洛陽、襄陽兩城的失陷和福王、襄王兩藩的被殺，也標志著楊嗣昌督師圍剿的徹底失敗。他是在匆匆趕回湖廣之后才接連聽到這兩個如同炸雷一般的消息的。到這時候，他已經完全絕望了。
幾個月在四川奔馳于軍旅之中，早已使楊嗣昌疲憊不堪，出川時已是重病在身。他回到湖廣后乘船先順江來到荊州（今江陵），住在郊外的沙頭市（今沙市），本來想休養一下再圖進剿，但立刻就聽到襄陽傳來的噩耗。
楊嗣昌作過兵部尚書，深知失陷藩封對自己來說意味著什么。何況督師一年多來，勞師耗餉，流寇反而大熾，這本身也足以致任何一位軍事統帥于死地了。他又為沒能平定內亂，不能報效給了自己極其特殊恩寵的皇帝而痛心。
于是楊嗣昌就在寫給湖廣巡撫宋一鶴的信中沉痛而又無奈地說：“天降奇禍，突中襄藩。仆嘔血傷心，束身俟死，無他說矣。”一切都已無望，只有以一死來報皇恩了。
而心灰如死的楊嗣昌卻在這時候再次聽聞到洛陽傳來的消息，這對他又是一次巨大的打擊。三月初一日，他死在沙頭市的行轅里，時年五十四歲。
楊嗣昌雖然死了，但從來對他心懷成見的朝臣們還是一直揪住不放。早在他的死訊傳到京城之前，兵科都給事中張縉彥就以陷城失藩的罪名攻劾他。崇禎皇帝也對自己最信任的楊嗣昌這樣壞了大事也很憤怒，降旨“自督師以下，調度失宜，巧言善欺”，讓有關衙門依法議罪。
這一下，朝臣得到了機會。以吏部尚書李日宣、左都御史王道直等大僚為首的一批文臣紛紛上疏要求撤銷楊嗣昌督師的職務，追究他的責任，其中猶以言官們最為活躍。但直到這時候，崇禎皇帝對楊嗣昌的信任還是沒有完全衰退。也許還因為楊嗣昌出京督師是由他特命的，也要顧及自己的面子，因而他一反常態，沒有懲辦失事的楊嗣昌，反而對其大為袒護。
崇禎皇帝為這件事特意召六部、九卿、科道等官員進入乾清宮，很不高興地對群臣說：“楊嗣昌是朕特簡任用的，用兵沒有成效。朕自會鑒裁。何況他尚有可取之才，你們見到朕有議罪之旨，就一起排擊，紛紜不已。如果真是出于忠君正直，為何不在張縉彥糾劾之前就提出來呢？這次暫不深究。各疏留中，告訴你們知道。”朝臣才不好意思再多說。
不久。楊嗣昌的死訊也傳來了。而這死訊也讓崇禎皇帝感到十分震驚和痛心。可朝臣們卻不肯善罷干休。又一次發起了對楊嗣昌的攻擊，交章論列，連篇累牘。
崇禎皇帝似乎也覺得，殺過那么多失事大臣，對于個這已經死了的楊嗣昌仍然一意袒護，好像有失公平。就再一次決定讓九卿大臣會議定罪。朝臣們認為，楊嗣昌倡議加派，致使天下民窮財盡，奔走為盜；而且失事封疆。匿罪飾功，應當按照嘉靖間仇鸞故事，以“失陷城塞律”論斬，戮尸。
可在這時候，崇禎皇帝卻又猶豫起來。他對楊嗣昌的感情畢竟不同于一般，喪失這個唯一能夠依賴和信任的股肱大臣給他帶來了極大的傷感，甚至在夢境中都不能抹去這個身影。
就在朝臣們吵嚷著要對楊嗣昌進行惡毒的身后懲罰的時候，他夢見了楊嗣昌跪在庭前叩首為自己申冤。楊嗣昌說：“臣鞠躬盡瘁，死而后已。但諸臣不公不平，連章詆毀，故爾歸來向皇上訴說。”崇禎帝在夢中還問訊了朝臣攻擊楊嗣昌的一些具體問題，楊嗣昌也都一一否認了。
這個夢的真實含義也該讓周公或者弗洛伊德來解析。可不管怎么樣，這夢也是崇禎皇帝心理情感的一種折射。而在當時的認識水平下，就更加堅定了崇禎皇帝不再治裁楊嗣昌的決心。
于是崇禎皇帝對大臣們講敘了這個夢，神情十分慘淡，他同時宣布：“故輔楊嗣昌奉命督剿，無守城專責，而且對偽裝入城、乘夜偷襲均再三嚴申軍令，地方官員卻置若罔聞。待違令致使城陷，又全部歸罪于督輔，不是持平之論。況且嗣昌身臨前線兩年，屢著捷功，盡瘁身亡，勤勞難泯。”昭雪了對他的議罪，賜祭一壇，讓其家人歸葬于故里武陵。
在崇禎皇帝繼任皇位以后，他與楊嗣昌的君臣相知可謂是有始有終、達到了一種絕對的、盲目的信任程度。而相比較于崇禎皇帝對其他大臣的嚴苛、濫殺，這樣的君臣以沫就更為難得了。
應該說，楊嗣昌的才能，尤其是在軍事上的才能是突出的，他的“攘外必先安內”和“十面張網”戰略如果得到了有效的執行，是能夠阻止住大明朝下滑的速度。而他與滿清先議和，以此來爭取時間恢復國力的主張，也完全可以稱為高瞻遠矚的。
可惜的是，因為崇禎皇帝想要減少開支，所以首先任命了貪財又只會招撫的熊文燦作為首位戰略的指揮者，再加上滿清的第二次入關完全把楊嗣昌的威信給擊垮，以至于連楊嗣昌成為五省總理以后，他的命令也被明軍的各路將領陽奉陰違，完全執行不了他的戰略。
再加上楊嗣昌的性格上也十分有缺，他的心胸相當狹隘，報復心很強。在他手中直接、間接的，喪失了盧象升、孫傳庭、鄭崇儉等優秀的軍事統帥，以至于到了最后，明廷竟然拿不出一位有能力統領天下，圍剿農民軍的督師。
所以說，楊嗣昌是位優秀的軍事參謀，不是位優秀的軍事統帥；他是位優秀的顧問，卻完全沒有宰相的胸襟。他是一位選錯領導、坐錯位置的悲劇人物。
而在這么長的時間里，在遼東的吳世恭又在干什么呢？他完全就是在吃喝玩樂、無所事事，因為薊遼總督洪承疇一直在拖延著再次出兵。(
