輕輕拋出宰相這個誘餌，朱由檢再不多言。接下來的時間，不管是洪承疇還是溫體仁都會成為自己的鐵桿，都會拼命的表現，幫助自己力行革命。只有建立一個全新的大明，他們當宰相的理想方能實現。
不得不說，洪承疇和溫體仁都是聰明絕頂能力非凡之人，接下來的時間，他們根據朱由檢的提示設計出來的吏考以及吏員管理制度，越來越完善，越來越合理，考慮到了方方面面，便是朱由檢都嘆為觀止，這都是后話了。
三路大軍會剿聞香教叛軍進行的非常順利。李重鎮在萊州城輕易擊潰聞香教主力十多萬人后，因兵力不足，只攻到了平度州，在平度州再次擊敗聞香教圣女和馬王爺的殘軍之后，停下了進攻的步伐。
而趙率教卻率領京師禁衛軍擊潰了青州府北部數支小股造反農民軍后進入了萊州府境內，從濰縣向南攻向膠州、即墨。
周遇吉則率領遼東禁衛軍自登州城登陸，分兵攻向福山、寧海州、文登、萊陽等縣。在剿滅造反農民軍的同時，重點占據沿海各個衛所。
登州府三面臨海，擔負著海防之重任，除了在登州城修有水城炮臺屯駐重兵以外，在沿海各處設立威海衛、成山衛、靖海衛、大嵩衛四個衛所，以及金山所、奇山所、崖山后所、尋山后所、寧津所等十多個千戶所，海邊烽墩堡壘更是上百處之多。
在賬面上，整個登州府便有衛所兵十余萬，不過這些只是賬面上的數字而已，到了崇禎年間，絕大部分衛所兵早就淪為了農夫，不，應該說佃戶或者軍奴更為恰當。衛所的軍田早被千戶指揮們瓜分霸占完畢，衛所高級軍官們一個個都成為世襲的大地主，別說普通的軍戶，便是好些總旗百戶之類低級軍官，也不得不靠給地主老爺們扛活才能維持生計。
因為軍籍的限制，他們比農戶更加不自由，連不當軍奴的權力都沒有，除非選擇逃亡成為流民，而為了活命，每年逃離的軍戶也為數眾多。
至于戰斗力，除了少數將領會練祖傳的武藝，絕大部分軍戶已經和民夫沒什么兩樣。嘉靖年間以后，倭寇蹤跡消失，沒了防倭的壓力，膠東半島更是武備松弛，將領們連家丁都不愿養，十多萬軍戶已經徹底成為了廢物，朝廷遇到戰事需要征召山東軍隊，還需要募兵。
膠東一帶本就多山丘，土地相對西部平原很是貧瘠，這里的百姓日子過的更是苦不堪言，而和農戶相比，軍戶的日子過的更差，所以當聞香教在膠東造反之后，眾多軍戶聞風而起，加入了造反的大軍。
威海衛、成山衛、靖海衛等地，皆有軍戶造反，甚至一些低級軍官也加入其中，在登州府內，至少有十多股造反者。他們造反之后先向衛所的千戶指揮使所在莊園發動進攻，搶奪地主老爺們的錢糧財物，進而會進攻州縣城池，威海、成山衛城，還有文登縣城已經先后失陷。
衛所軍畢竟是軍隊，至少和普通百姓相比，那些軍官還是懂得一些戰斗技能的，這些造反軍戶又占據城池，一般而言，想剿滅并非易事。不過這次進剿他們的卻是最精銳的遼東禁衛軍，而且足足兩萬大軍！
周遇吉登陸登州水城以后，先是派兵控制了登州府城，把登州城牢牢控制在自己手里。面對周遇吉的強勢，登萊巡撫、登州知府、監軍道、督糧道等登州官員都不敢吭聲，濟南兗州等府官吏的下場震懾了他們，他們生怕周遇吉也對登州官場來一場清洗。
剿匪在即，周遇吉卻沒有時間理會這些官員，控制了城防，控制了糧倉之后，先分兵攻取黃縣、招遠，周遇吉自己則親率主力向東攻向各處衛所。
有的衛所被叛軍占據，周遇吉一到便發動進攻，他隨軍攜帶了紅夷大炮二十門，皆用海船裝載隨行，到達沿海衛所之后，靠著紅夷大炮能輕松轟破衛所城墻。往往城墻轟破，叛軍便會不戰而降。便是有叛軍想負隅頑抗，也不是精銳的遼東禁衛軍的對手。
不過膽敢抵擋禁衛軍的根本沒有多少，大軍一路清剿，也只在威海衛打了一場硬仗，先是擊潰了膽敢出城迎戰的叛軍，然后以火炮轟破威海衛城，大軍攻入城中，斬殺負隅頑抗的叛軍數百，其他叛軍便不戰而降。
攻占衛所之后，先進行甄別，把帶頭叛亂的頭目還有衛所將領統統抓出來殺頭，至于普通的叛軍，則一律用船送往遼東屯邊。遼東現在地廣人稀，有的是土地，這些叛軍被押到遼東后先做兩年苦力恕罪，然后會分給他們田地耕種。
至于沒有參與衛所，禁衛軍占據以后，也會把衛所將領們揪出來，以畏敵如虎、失職、侵占軍田等一系列罪名抓起來充軍遼東，他們霸占的軍田自然也會充公。
很快朱由檢派人來到登州府，宣布所有沿海衛所軍戶一律改為民戶，軍田則充為官田，分給這些普通軍戶耕種。從此以后，這些軍戶便和清田司所屬其他民戶一樣，只需要繳納田租，不需要再承擔軍役，田租的比例遠低于給將領們當軍奴。
這項政策一出，沿海軍戶們歡欣鼓舞紛紛向濟南皇帝所在方向跪拜磕頭，高呼萬歲。
再接下來，平定叛亂的速度更加迅速了，周遇吉大軍一到，各叛亂衛所紛紛歸降。能分到田地過上安生日子，這些軍戶也不想造反。
用了兩個月時間，周遇吉率軍占領了登州府所有衛所，并占據了萊陽、棲霞、文登、黃縣、招遠、寧海、福山等州縣，每個縣皆屯兵千余。
而于此同時，張世澤也擊敗了十數支農民軍，占領了膠南青州南部等州縣，并在嶗山擊潰了聞香教最后的軍隊，抓住了聞香教圣女，而聞香教二頭領馬王爺則不知所終。
趙率教則控制了青州萊州府北部州縣。
自此，遍布膠東三府的聞香教起義，只用了三個月時間，便被徹底平定。
