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孫元化在開春之后，便被劉不同裝上第一條返回臺灣的船只，運往了淡水城進行安置。
于孝天當時正在籌備北上的事情，所以兩個人走了個對頭，卻沒有見面，這次于孝天回來，自然是要見一下孫元化的。
孫元化到了淡水之后，已經知道這里是什么地方了，當然也猜出了這次把他弄來這里的人是誰了。
對于孝天，孫元化是有所了解的，他本身是一個天主教徒，跟澳門的教會有很深的交情，要不然的話他這次到登萊任巡撫，也不能從澳門請去那么多葡萄牙人充當炮術教官。
在長時間的和教會來往之中，他對南方的事情也是比較了解的，特別是對福建的海狼集團，他早有耳聞，通過教會了解了很多有關海狼和于孝天的消息。
澳門教會方面，對于孝天是相當推崇的，特別是于孝天開放臺灣島，讓教會公開傳教，這件事讓教會方面，對于孝天非常滿意，多次在和孫元化的信件之中提及此事。
還有教會方面對于孝天控制能力以及手頭擁有的武力，也非常推崇，稱其為大明一個奇人，短時間之內，便打造出一支可以橫行中國海的水師，并且使用的是最先進的火炮以及戰船。
整體上來說，教會方面認為于孝天雖然不是教徒，可是也算是親教的人員，就算是他對教會在臺灣島傳教控制很嚴，但是起碼也開了一個口子，讓教會能獲得一個公開傳教的機會。
所以孫元化對于于孝天并不陌生，起碼也算是神交已久，只是一直沒有機會見面罷了。
但是沒想到這一次于孝天會突然間對他施以援手，把他從山東綁架到了臺灣島，并且給他安置了不錯的地方，算是相當善待他了。
原本孫元化對于于孝天這么做，還是頗有微詞的，認為于孝天把他逼入了絕地，徹底斷絕了他的仕途。
原本他這次被叛軍釋放之后，還想要回到京中，利用老師徐光啟以及周延儒等人的能量，給他提供一些保護，起碼保住他的性命，就算是被革職查辦，以后只要他們還在朝中任事，遲早也有一天會被起復。
可是于孝天把他弄到這里，他不明不白的就失蹤了，肯定朝廷就會為此震怒，那么就算是以后他回去陸上，估計也沒有機會再入仕途了，掉腦袋那是最起碼的事情。
所以孫元化在初到這里的時候，還對于孝天心懷不滿，認為是于孝天壞了他的前程，可是隨著京師方面各種消息傳回來告知他以后，孫元化漸漸的改變了這種想法。
特別是七月間朝廷下旨，將張燾斬首棄市，宋光蘭也被殺了，而朝中對于剿還是撫的問題，已經最終拿定了主意，皇帝力主以剿為主，開始調集大軍北上入剿孔李亂軍，這時候徐光啟和周延儒等當初主撫之人，都受到了圣上的呵斥。
甚至于一直主撫的兵部右侍郎劉宇烈也被朝廷罷官逮問，這就說明了事情的嚴重性，起初孫元化還指望著老師徐光啟和周延儒等人能保住他，可是后來看時局的發展，這種希望是極為渺茫的。
作為登萊巡撫，他才是主事之人，這次登萊之亂，本身就該歸結在他身上，由他背這個黑鍋，更何況在孔有德叛亂之初，他又一門心思想要招撫，結果導致貽誤戰機，另外主撫的問題上，確實有很大的問題，最初朝廷派兵進剿，諸將都一門心思的指望著主撫，結果被孔李叛軍打的大敗。
叛軍橫掃登萊等地，造成登萊生靈涂炭，就連后來的山東巡撫徐從治，都被叛軍亂炮打成重傷，以至于后來死在了萊州城之中。
所以他作為罪魁禍首，就算是當初跑回了京師，最終的下場也是可想而知的，肯定會被朝廷那些政敵大做文章，最終肯定也要被斬首示眾，甚至于弄不好，還會落得袁崇煥當初的下場，被凌遲處死估計都是有可能的事情。
所以當了解了這些事情之后，孫元化對于孝天的想法開始轉變了，他不知道于孝天為何會預料這么準，朝廷肯定會干掉他來泄憤，提前派人去把他給弄到了臺灣島，但是不管怎么說，于孝天算是保住了他一條命。
孫元化不是那種性情非常剛烈之人，完全可以之生死與不顧，要不然的話當初在登州城破的時候，他有一千個機會，可以自我了斷，可是他最終還是選擇了茍延殘喘，被叛軍所持之后被釋放了，又想跑回京師之中尋求庇護。
孫元化這個人，對于生命還是相當看重的，于孝天某種程度上來說，算是他的救命恩人，雖然他并不認可于孝天這種做法，可是卻也不得不承認，于孝天救了他的性命。
在孫元化抵達了淡水城之后，于孝天派人給他安排了一個獨院單獨安置，并且對外也沒有公開他的身份，只是稱其為先生，同時還給予了他相當的自由。
孫元化剛到淡水城之后，百無聊賴之際，想要出去走走看看這邊的情況和風景，立即有人便安排他，并且派出專人保護他陪同他，到淡水各處觀看這邊的情況。
