攻下金陵，在一眾諸王候選人中表現最好希望最大的旭烈兀，面對鐵木真的忽然陣亡，又被忽必烈搶了先手，接管了西夏戰局，無疑是最焦急的。
但他卻無法回去。
滅了南宋皇室一門的仇，已被整個南宋百姓惦記上了，各種起義義軍如雨后春筍層出不窮。當然這些義軍也是在南宋朝廷遲遲沒有命令下達到地方后，才逐漸演變出的形勢。
既得罪死了南宋，不能快速脫離又不能扔下投靠他的“仆從軍”，包括張弘范、劉整在內的漢人將領皆是難得的人才，一旦撤離南宋，再回來的難度會呈幾何級數的增加，索性一不做二不休，追著南宋殘余勢力追殺不放，誓將其徹底滅掉。
金陵城內皇室死絕，但臨安城破之際，卻有幼年衛王趙昺托庇于大臣陸秀夫家中，未及隨大軍北上，不想卻因禍得福逃過一劫。當然，更多的劫數顯然還在后面。
再次打起南宋皇室大旗的趙昺在南宋軍民拼死保護下，一路南下。旭烈兀大軍則緊追不放，韓侂胄軍團負責殿后整合不斷前來勤王的人馬，對蒙軍進行阻擊作戰，卻每每在關鍵時刻軍中消息泄露出去，以致蒙軍總能抓住宋軍兵力鋪開后的薄弱之處，打得其節節敗退、逐漸潰不成軍。
兼山書院院長黃裳本已厭倦打殺，這才轉而當了院長，教授文章。在面對一眾弟子的請求以及蒙古殺戮的暴行后，終于出山襲殺旭烈兀，卻被里赤媚攔住，在蒙古軍營之中敵兵眾多，無奈退走。
不想第二日就有魔神龐斑殺上門來，只一拳便將其擊殺，天下震怖。
在其后不到兩個月內，旭烈兀大軍一路南下，最后由先鋒張弘范崖山一戰覆滅南宋最后的官方抵抗力量，陸秀夫被逼背著幼帝趙昺跳海殉國，數萬百姓軍民投海相隨……
南宋玩家再次經歷一次極其糟糕的游戲體驗，面對更高等級的海船軍艦，在海上作戰根本發揮不出人數優勢，深刻感受到了滅國的切身之痛。
論壇一度遭到爆破，要官方給個說法。
不過官方對此并不理睬。
有玩家猜測，這可能是劇情殺……
只是鐵木真雖死，但單憑一個旭烈兀，竟然也滅了南宋，這是玩家所沒想到的。到了這時，玩家似乎才想起來，歷史上的南宋也不是忘在鐵木真手上，甚至他連南方都沒來過。
另一邊慕容復接到竟陵飛鴿，有慈航靜齋的仙子求見，他以為師妃暄出山，緊忙從天山返回竟陵，不想來者竟是秦夢瑤。
他很輕松就看出來仙子氣色不對，蒙著一層死灰之氣。經過初步了解和診斷，才發現其心脈已斷，本該命絕，只是夢瑤仙子以自身功力強行連接心橋，卻不知何時會忽然斷開。
“慕容兄不必為我擔心，人生老病死皆有定數。比起夢瑤自己的性命，我更好奇慕容復兄是如何建設竟陵城的，能否帶夢瑤逛上一逛？”
秦夢瑤語氣淡然，絲毫不為自己的性命憂慮，出塵的氣息讓人一見難忘。
和師妃暄洛神般的清麗脫俗不同，秦夢瑤的五官更加精致，一頭黑緞子般的秀發讓這份精致更加明麗照人，而她本人淡然的眼神卻完全不將這份美貌放在眼中，只有著對天道的追求和執著。
“你們慈航靜齋的女人，永遠都不把自己當回事嗎？”
慕容復嘴上吐槽，做了個請的手勢。
“身體不過是一副皮囊，何必著相。靜齋開派祖師地尼師太曾坐閉死關，以精神飛升上屆，后傳下補全的《劍典》。只是補全部分太過宏大難懂，夢瑤現在也不過初窺門徑。”
兩人并排而行，沿城中寬敞整潔的街道而走。
“一談起武學，夢瑤倒似乎興致勃勃啊。既如此，何不將傷勢盡力治好，以便繼續追尋天道？實不相瞞，對于你的病情，在下略有把握，或可醫治。”
慕容復雙手負于身后，配合看似緩慢的步法，顯得胸有成竹。
“只是治療之時，男女有別或多有不便。不過夢瑤仙子既覺身體乃外物行囊，想來不會在意這些。”
秀發幾可及臀的秦夢瑤，那邁動中的長腿微微一滯，旋即落地繼續向前，面容似乎一成不變。
“好，我會配合慕容兄弟，希望你的醫術真能起死回生。”
慕容復微微一笑，感受到身旁仙子的氣息微微有著一瞬的凌亂，適可而止的打住話題。他結合原劇情，知自己體內那半部修改過的“道心種魔”，應可將其治好。不過還需先培養感情，以免對方傷好之后便飄身遠去……
時間荏苒。
忽必烈滅亡西夏，在大祭司及收買的諸多大臣支持下，單方面宣布繼承汗位。其他領兵諸王在外的諸王并不承認，索性統兵在外建立各自的勢力，就地發展。
慕容復以竟陵為中心，四面發展，親自統兵向東南滅掉杜伏威，將勢力延伸到長江沿岸，與“梁國”隔江相望，打了幾次勝仗，將其想要向北的野望打掉，迫使其只能向南發展。
同時一眾聯盟勢力“雙修府”“快活林”“巨鯤幫”等等俱都搬到江北，整合力量，稍事休整，繼續沿江向東進兵，在揚州“參龍幫”為內應下，輕松擊潰李子通，重奪揚州。一戰之下，揚州損失不大，城內稍有起色的經濟、人氣，并未因此再遭重創。
在慕容復不斷發展之際，緊挨著他的“夏國”竇建德則和他似有默契般的先處理自家內部事情，回兵山東，艱難擊退阿里不哥大軍，迫使其只能將目光轉向“軟柿子”尚之信。
原本尚之信大軍算不得軟柿子，奈何對手都太過強大，手下將領不少，卻幾乎都是武林人士，沒有統兵作戰的優秀光環。唯一有優秀光環的袁承志又遭尚之信猜忌，對金蛇營種種限制。
尚之信自不會像他表現般的那么聽從前明公主的號令，不過是在利用前明資源。
連年征戰讓他兵力逐漸匱乏，要知道補充兵力加上訓練，都是需要大量錢財。前明舊朝勢力既不能為他提供這些金錢，便逐漸想著怎么將其賣個“好價錢”。鏟除內憂的同時，自身再獲利一筆——滿清和前明乃是世仇，是個不錯的買家……
關中李閥沒了天命之子后發展緩慢，主要是敵人一直在外虎視眈眈。不過蒙古既已分裂，那便沒什么好怕的了。幾經周折終于聯合上吐蕃、吐谷渾二國，對著蒙古“汝陽王”勢力聯合發難。
齊王元吉領兵出戰，同吐谷渾的慕容伏騫及吐蕃鳩摩智根據自身武學訓練出的一支僧兵軍隊一起，打得汝陽王大軍節節敗退。汝陽王聯合突厥勢力，這才穩住戰局。
長安城內也是風起云涌，祝玉妍并未聽從徒弟婠婠的建議，拒絕了其請慕容復助戰的提議。慕容復是她看中的實現陰癸派理念之人，怎能讓對方有所差池。
她清楚的知道，邪王石之軒當年是連四大圣僧及寧道奇聯手都留之不下的人物，此戰太過兇險，她不能冒險。于是她找到了城內暗伏的“大明尊教”勢力，最后請出來“大尊”許開山及“圣母”莎芳。
歷盡艱辛終于找到石之軒，以四人之力也奈何邪王不得，許開山和莎芳被其一一殺死，祝玉妍關鍵時刻使出“玉石俱焚”，將其重創，婠婠含淚逃走奔往竟陵……
南宋地界，旭烈兀沒了蒙古后方的支援，又被吐蕃吐谷渾兩國斷了后路，面對統治地區不斷的起義，開始逐漸力不從心，于是集結軍隊向蜀中撤去。蜀中及云南大半尚在蒙古統治之中。
不過在他趕到四川之前，得到了郭靖的大周先一步攻入蜀中的消息。這時蜀中尚有蒙軍，旭烈兀揮軍入蜀與之相爭，奈何被大周扼住入蜀的各處險要，急切攻之不下。
在得到蜀中蒙軍全滅的消息后，旭烈兀無奈帶軍撤往云南，去平定那里的“擺夷之亂”，前大理世子段譽十分活躍，需得早除，以絕后患。
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