“改，必須要！”賈老板直接將劇本丟到了徐昌隆的臉上，讓他搞一個新劇本出來。
趙靈兒可以復活，但劇本也要有一定的深度，同時林月如不能消失。
于是乎，在經過了兩個多月的修改之后，全新的劇本出現。
第二代的主角依然是李逍遙，他雖然成為了蜀山派的掌門，同時在《仙劍奇俠傳1》里面埋下了伏筆的魔界開始入侵人界。
而李逍遙忽然得知，在魔界的最深處，隱藏著死而重生的辦法，所以李逍遙既為了解決魔界之患，又為了復活趙靈兒，于是主動踏入了魔界。
不過也因此導致體內所有的力量全部被封印，李逍遙只能從魔界的一個普通魔人開始冒險。
這一點的設計非常好，賈老板非常的欣賞。
因為原本的制作組舍棄李逍遙這個人氣主角，轉而搞一個王小虎這種不倫不類的東西出來，究其原因也就是因為李逍遙在原著劇情里面，實力已經到達了人類能夠達到的極限了，再從零開始練級的話，未免有些太操蛋了一點。
畢竟李逍遙不是皮神和智爺，每一次換地圖，都要神奇的遺忘所有的能力，然后從零開始的。
所以，李逍遙進入魔界這個新地圖，從而失去力量，開始從頭練級的設定還是非常不錯的，甚至因為魔戒的力量體系不同，所以技能和招式也需要重新修煉，這些都是說得通的。
而且一旦主地圖定在了魔界，那么上一代游戲中的很多桎梏就可以消失，這些都是非常完美的設計。
接下來的劇情其實沒啥好說的，就是李逍遙在魔界修煉，然后結識了魔界的一些朋友，大家都希望創建一個人界和魔界能夠和平相處的世界，人魔兩界不要再打打殺殺什么的。
之后就是在魔界各種奇遇，尋找復活趙靈兒的辦法，最后他們擊敗了魔界至尊重樓，然后從重樓口中得知，人界和魔界之所以戰亂不休，其實是因為神界的暗中控制。
其實歷來人界和魔界戰爭，都是人界先發動的，因為神界想要消耗人家的力量來制衡魔界，從而積蓄自己的力量，最終徹底控制人界和魔界。
所以人界與魔界想要真正的獲得和平，只有毀掉神魔之井，徹底斷絕人類成仙之路，讓神界無法再干預人界，那么魔界自然也會失去進入人界的通道。
因為神魔之井，同樣也是魔界進入人界的唯一辦法，這樣一來，人界就可以獲得真正的自由。
不過摧毀神魔之井需要人神魔三界中的至尊強者同時出手才能夠辦到。
魔界的至尊強者自然是重樓，李逍遙則是人界的至尊強者，但最后神界的至尊強者天帝顯然是不可能出手的，不過魔尊重樓告訴李逍遙。
其實神界還有另一位至尊強者，是神將飛蓬，只不過他現在已經隱藏在一個神秘的世界里面，找到他非常的困難。
同時李逍遙也從魔尊重樓口中得知，女蝸是上古時期人界的領袖，是保護人界免受神界和魔界侵擾的保護神。
而女媧后人其實并不會死亡，他們只是會不斷的輪回轉世，而現在趙靈兒其實已經進入了輪回轉世之中，即將投胎了。
如果李逍遙打斷復活趙靈兒，那就必須進入六道輪回之中，都去趙靈兒的真靈，最后借用神魔之井的泉水來重塑肉身。
反正巴拉巴拉一大堆，最后李逍遙歷盡千辛萬苦，成功的從六道輪回中找出了趙靈兒的真靈，又在魔尊重樓的幫助下，在小天界中找到了，找到了和愛妻隱居在此的神將飛蓬。
飛蓬最終也同意出手，三人共同毀滅神魔之井。
三人來到了神魔之井前，李逍遙成功的復活了愛妻趙靈兒，只是兩個人還沒有互訴衷腸太久，就迎來了劇本的最終大戰，天帝率領神界的大軍降臨，想要阻止摧毀神界之井的三人。
魔尊重樓率領魔界大軍抵擋住了神界大軍，而飛蓬則擋住了神界的仙人，又李逍遙和天帝大戰。
關鍵時刻，李逍遙身上的人界力量解封，人魔之力融合在一起，李逍遙獲得了前所未有的巨大力量，成功的擊敗了天帝，就在他準備誅殺天帝，徹底斷絕六界的聯系的時候，天帝爆出了一個驚天的消息。
那就是他其實是李逍遙的父親，李逍遙是神界太子。
好嘛，星球大戰黨們表示這個設定很贊。
而這一切其實都是天帝策劃好的事情，他利用李逍遙這個兒子，將魔尊重樓和神將飛蓬這兩個最大的對手都聚集到了一起，同時利用神魔之井的特殊條件，讓所有人都無法逃離這個地方。
如果這個時候李逍遙反戈一擊，那么父子兩人就能共同出手，那么兩人就能夠憑借著絕對的實力碾壓，徹底殺死魔尊重樓和神將飛蓬，如此一來人神魔三界，都將臣服在李逍遙父子的手中。
為了讓李逍遙心動，天帝進而告訴李逍遙，其實魔尊重樓也在利用李逍遙，在欺騙他。
因為神魔之井的泉水固然可以復活趙靈兒，但如此趙靈兒也徹底和神魔之井綁在了一起，如果神魔之井被摧毀，那么趙靈兒重新恢復的肉身也會重新消失。
而人類的真靈是不能夠承受兩次死亡的話，如果這一次繼續死亡的話，那么趙靈兒就會真靈消散，到時候就算窮盡三界之力，也不可能復活趙靈兒了，趙靈兒就是真正的死亡了。
這就需要李逍遙做出最終的選擇，也是需要玩家作出選擇的時候。
而根據徐昌隆的劇本，他最終給了玩家三個選擇，一是幫助父親，擊殺飛蓬和魔尊重樓，從此成為天界太子，然后故事結束。
二是選擇殺了自己的父親，然后毀滅神魔之井，趙靈兒再一次死亡，徹底煙消云散，無法復活，但三界被拯救，從此再無聯系。
不過徐昌隆這個靈兒黨當然不可能給出這么兩個怎么選都感覺不對的結局出來，于是還有了第3個結局，那就是依然毀滅神魔之井。
不過李逍遙卻提前將神魔之井中的所有井水全都收集起來，最后在人界的昆侖山巔挖了一個大湖，將收集的井水全部倒入湖中，取名叫“天湖”。
如此一來，趙靈兒只要生活在天湖邊，時時刻刻得到天湖湖水的滋潤，就可以一直活下去。而李逍遙也放下所有的東西，在天湖的湖水邊隱居，而趙靈兒一輩子相守！
