輝長的舉動讓足利義昭十分惱怒，這讓他很是下不來臺，于是他立刻派出使者去責備輝長。
輝長直接不見使者，那使者連上田城都沒能進去就灰溜溜的回了伊豆。
足利義昭大惱，在伊豆崛越城的大殿里，足利義昭喝問道：“你們覺得這個小笠原輝長是要背叛幕府了嗎？居然不聽吾的號令！”
三淵藤英皺眉道：“殿下，小笠原信濃守之前并沒有什么不妥的舉動，您下旨廢掉他的管領一職，這說不過去。”
足利義昭怒道：“一開始吾還覺得對不起他，但是現在吾已經看清楚了，他就是個奸賊，狡猾的奸賊，現在是原形畢露。
為什么撤掉他？他小笠原輝長為什么不支援吾兄長，導致吾兄長戰死？”
細川藤孝低頭道：“殿下，這個理由有些牽強了，這個時候，還是讓關東管領出面安撫信濃守吧？”
明智光秀卻是說道：“三淵様，細川様，絕不能讓關東管領殿出面，此時小笠原信濃守就已經對抗幕府，難道還要繼續放任他壯大嗎？
在下以為，只需要關東管領殿支持殿下就可以了，上杉殿才是真心對待幕府的啊。
難道兩位還沒有注意到嗎？小笠原信濃守到現在既沒有承認三好家扶持的足利義榮，也沒有承認殿下為征夷大將軍，此人真是司馬昭之心，路人皆知了！”
三淵藤英被說服了，在足利義輝死后，小笠原輝長的動作就有些詭異了，對于幕府的反應太過于激烈了。
足利義昭一看大家都不說話了，便說道：“那就把小笠原輝長列為朝敵，與三好長慶一樣！”
很快，幕府的指令傳達到四方，上杉輝虎也收到了這旨意。
上杉輝虎看到旨意的時候，大驚失色，驚訝道：“輝長様怎么被朝廷列為朝敵了？殿下身邊有奸臣！”
宇佐美定滿看著上杉輝虎的樣子，有些后悔了，當初就應該提醒一下小笠原輝長是個有野心的人。
只是當初小笠原輝長和他之間密謀都有利于上杉家，他才引而不發，現在悔之晚矣。
他連忙說道：“主公，幕府撤掉了小笠原信濃守七國管領的職位，這讓小笠原信濃守很是生氣，違抗了幕府的旨意。”
上杉輝虎皺眉道：“輝長様這么忠貞的臣子，殿下為何要撤掉輝長様的職務？定時朝中有奸臣，我要去向殿下那里為輝長様辯解！”
隨后上杉輝虎就啟程冒險進入伊豆，抵達崛越城，面見將軍足利義昭。
足利義昭見上杉輝虎不請自來，便問道：“你怎么親自來了？這太危險了。”
上杉輝虎俯身道：“殿下，臣不知您聽從誰的流言，但是臣以為，信濃守是武家棟梁，幕府忠臣，您不應該這樣對待他。”
足利義昭一愣，臉色有些僵硬，不過他知道上杉輝虎是真正的忠臣，搖頭道：“你還沒有看出來嗎？
吾只是去掉他七國管領的職務，他就反抗幕府旨意了，若是以后他的領國繼續增加，恐怕就有了謀反的膽量！”
上杉輝虎連忙辯解道：“殿下，這絕無可能，您難道忘了信濃守的上洛之功了嗎？”
足利義昭搖頭道：“此一時彼一時，那是吾兄長生前的樣子，恐怕小笠原輝長現在因為吾兄長的死，而開始肆無忌憚了！”
上杉輝虎皺眉道：“還請殿下寬恕信濃守的行為，臣會去信濃勸諫信濃守來道歉，還希望殿下允準。”
足利義昭點頭道：“好吧，那你就去吧，不過他要幕府寬恕，那就得卸下美濃守護一職。”
上杉輝虎直接從伊豆乘船就到了三河，隨后抵達了信濃上田城。
輝長自然不能拒絕上杉輝虎，連忙熱情的接待了上杉輝虎。
上杉輝虎看向輝長道：“輝長様怎么就違抗幕府法令了呢？如此還怎么維護大義啊？”
小笠原輝長有些委屈道、“輝虎様，在下可是在東海道，北陸四處征戰，只為了幫公方殿下平定叛亂。
但是殿下這無緣無故撤掉在下的職位，這讓天下人如何看我？
再說了，大御所并不是只有一個弟弟，憑什么是他崛越公方繼位啊？哼，這樣的公方讓在下寒心。”
上杉輝虎連忙說道：“公方殿下繼位，是因為三淵様有大御所臨死前的旨意，不然在下也就不會去支持公方殿下繼位了。”
足利義輝死時并無后代，歷史上的輝若丸并沒有出生。
輝長搖頭道：“糊涂啊，京畿不還是有周嵩殿下嗎？在下已經收到消息，周嵩殿下就在六角家呢。”
上杉輝虎搖頭道：“既然已經立了殿下為將軍，就不宜在動搖了。”
輝長也不想和輝虎爭執太多，只說道：“對于幕府，在下很是失望，現在在下唯一的心思就是平定東海道之后，上洛誅殺三好長慶為大御所報仇。”
上杉輝虎嘆了口氣道：“幕府那邊，在下會盡力為輝長様轉圜的。”
輝長點頭道：“若是公方殿下執意如此，輝虎様，要以大局為重，先平定這亂世吧。”
隨后上杉輝虎就從北信濃那邊返回了越后，同時派出使者前往伊豆，繼續請求幕府寬恕小笠原輝長。
最后足利義昭松了口，只需要輝長道歉就行，但是輝長鳥都不鳥幕府，繼續我行我素。
足利義昭這邊徹底將小笠原輝長認定為朝敵。
三好長慶這邊得知小笠原輝長和幕府鬧翻了，當即偷偷派使者來找輝長商議聯手的事情。
并且使者暗示十河一存的遺孀，九條夫人可以嫁給輝長，而熊王丸成為輝長的養子。
輝長想了想九條夫人的養子，但隨即就拒絕了。
三好家的使者失望而歸。
很快，時間就到了天文二十四年，這一年也是弘治元年，四月，輝長組織一萬余常備軍攻打甲斐。
今川義元自知唇亡齒寒，立即派兵援助武田晴信，雙方再一次在鹽川河原交戰。
兩軍一交戰，今川、武田兩家的足輕隊伍就被小笠原軍壓制，武田軍和今川軍立刻出動騎兵襲擾兩翼。
輝長立刻讓兩翼的足輕隊伍擺出長槍空心陣，里面布置了鐵炮部隊和國崩。
這讓武田、今川兩家的騎兵吃了大虧。
好在太原雪齋布置的后手，朝比奈泰能率領的別動隊繞過一座山奇襲了輝長的本陣，今川、武田聯軍就要輸了。
朝比奈泰能率領別動隊突襲輝長本陣，輝長并沒有驚慌，他親自指揮旗本隊防御敵軍。
不過敵軍眾多，輝長不得不親自拿起十文字槍上陣，一時間大殺四方。
朝比奈泰能的兒子，朝比奈泰朝向輝長叫陣，輝長立馬回應，與之進行一騎討。
雙方過招十余回，不分上下，不過朝比奈泰朝還是年紀小了些，氣力不足，時間久了落入下風。
朝比奈泰能立刻援救，偷襲輝長，輝長慌亂中拔槍射殺了泰能，而朝比奈泰朝被家臣們救走。
隨后別動隊在奪回泰能的尸體后，潰敗逃走了。
別動隊一敗，今川、武田聯軍主力立即后撤，輝長一路追擊，拿下了防御極弱的躑躅崎館。
隨后兩家聯軍分裂，武田晴信往甲斐東部的小山田家走，今川義元一怒之下退回了駿河。
輝長大喜立刻集結所有兵力猛攻小山田家的居城，小山田信茂為了保全家名，暗地里投靠了輝長。
在四月底的一天晚上，小山田信茂指使家臣打開了城門，小笠原軍一擁而入，直接打垮了武田軍，一路殺上本丸。
武田晴信大為驚怒，最后自焚于院子里。
一些家臣保護武田義信突圍，死于亂軍之中。
隨后輝長就讓自己的第三子，也就是小笠原秋月生的第二個兒子繼承了武田家的家名，成為新的甲斐守護。
如此輝長掌握八個領國，令周邊勢力震動。
足利義昭更是驚慌，連忙派使者告訴上杉輝虎，希望他可以遏制小笠原輝長。
上杉輝虎無奈，只能寫信給輝長，希望他可以安撫一下足利義昭。
輝長自然是想上杉輝虎解釋了一下，然后派出使者向朝廷獻禮。
攻占了甲斐的輝長暫時停止了征伐，而是管理甲斐，并且修繕躑躅崎館。
時間很快到了十月，太原雪齋在今川館病逝。
輝長頓時大喜，今川義元手下量大臂膀盡皆失去，同時今川義元又丟掉了三河，失去盟友武田晴信，如今已經是輝長嘴邊的肥肉了。
不過已經是十月，并且之前滅了武田花費了不少軍費，所以輝長并沒有在這個時候出兵。
在這個時候，今川義元向伊豆的足利義昭降服，并且宣稱小笠原輝長有推翻幕府的野心。
足利義昭對于小笠原輝長的強勢也很擔憂，他問自己的家臣道：“小笠原信濃守已經八個領國，治下領地兩百萬石還多，如今何人是他對手？”
明智光秀直言道：“以屬下看來，這天下能與小笠原信濃守一較長短的就只有上杉殿了。
殿下，現在必須呼吁關東的國人停止征伐，一起討伐小笠原信濃守。”
已經投降幕府的今川義元率先說道：“殿下，臣可以說服北條家當主幕府效忠！”
足利義昭大喜道：“好，那便如此去辦！”
今川義元立刻動身，前往相模面見了北條氏政。
北條氏政見今川義元親至，很是恭敬道：“不知今川殿前來所為何事？”
今川義元說道：“北條殿，如今小笠原輝長勢不可擋，就連武田家都被他給滅了。
現在幕府根本就管不了小笠原輝長，而關東管領還認為小笠原輝長是忠臣。
不過殿下希望我們團結起來，一起攻打小笠原輝長遏制他的發展，不然我們都會是他的囊中之物了。”
北條氏政點頭道：“其實在下也是這么想的，若是真能組成聯軍一起對抗小笠原輝長，那真是天下幸事。”
今川義元大喜，立馬拿著北條氏政寫下的書信返回伊豆。
足利義昭大喜，立刻寫信希望上杉輝虎來幕府議事。
這時候，明智光秀建議還需要說服古河公方，這樣，關東東南部的國人也會參與進來。
同時明智光秀說道：“小笠原信濃守的敵人很多，不僅僅是我們關東，京畿的長島本愿寺被信濃守擊敗過，北陸的加賀越中一向一揆被信濃守擊敗過。
同時還有京畿的三好家也是信濃守的敵人，讓這些人一起攻打，我等東西北三面夾擊，必能擊敗小笠原！”
足利義昭大喜，立刻寫下詔書號召天下大名一起攻伐朝敵小笠原輝長。
這讓上杉輝虎大驚失色，連忙跑來幕府議事，結果，整個大廣間里，只有他認為輝長是忠臣。
在足利義昭的命令下，他成為了關東方面討伐小笠原家的總大將。
至于本愿寺，立刻聲討小笠原輝長，并且表示愿意共擊小笠原家。
不過三好家卻是否定了足利義昭的詔書，而是以足利義榮的命令下達了討伐小笠原輝長的指令。
這讓足利義昭氣的牙癢癢，他叫囂著，以后一定要打到京畿滅了三好家。
在各方勢力串聯中，時間慢慢過去，輝長在這些時間里訓練一萬五千常備足輕，加上之前的一萬多，小笠原家軍隊多達兩萬七的常備部隊。
算上家臣們的軍役，那就是四萬五千大軍。
不過關東方面的聯軍就有七八萬，輝長在兵力方面還是處于劣勢的。
弘治二年，八月，足利義昭親征，任命上杉輝虎為總大將，征討朝敵小笠原輝長。
大軍分三路，下路是今川義元率領的大軍，聯合水軍一起攻打三河尾張。
一路是三淵藤英、細川藤孝、明智光秀一起的中路軍，攻打甲斐國。
上路就是總大將上杉輝虎率領的聯軍主力四萬人，從越后進攻信濃。
輝長當即讓清水康英作為下路方面軍總大將抵抗今川義元大軍，真田幸隆駐兵甲斐抵抗幕府中路大軍。
輝長自己親自領兵主力兩萬在川中島地區列陣，與幕府聯軍對陣。
