在原本的封建皇朝中，六部每部各轄四司，共為二十四司。但是劉厚仿照了后世的部分部委結構，加了很多個司進去，這使得每個部不再僅限于四個司，有些部的司少，是個位數，有些部的司則多達兩位數，具體看各部分管的事項多少，沒有一定的定數。
這樣的例子很多，除了上述的宣傳部外，再例如，在原本的封建王朝，對于商業是很看不起的，所以不可能像后世那樣，設立一個商務部去促進商業發展，但是劉厚決心大力發展商業，就設立了一個商務司，掛在了戶部下面。
而像后世的水利部、交通部等部門，也統統變成一個司，被掛在工部下面。還有環境保護這樣的部門，在原本的封建皇朝也是沒有的，劉厚同樣設立了一個司級單位，掛在刑部下面。
這個舉動讓新上任的環境保護司各級官吏都莫名其妙，不知道自己這個部門是干什么活的，而其他人則是對于這個司放在刑部感到難以理解，不知道環境保護和刑罰有什么聯系。
這樣的例子比比皆是，總的來說，劉厚和陳群搞的這個三省六部制和原封建皇朝的三省六部制并不一樣，劉厚只是借殼一用而已。
這個新的六部其實更像后世的部委，只不過是采用了大部委制，將原來共和國的幾十個部委，全部降級為司級單位，然后分門別類塞到六個部里面去。
說完六部就要說三省了，三省六部制中的三省是指中書省、門下省、尚書省。六部其實是尚書省下屬的吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部。在中央行政機關設立三省，目的在于分割和限制尚書省的權力。
中書省是最高決策機構，負責草擬和頒發皇帝的詔令。由于劉厚比較喜歡內閣這個名字，所以，他就把中書省改稱為內閣，這等于是整個天朝的大腦，所以，閣臣都是由諸葛亮這些智謀深遠的人來擔任。
政令制定出來后還不能馬上執行，需要先交給門下省審核。門下省是審議機構，負責審核政令。門下省與中書省同掌機要，共議國政，并負責審查詔令，簽署章奏，有封駁之權。其長官稱侍中，也可以稱為左相，可見其權力也是極大的。
如果門下和中書兩個機構的大佬不和，很容易造成扯皮不清，導致行政效率低下。例如，如果門下省的侍中對內閣某閣臣有意見，想公報私仇，那他可以將內閣制定出來的政令封駁回去，使得這道政令無法出臺。
當然，門下省也不可能順便搗亂，要封駁政令也得有理有據才行，如果他經常亂來的話，皇帝肯定會換人來做。
門下省侍中由蔣琬擔任，蔣琬是劉備時期的舊臣，對劉氏忠心耿耿，也有宰相之才，由他擔任這個左相再適合不過。讓他擔任這個位置還有個原因，那就是他和諸葛亮的關系很不錯。
蔣琬曾經因不理政事激怒劉備，劉備一怒之下要殺他，后來在諸葛亮的勸說下，蔣琬才免于一死。再之后他重新被啟用，諸葛亮又將其悉心培養，并且還暗中對劉厚說過，這個蔣琬可以作為自己的接班人。
可以說，諸葛亮對蔣琬有救命之恩加知遇之恩。這樣的關系可以令兩個部門不至于互相推諉扯皮，提高行政效率。當然，兩個互相制約的部門大佬關系太密切的話，也會帶來一個不好的結果：兩個部門串通起來圖謀不軌。
不過對這兩個人的人品，劉厚是很有信心的，他相信他們不會那么做，所以這個缺點就被劉厚忽略過去了。
尚書省，也叫尚書臺，是最高行政機構，負責執行國家的重要政令，其行政長官叫尚書令，由董允擔任。這個董允長期以來一直幫劉厚管理“工業部”，劉厚帶著其他部下在外征戰，他就像老黃牛一樣，在家里默默耕耘，為保障前線所需的物資、設備嘔心瀝血地操勞。
他是真正的幕后英雄，沒有他的默默付出，滅魏、滅吳兩場戰爭都不可能那么順利。他有在“工業部”的工作經歷，對于執行政令駕輕就熟，而且他也是當年的太子部屬之一，這種潛邸老人的忠心也是毫無疑問的，由他出任尚書令再適合不過了。
除了三省六部之外，還有兩個機構是獨立于這些部門的，那就是監察部和大理寺。監察部里面的官員叫監察御史，他們的職責是監察百官。
而且他們不像歷史上那樣，只會風聞奏事而沒有一點實權，劉厚從中情局調了很多人加入到監察部，組建了一個具有調查能力的部門，他們將負責調查那些貪污的官員。
監察部并不屬于六部，也不用對內閣作交代，他們直接向皇帝負責。這使得他們的地位和職能，很類似于香港的廉政公署。
由于他們獨立于整個官僚體系，甚至他們都不用擔心受到吏部的官員考成影響，所以，他們可以放心地調查任何官員，包括內閣成員，而不用害怕受到官場中其他勢力的影響。
這一點上他們和明朝的錦衣衛有點類似。和錦衣衛不同的是，他們只有調查權而并沒有審判的權利。這是為了避免他們成為一個專權的特務機構，最后變成禍亂朝綱的鷹犬。
審判權被交到了大理寺的手上。監察部查出來的證據最后要呈交給大理寺，由大理寺對犯案的官員進行審判定罪。這就是權力制衡之道。
從今天開始，中情局，等于是一分為二了，對國內的情報收集就交給了監察部和刑部。監察部，負責收集官員的犯罪罪證，還有涉及到謀反的證據。
刑部偵查的是其他的犯罪案件。而中情局只負責對外國的情報收集，當然，也包括對一些外國的敵對勢力，在天朝的間諜活動進行偵查和打擊。
監察部、大理寺和中情局都是直接對皇帝負責的機構，他們都是獨立于三省六部之外的機構。他們是皇帝手中的刀劍，是保障皇帝在不過問朝政的情況下，依然可以牢牢掌握這個龐大帝國的保障，所以對這些部門劉厚從來沒想過放手。
