遷都長安后，董卓威福更盛，盜用天子車服，并命尚書以下眾官有子皆至其相府稟報。
又以其弟董旻為左將軍，從子董璜為侍中、中軍校尉，皆典兵事。
董卓大封其宗族，董氏襁褓中嬰兒皆得封，男皆封侯，女為邑君。
董卓命人于長安筑郿塢，高、厚各七丈，其中積谷可用三十年。
董卓殘暴好殺，諸將稍有言語差失，立即處死，又以叛逆之名，大殺關中舊族，其倒行逆施引起了朝臣強烈的不滿。
司徒王允、司隸校尉黃碗、尚書楊瓚等密謀殺掉董卓，董卓自知為人所怨，出入常以驍勇過人的中郎將呂布作護衛。
王允義女貂蟬，有傾國傾城之貌，王允見之大喜，遂心生一計，以連環計離間董卓與呂布。
時董卓因事欲殺呂布，呂布與董卓本就因為貂蟬之事心生嫌隙，如今見董卓竟不顧父子親情，欲殺自己，于是，主動尋王允商議，欲對董卓痛下殺手！
正所謂先下手為強，后下手遭殃，呂布深諳此理！
王允等人見時機已至，遂力勸呂布誅殺董卓，為天下除害。
初平三年四月，天子生病初愈，眾臣入宮朝見，未央殿內，大小官員依次站好，眾臣表情不一，有人歡喜有人愁。
董卓乘車而入，以兵士護衛道旁，并使呂布隨車護衛。
王允令尚書仆射士孫瑞將寫有誅殺董卓的詔書，交付呂布。
呂布命部將高順率勇士十余人扮作衛士埋伏于朝門內，董卓入內之后，高順突然殺出，一戟將其刺倒，呂布隨即挺身而出，將董卓刺死。
董卓既死，長安兵民百姓相慶于道，衛士皆呼萬歲，盡誅董氏宗族。
天子為表王允之功，以司徒王允錄尚書事，開始總理朝政，以呂布為奮威將軍、假節，儀比三司。
自中平六年八月到初平三年四月，董卓廢少帝、殺太后、遷都長安、殺戮大臣、殘害百姓、專制朝政、僭越不臣、禍害天下，給社會和百姓帶來了巨大災難，直至董卓被殺，董卓之亂才宣告結束。
原以為自此之后，天下將迎來一個嶄新的太平盛世，然而任誰也不曾想到，王允在掌握了大權之后，就像變了一個人，他變得居功自傲，目中無人，甚至連滿朝文武也不放在眼里了！
之前董卓在世時，王允總是與眾臣推心置腹，共商計策，而現在每次與群臣議事，王允卻總擺出一副高高在上的樣子，滿臉都是輕蔑的表情，群臣們也因此與他漸漸疏遠！
在這一點上，王允與鄧艾非常相似，成功之前，他們都能謙虛隱忍，誠懇待人，在困難面前磨礪心性，不驕不躁，而一旦功成名就，則立馬就飄飄然，眼睛長到了腦門上，親手造就了自己的人生悲劇！
尤其是在安排和處理董卓舊部的問題上，王允反復無常，態度很不慎重。
涼州兵是董卓的嫡系部隊，不但戰斗力很強，而且對董卓忠心，董卓掌權時為了拉攏士族，把要職都給了王允，袁紹，袁術這些所謂的名士，而對舊部反而沒有過多的提拔，但這些人雖然官職不高，卻都手握重兵，所以在董卓死后，如何妥善處置這些涼州兵將，成為關系到朝政能否穩定的頭等大事。
在這一關鍵問題上，王允甚至還不如呂布，呂布曾一再建議王允，應赦免董卓的部下，王允起初答應，后又反悔，呂布又建議王允，應把董卓的財務拿出一些，賞賜給這些將校們，王允非但不準，反而還企圖剝奪涼州將領們的軍權，將涼州兵全部取締，一時間傳言四起，甚至有流言說王允要殺掉所有涼州人。
董卓一死，這些人本就成了驚弓之鳥，對自己的前途深感憂慮，而現在更是驚懼萬分。
說到這里，我們先來看看董卓集團的勢力構成。
董卓的弟弟董旻，女婿牛輔，親屬董越和涼州大族出身的段煨與楊定，這些親屬與宗族人物，共同組成了董卓勢力的基本班底。
董卓死后，董旻也同時被殺，段煨與楊定則歸順了朝廷，而并州將領呂布和遼東將領徐榮等人因為根本就不是涼州人，所以也不屬于董卓的嫡系，他們在董卓死后也順理成章的歸順了朝廷！
李傕，郭汜和張濟三人都是牛輔的部將，賈詡則是牛輔軍中的校尉，這四人都不直屬于董卓。
董卓死后，女婿牛輔已成為涼州軍事實上的首領。
此時牛輔文有賈詡，武有李傕，郭汜，如果他但凡有董卓一半的水準，憑借著老丈人留下的底子，跟王允抗衡還是綽綽有余的，甚至重拾董卓的輝煌都不在話下，畢竟董卓的部隊還完整的存在，可這位牛輔卻是一位爛泥扶不上墻的飯桶。
董卓死后，牛輔率軍駐扎在陜縣，可他卻搞不清自己的定位，心里沒底，精神壓力大，整天把兵符攥在手里，卻不知道該干什么，他還迷信起了巫師占卜，每當有人來，就讓巫師給人家相面。
董越與牛輔同為董卓的嫡系合親屬，兩人經常在一起商議事情，可某天這位巫師卻非說董越面相不善，有反意。
于是疑神疑鬼的牛輔當即就把董越給殺了。
董越一死，軍心難免動亂，有個別士兵出城逃亡，可精神壓力天大的牛輔，卻以為整個軍營全都叛亂了，于是牛輔收拾了金銀細軟，帶著胡赤兒等五六個親信逃亡，卻在翻越城墻的過程中，被貪財的胡赤兒故意摔死。
牛輔一死，他手下的李傕郭汜張濟等人全都成了無頭蒼蠅，忐忑的等待著朝廷的召喚，可此時的王允卻昏招頻出，下令將那些自發悼念董卓的名士盡皆處死！
消息全賴，李傕郭汜等人的心情由忐忑變為了絕望。
“王允連聞名天下的名士都不能相容，我們的下場可想而知！”李傕郭汜等人如是想到！
李傕等人起初想解散部隊逃回家鄉，但卻被賈詡勸回，萬般無奈之下，李傕，郭汜以及張濟三人決定拼死一搏，率幾千人，攻向長安。
自我感覺良好的王允這才發現，自己看似官高權大，其實手里沒兵，真打起仗來，他能依靠的還是那些歸順朝廷的董卓舊部，于是王允急忙派楊定和徐榮等人在新豐迎擊李傕與郭汜，如果能順利招撫當然最好，楊定是董卓的直屬嫡系，在董卓集團中地位也非常高，派楊定做招撫工作還是很合適的，可王允得勢后輕蔑的態度卻早已令楊定失望至極，結果，楊定見到李傕之后，一言不合便率先繳械投降，而徐榮則力戰身死。
李傕等人乘勝進攻，沿途收集部隊，到達長安時已聚集了十余萬人馬，至此，戰爭的結果再無懸念，長安城陷落，呂布逃走，王允全族盡被誅滅。
當董卓伏誅，朝野上下一片歡慶之際，誰有能想到，僅僅過了兩個月，朝廷會再度回到涼州軍閥的掌控之中，而且董卓好歹還算有政治理想，而李傕郭汜等人則純粹都是武夫，城破之后，他們打著為董卓平反的旗號，大肆殺戮與劫掠，官員百姓無辜慘死者不計其數，整個長安瞬間就變成了人間地獄。
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