當天，奉天殿內舉行大朝會，當庭正式宣布旨意，改組內閣與軍機。
旨意中明確表示，皇帝之下分為內閣和軍機。
內閣辦公地點在紫禁城奉天殿東邊的文華殿，軍機辦公地點在奉天殿西邊的武英殿。
住在文華殿的永王和定王二人，搬出紫禁城，朱慈烺將抄家所得的魏國公府和保國公府，分別賜給定王和永王，作為王府。
內閣大臣管理全國政務，治理國家促進發展，掌管除軍隊和宗室外的一切國政事物。
內閣下屬吏部、戶部、禮部、工部、刑部、教化部、財政部（稅務部）、海事部、鴻臚寺（外交部）、翰林院。
軍機大臣管理軍事，負責軍事作戰，開疆拓土。
軍機控制全國的軍隊，掌軍令，可以對軍隊發號施令，對武官選拔、考核、升降、賞罰。
軍機下屬兵部、情報部、后勤部、軍器部、贊畫部、軍工研究院、皇明軍校。
其中兵部是軍屯部和五軍都督府的集合體，新的五軍都督府包括了軍屯職責，總部以前叫大都督府，朱慈烺將其直接改為兵部。
軍機與內閣的職權平等，凡軍機要務，內閣無權過問。
二者一文一武，互不通氣，分別向皇帝奏事，皇帝利用兩者之間的異同，直接控制軍權和政權。
遇到戰事，皇帝召開御前會議，商量要不要打，打的話將要達到什么戰略目的，然后軍機去執行，下達作戰命令。
內閣只負責調動各省的后勤支援，當然了，各地都督府也會在當地設立后勤戰備倉儲，隨時應對戰爭，避免文官們后勤不繼拖后腿，影響戰況。
內閣大臣和軍機大臣，皆由皇帝親自任免，主要以政績與軍功為依據。
除了皇帝可以制約內閣與軍機，朱慈烺又將都察院和軍法部獨立于內閣與軍機外。
都察院監察文官，軍法部監察武將，按章程辦事，形成制衡，聽命于皇帝。
朱慈烺本想將財政權也單獨拿出來的，后來想想還是放棄了，財權要是拿出來，就是北宋的二府三司制了，容易造成冗官的現象，行政效率差。
為了保持行政效率，朱慈烺采用問責制，明確官員崗位職責，任務不重合，是誰的責任由誰來承擔。
追究具體問題的具體過錯，不問功勞苦勞，不搞將功抵過，形成真正的賞罰分明。
最后，在殿上，朱慈烺宣布了內閣大臣和軍機大臣的名單。
吏部尚書，楊廷麟，內閣首輔，太師，侯爵，文華殿大學士。
戶部尚書：張國維，內閣次輔，伯爵，文華殿大學士。
禮部尚書：朱繼柞，內閣大臣，文華殿大學士。
工部尚書：方孔照，內閣大臣，伯爵，文華殿大學士。
方孔照本是內閣次輔，因兒子方以智擔任浙江巡撫，他避免方家權勢過重，樹大招風，因此甘愿讓出位置，掌管個沒什么影響力的工部......
刑部尚書：馮英，內閣大臣，文華殿大學士，兼任應天府府尹，掌天下刑獄。
教化部尚書：李巖，內閣大臣，文華殿大學士，年輕遭人妒忌，未封爵，留用教化部。
財政部尚書：程國祥，內閣大臣，伯爵，文華殿大學士。
海事部尚書：沈廷揚，內閣大臣，文華殿大學士。
鴻臚寺卿：（外交部）冒襄，內閣大臣，這是唯一一個不是文華殿大學士的內閣大臣。
若不是外交工作日益重要，以這位學渣的資歷，再努力十年都入不了內閣！
翰林院大學士：楊士聰，內閣大臣，伯爵，文華殿大學士。
翰林院集中了知識分子中的精英，負責修書撰史，起草詔書，為皇室成員侍讀，擔任科舉考官等。
原本翰林院的老大只是五品學士，其他官職都是些六七八九品的小官，每天只負責抄抄寫寫的工作，致力于文化學術事業的傳承。
朱慈烺有意將翰林院搞成智囊團，特地在原有的學士上面再設大學士一人，正二品銜，楊士聰為首任大學士，掌翰林院。
都察院院長：李邦華，負責監察以上所有部門官員，不入閣，授正一品特進光祿大夫。
朱慈烺覺得左都御史這個官職沒逼格，不配當都察院的老大，于是在左都御史上面又加了個院長......
軍機大臣及下設部門。
兵部尚書：孫應元，首席軍機大臣，秦國公。
情報部尚書：李廷表，軍機大臣，太保，侯爵。
此時的大明情報網主要分成三部分：錦衣衛主要側重于軍事情報，往別國派出細作；
龍驤夜不收相當于特種偵查大隊，隸屬于軍機；
東廠接管全國官員和民事情報網，直接對皇帝負責。
后勤部尚書：太監盧九德，軍機大臣，祖墳冒青煙，成為歷史上唯一一位太監當官的家伙。
軍器部尚書：趙景麟，軍機大臣，侯爵，掌管各地軍器局、武器制造。
贊畫部尚書：趙士驤，軍機大臣，伯爵。
贊畫相當于參謀，主要職責是整理戰斗信息，為軍事長官提供資料并提出一定的戰略戰術，為行軍部隊指路、以及為將帥們起草報告和文書。
經軍事長官授意，贊畫可以向下面單位布置具體的戰斗任務。
最重要的是，贊畫部要對士兵們進行思想教育，精忠報國，守護百姓，讓士兵們在任何艱苦的條件下都能夠積極的戰斗，充滿了必勝的信念.....
朱慈烺很明白，這樣的文武分治制度，不一定很完美，而且面對時代的發展，以后也需要再作出調整，比如拓展海外時，隨著地盤的變大，很多問題又會出現。
最后，朱慈烺確定了巡撫制度，命吳忠宣布各省巡撫的名單。
巡撫一詞，最早出現在南北朝時，基本上是皇帝派遣官員出巡邊鎮和賑災撫民。
大明開國之初，在各省設立都司（都指揮司）、布政司（承宣布政使司）、按察司（提刑按察使司），分別主管軍事、民政、司法，合稱三司。
按道理說這三權分立的制度挺好的，然而不到百年的時候，隨著土木堡之變后，文官集團勢力做大，武將集團地位下降，三司的平衡被打破。
加上社會矛盾激化，三司條條分割，都在推卸責任，運轉不靈。
這個時候，大明朝廷才另置巡撫，地位在三司之上，使三權歸一，掌管地方軍政大權，行政效率蹭蹭往上提，朝廷對地方的統轄權也重新得到加強。
即便如此，大明的巡撫依舊是非地方正式軍政長官，哪里不穩定就往哪里派出巡撫，基本都是都察院的御史兼職。
巡撫開始是主管民政方面的，隨著天啟、崇禎朝地方戰事變多，巡撫側重于主管軍事，走了文官指揮軍隊的下坡路。
鑒于此狀況，朱慈烺正式確立巡撫制度，在各省設一名巡撫，從二品，掌管一省民政、司法、監察大權，不掌軍事。
