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隨著古河公方公開向小笠原輝長投降，關東大震，一部分國人和豪族準備隔岸觀火了。
位于常陸的佐竹家，上總的真里谷家（武田家）紛紛派出使者跟小笠原輝長聯系，輝長直接就答應了。
當然，輝長知道這些國人靠不住，當然是要他們交出人質的，而且，最重要的是他得擊敗上杉輝虎的大軍，才能讓那些關東國人認可他。
可惜小笠原輝長沒有把握在野戰中擊敗上杉輝虎，哪怕是武田晴信，已經有天下人之資的織田信長在野戰之中被上杉輝虎擊敗。
哪怕是相模之獅北條氏康也只能依托城池之利與上杉輝虎對抗。
而且按照現有的局勢，小笠原輝長沒必要急著去與上杉輝虎交戰，他完全可以慢慢的調略武藏下野等地的國人。
上杉輝虎是一個點歪了屬性點的主君，野戰無敵的他，攻城幾乎沒贏過，內政勉勉強強，所以，時間拖下去對于小笠原輝長是很有利的事情。
到了七月，小笠原輝長下達了一個新的命令，那就是一國一城令。
這個指令一下達，新收復的遠江、駿河、伊豆三國影響很大，相模的北條家、安房的里見家、常陸的佐竹家等大為震動。
損失最大的就是各地的國人和豪族，他們必須得住進守護的居城里，這樣就減少了大量的割據勢力，內部斗爭都局限在了守護的居城里。
在一國（此處的“國”是指令制國，或大名的領國（之后的藩））中，由大名所居住作為政廳所在的城只能保留一個，其余的城必須全部廢除，但需要注意的是被廢棄的城池大多是鎌倉幕府時期修建的具有軍事防御功能的山城。
各大名為了確立對家臣的支配管理，將家臣們自主修筑的城池廢棄掉，讓家臣們向大名自己修筑的城內集中。
到了此時，城池不再單單是一個軍事據點，而是政治據點與大名權威、權力的象征。
于此同時，因為城池成為領國內的經濟中心，所以商人和手工業者也紛紛向此聚集，這樣便形成了城下町。
在一個令制國由復數的大名分割領有的情形下，各大名各有一城。
一個大名家領有復數的令制國時，領有的各令制國各有一城。
此一法制并非一刀切的實施，而是有彈性的運用。
比如井伊家對于小笠原輝長平定今川家有大功，所以決定留下他們家的居城。
按照一國一城令，令制國內有數個大名，則二十萬石以上的才能建造居城，其余不足二十萬石的大名都將居住于守護居城內。
按照小笠原輝長的規定，小笠原家內的家臣并沒有哪一個是有二十萬石的，基本都是萬石左右。
所以按照一國一城令，他的家臣們都得居住于他規定的居城內。
如，美濃國內，家臣們都必須廢掉居城，全部搬遷到稻葉山城居住，至于他們的領地內務都將交給家臣團處理。
家臣團在領地里不能修建城池，只能修建陣屋或是莊園，防御力并不高，但是可以防御山賊暴民等。
為了防止家臣起異心，小笠原輝長設立了三大佬九奉行共十二人的頂層家臣團。
三大佬為各個家臣家中的譜代重臣擔任，每一位大佬可以管理三個奉行，商議事情由其十二人表決，不過三大佬的票數為九票，也就是一人三票。
這九位奉行因為事物分為外務奉行、內務奉行、武奉行、禮奉行、吏奉行、工奉行、商奉行、刑奉行、治安奉行。
外務奉行主管外交事宜，主要是與朝廷和幕府之間的聯絡，內務奉行就是指管理領國內部事務的，包括行政事務。
武奉行主管武士、足輕的安排等事情，同時還有考核武士武藝的職責，當幕府有戰事征召時由武奉行與幕府對接。
禮奉行主管家內禮儀以及武士文化類考核。吏奉行安排家內武士在家中的任職，其余九位奉行里的官吏皆由吏奉行推舉給三大佬。
工奉行主管國內建設，包括基礎建設和民事建設，國內居民修筑建筑都需要找工奉行登記。戰時有打造武器之責。
商奉行主管領國內商業行為，督促商人們交稅。刑奉行主要就是抓捕違反律法的事情，包括武士都可以抓。
這些適用于一萬石以上的大名可用。
一萬石以下的可以自行安排。
至于小笠原輝長這里就設立了秘密部門，部長就是飯綱信元統領，副部長為出蒲清種，以及伊賀國的守護仁木義政被小笠原輝長的條件降服，投靠了小笠原輝長。
以至于伊賀國的國人服部氏加入小笠原輝長的麾下。
服部氏出名的就是服部半藏了。
伊賀眾由著名的“三上忍”統領，即服部、百地和藤林。
服部氏相當有名，因為他們志向高、眼界寬，敢于走出伊賀的崇山峻嶺，去別處混飯吃，首領之一的服部半藏正成侍奉德川家康，屢建奇功，最終領八千石俸祿，成為產業較大的地主和政府官員。
服部正成，乃德川十六神將之一，又號稱“鬼半藏”。
服部家是出自伊賀國的豪族。出侍室町幕府十二代將軍足利義晴，室町幕府衰退后；父親保長與松平清康（德川家康祖父）有來往而受清康征召，為赴松平家埋姓，改姓服部。
半藏麾下的伊賀同心兵士中有不少是伊賀忍者。因此流傳至后世的印象中，服部半藏之名代表著德川氏有名的忍者軍團。
1569年，掛川城攻戰中，又協助本多重次落城。1572年，在三方原合戰中再次立下大功，并得到家康的重賞。
1579年，家康的長子松平信康被迫在二吳城切腹。據說是已經被任命為天方山城守的服部半藏擔當了信康的介錯。
但是半藏整個過程都伏地大哭，連刀都不能舉起。但這種說法沒有足夠的史料支持。
最重要的是1582年，本能寺之變爆發，織田信長因明智光秀叛變于本能寺戰死。
當時家康受邀在堺市游覽，正準備趕回京都接受信長新的款待，突然先發京都的家臣本多忠勝前來稟報：“主公，出事了……”家康注目服部半藏，半藏利用手下忍者，很快就查明了消息的準確性——作為忍者集團，為主家打探各地情報本是不需要特別分派的任務。
當時京都附近都是明智及其黨羽的部隊，還有很多趁亂襲擊落難武士的“山伏”〔即山賊，但大多由農民兼任〕，家康此行目的本是游山玩水，所以隨從只有十余人，根本無法保障自己的安全。
自度不免的家康當場就要自殺，卻被半藏勸住了：“只要逃回三河國，就是咱們的地盤了。請交給屬下吧，屬下一定護送主公安全抵達！”
半藏所以會有如此自信，因為當時伊賀、甲賀的忍者集團都被織田信長剿滅，殘余勢力正藏在群山中嗷嗷待哺，半藏有把握將這些沒飯吃的老鄉招出來幫忙。
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因此商定的逃脫路線，是從京都附近的宇治川向西進入伊賀國，穿過伊賀的崇山峻嶺，最后從伊賀國白子港坐船逃離。
德川家康遷都至江戶城時，半藏負責江戶城西門的警備、因此這個西門到德川幕府結束都還有‘半藏門’的稱呼。
正成之長子正就在大坂城夏之陣之役戰死，次子正重后來因事改易，服部家因而斷絕。
但正成創建的德川忍者集團，日后成為幕府公儀隱密集團，為幕府監視諸侯舉動的利器，對于德川江戶政權二百多年的安定有不可磨滅的功績。
現在服部保長因為小笠原輝長的命令不得不退位，把家督的位置讓給了只有十幾歲的服部正成。
而服部正成則轉仕小笠原輝長麾下。
這支忍者集團分了好幾個支部，一部打探各地的情報，監視等等，一部打探戰場情報，一部監視國內情況，還有一部是負責刺殺等行動。
總之忍者在小笠原輝長的領國里全部規范化，上中下三忍級別分級明確。
而且只有小笠原家的忍者才叫忍者，其余與忍者相關的某某眾一經發現就是捕殺。
這也讓飯綱眾等成了歷史。
這一系列新的法令一出來，立馬就讓人知道了他的心思。
足利義昭知道后當即破口大罵道：“賊子，叛臣！必須出兵滅了他！”
明智光秀進言道：“殿下，這個法令一出，一定會讓小笠原家內部不穩，殿下，上杉殿，這可是個大好的機會啊。”
宇佐美定滿也說道：“一旦我軍集結攻打小笠原家，那些剛剛降服小笠原家的大名一定會背叛小笠原家的。”
上杉輝虎擺擺手，說道：“那就召集士兵出戰吧。”
可惜時間還是四五月，他們雖然商議要出兵，但是至少要等到七八月才能出戰，這一劫是最早的時間了。
有著大軍的鎮壓，東海道的領國沒有幾個敢跳出來反對的，反對的都已經小笠原輝長給干掉了。
他在遠江駿河伊豆留下三個代官就返回了信濃。
此時他的長子已經七歲了，這些時間都是他在親自教導自己的兒子。
同時嫁到小笠原家的織田市如今也有十二歲了，雖然還小，但是已經長得亭亭玉立，她的姐姐阿犬都已經生了三個孩子，其中第一個出生的孩子已經過繼到了織田家，成為了織田家的家主。
手底下的家臣有前田利家，前田慶次，森長可等文臣猛將。
他還有一個兒子過繼到了甲斐武田家，手底下也有穴山信君等家臣。
總之，小笠原輝長生了不少兒子，過繼到其他家的就有好幾個了，哪怕是飛驒已經滅絕的京極家，他也拿出一個兒子過繼了過去繼承家名。
時間很快到了七月，在足利義昭的催促下，上杉輝虎征集了四萬大軍，此時的他勢力已經大不如前。
這一次聯軍攻打的是相模的北條家，他們的目的就是先把關東穩定。
小笠原輝長不得不領軍五萬，從甲斐進入東海道支援相模。
同時他派出了真田幸隆前去調略忍城的成田長泰，這個被上杉輝虎當街羞辱過的人，他對上杉輝虎的憤恨深入骨髓里。
果然，成田長泰立馬反水，這讓聚集在小田原城的聯軍腹背受敵，糧道和后路有危險。
小笠原輝長趁著聯軍士氣大亂的時候，領軍與聯軍交戰，那些心不在焉的國人豪族大軍慘敗，四處奔逃。
只有上杉輝虎率領的越后死戰，才打退小笠原輝長的大軍，但是上杉輝虎的越后軍也屋無力再戰，只能撤退。
隨后又被小笠原輝長率軍追殺了一陣，打的聯軍四分五裂。
如此武藏丟了差點丟了全境，只剩下上杉朝寧的居城，但是很快就被小笠原軍攻破了。
這一下武藏下野下總等也被攻陷，越后上杉家只有上野國和越后兩國了。
這嚇得上杉憲政舍棄了平井城跑回了越后。
這一下小笠原輝長在關東大勢已成基本無人敢反抗，反抗的直接滅掉了。
越后有上杉輝虎他不好打，上野有長野業正他也不好打。
他便把目光看向了陸奧和出羽。
陸奧主要勢力：安東氏，南部氏，大浦氏，大崎氏，留守氏，葛西氏，伊達氏，蘆名氏，相馬氏，田山氏，二階堂氏，田村氏，石川氏，斯波氏，北田氏。
出羽主要勢力：戶澤氏，小野寺氏、最上氏、大寶寺氏、由利十二頭。
現在南澳州最大的勢力就是伊達家，弘治元年（1555年）伊達晴宗獲朝廷封為左京大夫，後更成功獲得幕府任命奧州探題一職，任命桑折貞長及牧野久仲為奧州守護代。
伊達晴宗在得知關東消息，以及自己的亦敵亦友的佐竹家向小笠原家降服，老練的伊達晴宗也打算降服。
不過他的兒子伊達輝宗覺得沒必要，至少也要等小笠原家打過來再說。
不過伊達晴宗為了表示自己的善意還是派出了使者出使小笠原家，希望能達成通商結盟的意愿。
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