百歲。”
朱棣道；“父皇要是像漢武帝一樣活到80歲，我不是要等到白發蒼蒼了。”
在一旁默默不語的姚廣孝掐指一算，哈哈大笑道；“殿下，皇上至多還有六、七年光景。”
朱棣立時情緒高漲：“大師，您可算準了？”
姚廣孝道：“若是皇上還能夠活過七年，殿下再砍了老衲，也不遲。”
楊璟道：“大師何時忽悠過殿下您？”
朱棣如獲至寶：“好！我們好好慶賀一番。”
朱棣乃擊掌三下：“上酒——”
不一會侍衛就端上了好酒好菜，三人就如何奪取帝位之事，商談了起來。
果不出楊璟所料，明太祖最終繞不開法律程序和傳統觀念，加之不少大臣的強烈反對，才放棄廢長立幼的念想。朱元璋冊封朱允炆為皇太孫，而不是指派朱棣為皇嗣，這一次朱元璋的舉措徹底激怒了朱棣。
消息傳到北平，燕王異常失望：“父皇，您待我如此不公，別管我不客氣了！”他立即召集楊璟和姚廣孝連夜商量對策，準備直接出兵逼宮。
姚廣孝道：“殿下是不是坐不住了啊？”
朱棣捶著桌子，咬牙道：“昔日賢明君主夏禹、商湯、宋太祖實行兄終弟及的宗室繼承制，為何父皇這么死腦筋，兒子不立，偏立一個娃娃為皇位繼承人。難道皇子們都死光光了嗎？本王的老臉往哪里擺啊？”
楊璟道：“殿下，不可操之過急。等待就機會，忍耐就是勝利。”
姚廣孝盤坐著在那里，閉著眼睛不緊不慢的道：“殿下，老臣還是那句話，老皇上命不久矣，不久矣。”
朱棣斜著眼道：“到什么時候了，還盼著我父皇死。他不死，我就捏死他！”
楊璟道：“低調，低調。這話要是傳達皇上那，我們都得死。”
姚廣孝道：“塞翁失馬焉知非福。只要皇上一倒，乳臭未干的朱允炆就算坐上了龍椅，也要把他拉下來。”
朱棣稍稍平靜了下來：“還是大師穩得住。芮國公，你速速會瀛西加緊操練，以免引起錦衣衛的疑心。”
楊璟道：“臣領命——”......
洪武三十一年（1398），明太祖駕崩，遺詔所有諸位不得進京吊喪。孫子朱允炆即位，是為明惠帝，他感覺叔叔們手握重兵，權力過大，嚴重威脅著中央政權。于是朱允炆和顧命大臣齊泰、黃子澄等密議削藩。
朱允炆自知燕王朱棣勢大難圖，就從朱棣的同母弟周王動手。周、代、岷、湘、齊諸王先后削奪，湘王，其余人都被廢為普通人，逼得坐鎮北平的燕王朱棣實在坐不住了。
建文元年(1399)六月起兵前夕，朱棣設計擒獲朱允炆在北平安插的眼線布政使張昺、都指揮使謝貴。清除了潛在的危險以后，經過精心準備近20年的朱棣要動手了。
朱棣打出了“清君側，靖國難”的旗號，向朱允炆發難，他要從侄兒手中奪回原本是屬于他的皇帝寶座，朱棣在大哥死后一直就是這么認為的。于是，一場爭奪皇位的內戰——靖難之役于七月爆發，楊璟從瀛西返回北平，隨為了迷惑朱允炆，朱棣給楊璟封了個百戶候（北軍百戶令），其時確實先鋒總指揮。
燕王起兵不久就攻取了北平以北的居庸關、懷來、密云和以東的薊州、遵化、永平（今河北盧龍）等州縣，掃平了北平的外圍，排除了后顧之憂，便于從容對付朝廷的問罪之師。
朝廷軍50萬浩浩蕩蕩殺來（后期60萬），燕王膽子可真夠大的，以12萬精兵對抗。燕王善用計謀，又有楊璟統率的楊家將將士打頭陣，燕軍奮不顧身，不懼生死，打得朝廷軍節節敗退，李景隆一路逃跑。
氣得朱允炆撤了李景隆的統帥職位，換上盛庸擔任大將軍，東昌一戰，包圍了朱棣的前鋒部隊，楊璟、楊洪父子死戰，殺退了一波又一波拼死向前的朝廷軍，直至朱能的援軍到來才得以突圍。鄭和（三寶太監）派人給燕王送來密信，說京城空虛，盡快率兵南下。
戰爭進行到第四個年頭（1402）四月，燕軍進抵宿州，與跟蹤襲擊的南軍大戰于齊眉山（今安徽靈璧縣境），史稱靈璧之戰，幾經交戰，雙方互有勝負。考慮到在河邊不易防守，朝廷軍何福移營，與平安在靈壁(一作靈璧)深溝高壘布防，采用阻擊戰，準備拖垮靖難軍。
忽然斥候回報：“南軍平安親自率兵六萬護衛糧草。”
“善。”朱棣聞之狂喜，采取出其不意的戰術，打一場偷襲戰，他要生擒這個讓他吃了不少苦頭的大明武士。
四月廿七，朱棣率精銳一萬人突然襲擊朝廷軍的送糧隊伍，將朝廷軍攔腰折斷。朱棣和楊璟等突入敵陣，大呼奮擊，兩陣矢交如雨。
朝廷軍不停地沖著朱棣所在位置拼命放箭，有的箭射偏了，扎在朱棣隊伍的旗幟上，就好像刺猬身上的刺一般密密麻麻。
朱棣和他身邊的將領混在一起，一樣的裝束，遠遠望去根本分不清，可是平安好幾次和朱棣近距離接觸，差點要了朱棣的命，這些偷襲者發了瘋的進攻，除了朱棣的親軍別無其他了。
朱平安大喊：“兄弟們，反賊朱棣就在軍中，那個騎黃馬的便是！抓住了賞金五千兩！”
于是被截斷的朝廷軍迅速包圍了朱棣的燕軍，朱棣心里不由發毛。明太祖的這個養子朱平安可不是一般的角色，燕將中無人敢擋其鋒，威名赫赫，戰功無數，朱棣屢次和南軍大戰，所向披靡，唯獨在對平安、盛庸二人時才會挫敗。
“怎么辦啊？朱高熾這小子這么還沒有出現啊？是不是想要你老爹死在這里啊？”
看著身邊的將士不是中箭倒下，就是被砍成了肉醬，朱棣的頭腦一片空白，緊張不已。
百戶令楊璟雖然忠心耿耿，帶著楊洪、楊清等人，使出楊家槍的必殺技，一槍一個，刺死了數百人，畢竟楊璟不再是20年前的楊六郎了。
朝廷軍仍不見退卻，拼死地向燕軍重重壓了上來，包圍圈越來越小，朱棣幾乎可以看到對方統領朱平安的鼻尖了。
