登州一府七縣經孔有德叛亂后剩下的百姓不足三萬人，加上改為自由民的屯田戶，從萊州和山東來投的百姓，整個登州的自由民也只不到八萬人。
從遼南陸續遷移來的17萬漢民在安置使司的安排下陸續成為屯田戶，如此多的人口涌入，登州府周圍的土地已經難以容納，故大勇才又恢復了蓬萊、黃縣、福山、棲霞四縣縣治，利用這四縣的荒地容納遷移民，如此才算消化了這17萬人口。
安置使司從地方接手了屯田事項，所有的屯田戶一律由安置使司負責管理，同樣也是在三年后可以轉為隸屬登州府縣的戶籍居民。
等到四縣土地全部利用完畢，大勇便要將廢棄的招遠、萊陽、文登三縣也恢復起來。
旅順那邊也是照此辦理，知府衙門負責自由民的管理，安置使司則接手屯田事誼，集中管理所有的遷移民。
崇禎七年九月的時候，大勇讓安置使司和登、旅官府做了個人口初步統計，計有自由民十一萬兩千余人，屯田戶24萬人，總人口35萬左右。其中青壯九萬余人，其余都是老弱婦孺。
大勇又于崇禎八年一月于登州成立流民收容使司，意圖能夠吸納更多的流民來充實登州人口。
這個流民收容使司屬安置使司管轄，如此安置使司便成了既招納流民又負責流民管理的一個核心衙門，其所管理的人口比登、旅的地方官府還要多，負責的事務也是更多。
有人說，負責安置使司的宋光蘭其實就是變相的登旅巡撫，這個安置使司就是登旅巡撫衙門。對這種說法，大勇不置一詞。
大量移民的涌入，使得鐵器的需求呈倍數上漲，登州和旅順并沒有鐵礦，而移民開墾土地需要大量的農具，而遼東軍自身也需要大量鐵器，在自身并不擁有鐵礦的情況下，大勇只能高價從萊蕪官礦購買，又通過南方鄭家的關系從江南購進，如此花費自然又是個大頭。遼東軍中有人建議大勇索性把那萊蕪官太給占了，這種提議自然招到大勇痛斥。
自從沈陽回來，軍中已經開始出現不奉朝廷的苗頭，尤其是朝廷對遼東大捷裝聾作啞，不予封賞更令遼東軍上下對朝廷失望透頂，但他們卻很少有人會去想朝廷為什么不封賞他們，只一昧的認為朝廷要兔死狗烹，一些激進的將領如土匪出身的李大山，叛軍出身的耿仲明等人甚至提出擁兵自重，在這登旅自成一國，這種混帳提法自然又遭到大勇的痛斥。
對朝廷，對崇禎，大勇一直有種愧疚負罪之感，因為造成如今這種局面的不是朝廷，也不是崇禎，而是他施大勇。
對崇禎這位漢人公認的領袖，大勇是懷著一顆赤誠之心擁戴的，他從來沒有后世那種忠君是愚昧思想的看法，反而認為應該適應這個時代需求，既然大明的百姓需要皇上，那他就擁戴皇帝。在這民智未開，百姓大多還不識字的時代，搞什么民主共和完全就是扯蛋。現在最重要的是挽救大明的滅亡，其后恢復國力，至于那些理想化的東西還是留待后人自己解決吧。如果后人認為他們不需要皇帝了，那就不需要皇帝，如果后人認為沒有皇帝，這個國家仍將是一盤散沙，那些鼓吹自由民主的家伙只是為了息謀利，那這個皇帝還是廢不得的。至少，在皇權的面前，中央仍是中央，而不是一群家伙為了謀利的工具。
皇權需不需要限制，當然需要，不過這不是大勇現在考慮的事情。崇禎的性格固然有不足，但不可否認他是一位可以讓人接受的漢家皇帝，無論是法理還是人心，崇禎作為天子是被億萬大明子民接受并承認的。
天子守國門，君王死社稷。
崇禎做到了這一點，所以他值得大勇擁戴。如果李家、趙家、孫家的先人也于暴政之中揭桿而起推翻韃虜，那他們的后人同樣也可以做這個皇帝，同樣也值得大勇效忠。
之所以不肯進京，不是大勇擔心自己會有殺頭之禍，以他所立的功績，崇禎再不待見他，最差也給他個養老的爵位恩養起來，崇禎從來不是一個有功不賞的皇帝。
大勇擔心的只是如果真的進了京，他就不能按照自己的意圖行事。對朝堂上的東林黨，大勇已經失望透頂，如果可能，他甚至都想舉兵進京清君側，將那些朝廷重臣們全部清洗掉，將他們所代表的集團勢力全部抹殺掉，但這樣做無疑就是扯旗造反了。
大勇不想造反，也不想受制于人，所以他選擇不進京，他要奉調不奉召，他要學祖大壽一樣，他認為自己這個選擇是對的，至少他還是肯為大明賣命流血的。
在這種矛盾的動機下，大勇當然不想部下們會產生不忠朝廷的想法，他可不想有朝一日會被人黃袍加身。
想到自己這幅殘缺猙獰的臉會被人掛在太廟里祭祀，大勇便興趣淡然。
軍隊的改編是在登旅安置使司成立前兩個月，大勇將軍隊改名為遼東新編陸軍，簡稱遼東軍，下設騎軍、步軍、水軍三部。
騎兵衛整合了遼東軍所有的輕重騎兵，指揮使曹變蛟，副指揮使彭大錘，下轄四營，每營兵2000，馬4000，全衛擁兵8000。
陸軍第一衛由原步軍左營兩個千戶和皮島明軍合編改建而成，指揮使尚可喜，副指揮使向寵，駐地皮島，下轄五營，每營2000兵，全衛擁兵10000。
陸軍第二衛由原步軍左營另兩個千戶及沈陽新降漢軍、遼南原明軍俘虜青壯合編改建而成，指揮使由從錦州大牢解救出的黃安擔任，副指揮使則是耿仲明，同樣也是轄五營兵，計10000人。
陸軍第三衛則在步軍右營基礎上擴編成立，指揮使李大山，副指揮使林俊義，也是下轄五營兵，計10000人。
陸軍第四衛則由大勇親兵營及輜重營、遼南青壯合編而成，指揮使由邵武擔任，副指揮使宋慶，全衛擁兵10000人。
又設旅順衛，指揮使李忠輔，副指揮使張存仁。此衛主要由旅順遷移民青壯和一部分反正漢軍組成，主要是承擔旅順守衛，全衛只四營兵8000人。
登州衛指揮使齊三寶，副指揮使王天德，由原輜重營合移民青壯組成，也非野戰軍，主要是承擔登州守衛及地方安靖，全衛五營兵10000人。
原錦州軍炮兵營擴建炮兵衛，指揮使由錦州解救出的趙可綱擔任，副指揮使陸江，配輕重炮兵四營，計三營9000人。
新設登州炮兵指揮學校，由原川軍出身的郭城負責。
新設登州火器研發局，由原錦衣衛南鎮撫司工匠出身的麻忠負責。
新設遼東軍大營參謀本部，指揮使蔣萬里，對外稱遼東鎮府，對內以參謀部稱。
新設遼東軍大營護衛親兵衛，指揮使郭義，副指揮使李固，下設兩營4000兵。
