在德諾星系毀滅之后，惡魔與天使的戰爭再度展開，一些護衛天使在德諾星系遭受重創，宇宙雙子與惡魔突破天城防線，殺掉了天城半數的天使戰士，第二次惡魔與天使的戰爭以天使失敗而告終。而對于天使們來說，宇宙雙子當然也成為了不共戴天的敵人。
關于天使的信息到這里便結束了，但是關于烈陽和宇宙雙子的并沒有。宇宙雙子被烈陽視為最大的仇人，烈陽眾神有意要與惡魔決一死戰，但都被潘震所阻攔。
烈陽的影響力不斷地下降，治下的強大文明開始蠢蠢欲動起來與此同時，在烈陽治下的超神學院中，名為“齊天大圣”的第三代神河超級基因開始了試驗，但是由于數據估計出現了差錯，實驗對象發生了暴動，超出了當地超神學院的控制。
一個完全沒有神河道德規范的獸體超級戰士就這樣堂而皇之地出現在了宇宙之中，隨后陰差陽錯地來到了烈陽星，強大的戰斗基因讓烈陽星一眾神將無可奈何。
最終莫甘娜聽聞后，讓哲降服了那只妖猴，準備收入麾下。名為齊天大圣的半獸體超級戰士在哲的教化下漸漸地形成了類似于人類的思維方式，不過它雖然不好殺戮，但是喜歡打斗，而在打斗時卻往往沒有分寸。
當時有多個文明遭受了它的毒手，而哲每次都與這只猴子站在一起，被天使們自然而然地認為是他所做。就連彥也深信不疑。
從此兩千年間，陸陸續續地有文明遭此毒手，而每當齊天大圣發狂的時候，只有哲可以將其降服。
至于莫甘娜，在那之后幾乎忘了這檔子事，她每時每刻都在樂此不疲地追殺神圣凱莎。只是凱莎自從第二次天使戰爭之后便消失了，每次莫甘娜能夠發現的不過是一隊或幾隊普通天使戰士。
直到有一天，惡魔們捕獲了一個不同尋常的天使戰士，她就是天使彥。
彥被俘后，哲便回到了惡魔一號上，為了保護她幾乎是寸步不離。此時哲已經很強了，強大到了連莫甘娜都無法匹敵的地步。
在彥的勸說下，哲將她放回了天使星云，但哲此時也知道了神圣凱莎所在的位置。數千年的仇恨一下子沖昏了他頭腦，對凱莎發起了決戰。
神圣凱莎之所以消失了這么多年是因為在上次的戰爭中被哲與莫甘娜聯手重創，一直沒有恢復至巔峰狀態，而此時的哲已經升級了第二代的神體，對上凱莎絲毫不落下風，甚至將凱莎壓制。
天使們群起而攻之，無不被哲重創。與神圣凱莎的戰斗將凱莎所在的小行星的表面幾乎摧毀，而凱莎也不敵他，狼狽逃走。
莫甘娜在收到消息后立刻組織惡魔的軍團，向著凱莎所在的星域進攻，而就在這個時候，天使們不知怎么回事突然大批大批地升級了第二代神體。惡魔軍團在升級之后的天使面前不堪一擊，最后只有哲獨擋一面，掩護了莫甘娜以及殘余的惡魔們撤退，自己則陷入了天使們深深地包圍之中。
天使們圍攻宇宙雙子，久攻不下，連神圣凱莎也毫無辦法。再次親自出戰，再次敗在了他的手上，看著哲充滿仇恨的眼神，神圣凱莎也會感到恐懼。最終還是天使彥在背后給予了他致命的一擊，那時候哲第二代神體遠不像現在的神體一樣堅硬，高階天使操縱的烈焰級武器可以輕松地破開它的防御。
巔峰對決容不得半點兒失誤，更何況是要害受傷。哲被凱莎的銀刃死死地插在了地上，第二代神體很快就被瓦解了，而哲的生命也停留在了這場大戰之中。莫甘娜聽說之后，再度進攻天使，目的則是為了給哲報仇。但最終也是敗北，第三次天使與惡魔的戰爭以惡魔的覆滅結局了。
莫甘娜一直與死神卡爾有所牽連，兩人說不清道不明的關系。卡爾為所有的惡魔戰士包括莫甘娜在內都保留了一部分基因樣本，經過大時鐘的加工可以使惡魔再生，這是惡魔基因獨有的能力。
而齊天大圣，那只猴子在烈陽的境內橫沖直撞，最終被潘震協同烈陽眾將施展出的太陽化身所融化，而基因則是被保留在了烈陽文明下超神學院分院中。
幸存的杜卡奧在這些年間四處尋找著強大的基因，經過重重困難之后，他取得了齊天大圣的基因。由于這個超級戰士作惡多端，杜卡奧為了避免禍亂再現，打造了一個金色的頭箍，可以通過特別加密的密碼來短時間內剝奪基因持有者的能力。
在超神學院的校長太空的指引下，杜卡奧前往了地球，并在那里建立了一座超神學院。杜卡奧并不知道太空的用意究竟是為何，但他看到這里初升的文明，心中充滿了愧疚，并下定決心不再癡迷于戰爭，而是用盡自己的一切去保護這個文明，也算是對德諾星系百億的生命進行贖罪。
而太空的用意自然就是宇宙雙子，它將第三代宇宙雙子交予了死神卡爾，在經過卡爾的雕琢后將它放入了地球，經過了數千年，基因會在這個地球人一脈的體內穩定，隨時等待著再次激活。
此后，宇宙的秩序規劃者重新成為了天使，而烈陽、惡魔等文明幾乎退出了宇宙的舞臺。直到現在！
天基王鶴熙不斷地在發明新的科技，新的神體技術。凱莎升級了天使文明獨有的神圣之軀，而不敗之體更是裝備給了多名護衛天使，更多的天使戰士晉升第三代神體。梅洛天庭儼然已經成為了一尊無法撼動的龐然大物。
而神圣凱莎的隕落，天宮的復出，宇宙雙子的降世將整個宇宙運行已久的秩序打亂了。
烈陽不甘于再被套上這厚厚的枷鎖，天宮也不甘于被驅逐于外，兩大超級文明向著正義秩序宣戰，只不過一個是在反抗正義秩序，另一個則更直接一些。
一萬年的歷史中的一幕幕在沉翦的腦海里浮現，雖然不能精細地全部看完，但是重要的部分沉翦一點兒都沒有落下。經過了足足兩天的時間沉翦才從暗位面中清醒過來。
