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當國民軍準備在河南和湖北方向發動全面進攻的時候，國民軍在國內其他方向的部隊也沒有閑著，隨著陳敬云再一次強調肅清私人武裝和土匪對于國內穩定的重要性，沒有到河南和湖北前線參與作戰的國民軍野戰部隊包括那些地方守備團再一次展開了轟轟烈烈的打擊土匪和私人武裝的大規模行動，尤其是對國民軍新占據的地區包括直隸、東北地區更是采取了嚴厲打擊的手段。
這些打擊土匪和私人武裝的行動雖然遠不如正規作戰規模龐大和激烈，但是也不算小了，單單是東北第十軍下屬的各部隊出動營級以上規模的行動就已經超過了二十次，打掉的土匪或者私人武裝數以萬計。其中的國民軍第十軍下屬的第二騎兵師，也就是吳俊升的部隊已經從東北向蒙古方向開進，準備肅清蒙古的一些武裝勢力，與此同時黃安源的第一騎兵師也已經離開了直隸境內，向著外蒙古方向進發，這兩個騎兵師雖然一開始是打著肅清土匪的意思，但根本目的確實為了打擊外蒙古的毒莉勢力，第一騎兵師的進軍方向可是直奔庫倫。
辛亥革命后，外蒙古的藏傳佛教活佛格魯在這場中華動亂中叛亂成立‘大蒙古國’并自立為‘日光皇帝’這背后自然離不開俄羅斯的支持，此次毒莉并沒有被清廷和后續的北洋政府所承認。清廷當時是沒有力量去平叛，而袁世凱的北洋政府成立后也是一門心思想要平定南方諸位軍閥，而外蒙古則是被袁世凱放在了后頭，原因也簡單，因為外蒙古本身是沒有什么實力的，要解決外蒙古問題實際上還是要看俄國人的意思。如果俄國人下定了決定要保住這個‘大蒙古國’憑借當時袁世凱的力量根本無法順利的收回外蒙古，所以就準備先拖著等解決了國內的陳敬云和唐繼饒等人后再處理這個事情，不然的話在大軍還在南方和國民軍進行決戰的時候還去招惹俄國人，實在是一件不理智的事情。
不過袁世凱沒有想到，北洋軍竟然會失敗！
北洋軍和國民軍在爭奪國內中央政府的決戰中落敗，而取勝的南京中華共和國作為現今中國內唯一的中央政府，這外蒙古`毒莉一事自然也就落在了陳敬云頭上。
陳敬云可沒有袁世凱那么多顧忌，加上北洋這個大敵已經被徹底擊敗，至于剩下的那些湖北等地軍閥雖然也礙手礙腳，但是已經無法阻擋國民軍的強勢崛起，這種時候國民軍也有了一定的條件收復外蒙古了。
當然，陳敬云也沒指望著現在就收復外蒙，他現在只是派遣了騎兵部隊進入內蒙古方向，肅清土匪和鎮壓內蒙古方向那些蠢蠢欲動的蒙古王公們，同時也是為了不久后收復外蒙古而做準備，而這個不久后指的自然是一戰爆發以后。
現在嘛，黃安源和吳俊升的騎兵部隊主要任務還是肅清那些土匪以及私人武裝。
國民軍在東北、直隸以及山東、安徽等地區進行著這輪聲勢浩大的清剿行動時，作為配合力量的各個地方守備部隊也是出力眾多，自從去年國民軍對地方守備團進行擴編以后，國民軍的地方守備部隊已經不局限于在每個省的兩到個重大城市各部署一個守備團，而是進一步深入到中小城市當中，在小型城市設立守備連，在中型城市設立守備營，這些新增設的守備部隊加上原有的守備部隊，讓各省的守備部隊數量進一步增大。
實際上，增加的這一部分守備部隊某種程度上是為了取代那些被打擊取消的地方武裝以及私人武裝，畢竟之前國民軍的守備團都只部署在少數幾個大城市里，而那些小城市，縣城之類雖然也成立了警察，但是很多縣都會自己組織民團、保安團之類的武裝組織。陳敬云把這些武裝給撤銷并清剿了后，自然要補充上守備部隊駐扎當地，要不然當地民眾就會失去保護，只靠那幾個警察可無法有效的維護當地的社會安定。
以安徽為例子，安徽已經是編成了一個五個團的守備部隊，這些部隊分散部署在大中小城市當中，總兵力也是接近八千多人了。當然了，別看人數不少了，但是指望著他們和敵軍進行野戰那是不現實的，這些守備部隊更多的是類似武裝警察的存在。
在這場大規模清剿活動中，běi精的李繼民也沒有閑著，雖然běi精周圍沒有什么大規模土匪，甚至連大規模的私人武裝也沒有，但是這不代表著李繼民就沒事做。
進入běi精城后李繼民手下的第一軍就是全面控制了běi精城，鑒于běi精曾是北洋政府的首都以及城內聚集了大量前清遺老遺少和北洋的重要人物，所以李繼民一進入běi精后就是根據南京的命令進行了大規模的控制和清洗。
除了一開始就投誠的部分北洋軍官和將領外，大批北洋官員和軍官被逮捕，其中一些具備了重大影響力的雖然不能公開抓捕但是也被軟禁了起來。
除了肅清北洋殘余外，李繼民也是的毫不猶豫的派兵進入了紫禁城并把溥儀給趕到出來并讓溥儀遷居到另外一處住宅并被軟禁了起來。、
此時可不是李繼民擅自專斷，而是來之于陳敬云的命令，雖然當初辛亥革命時南北和談達成了優待清皇室的條款，但是陳敬云又不是袁世凱，當初答應給清皇室優待的是袁世凱可不是他陳敬云，陳敬云可不想都民國了，紫禁城里還有著一小群人天天坐著皇帝的美夢，更不想清皇室的影響力持續下去最后讓日`本人找到什么機會弄一場滿洲毒莉之類的事情，后世里的偽滿洲國陳敬云是絕對不會讓他再一次出現的，如果不是怕影響不好他都要下令讓李繼民把溥儀直接殺了了事，免的他長大后被日`本人利用。可是終究沒能做出這樣的事情來，倒不是陳敬云心軟，而是直接光明正大的把溥儀這小孩子給殺了容易造成惡劣影響。
為了達成把溥儀趕出紫禁城并肅清前清以及北洋殘余的效果，調查局的陳彩親自前往běi精指示調查局展開工作，僅僅是數天時間里調查局就已經是拿出了一大堆證據，把溥儀等一群前清皇族和民國元年在東北地區爆發的宗社黨叛亂結合了起來，大肆指責前清皇族意圖叛亂復國。事實的真相到底如何已經不重要，重要的是李繼民當天就是把溥儀從紫禁城里趕了出來，并軟禁逮捕了一大批前清余孽。
緊接著南京共和政府宣布廢除前清優待條例，紫禁城收歸國有，并準備改建為國家博物館，并宣布到時候任何游客只要支付參觀門票，誰都可以去龍椅上坐一坐，而且不分人狗。
此時讓一大群滿清余孽痛哭疾首，大罵陳敬云這個叛臣賊子，不過也沒見他們真正為了溥儀而上吊自殺或者是硬是往國民軍士兵手中的槍口上撞過去，一個個只能嘴巴上叫嚷著，報紙上罵著，不過說不準這些人心里還猶豫著等紫禁城改為了國家博物館后，自己是不是也花點門票去參觀參觀然后坐一坐那龍椅呢？
除了解決紫荊城和溥儀外，李繼民還讓手下的部隊配合著陳彩手下的調查局在běi精城內進行了大規模的清洗活動，大量反對南京共和政府以及反對陳敬云的人士被逮捕然后以各種罪名被槍斃，其中用的最廣泛的罪名就是“叛國罪！”
說起來叛國罪這個詞在民國初年的這幾年來用的相當廣泛，孫文、黃興、宋教仁等人頭上都盯著這么一頂帽子，而南京共和政府的一大群人也是被袁世凱帶上了叛國罪的罪名，陳敬云、沈綱乃至鄭祖蔭這些都是有著這么一頂帽子在。而同樣的，陳敬云也給毫不示弱的給大票的北洋待上了叛國罪的罪名，袁世凱自然是最大的一個。不過段祺瑞和黎元洪等人主動投降，讓大批的北洋人得以免除了叛國罪的罪名，甚至不少人都直接進入了南京共和政府中任職，比如北洋內閣里的財務部總長周學熙、這人在段祺瑞籌劃著投降時就是立即贊同，并且拉攏了大批政府內的重要官員加入其中，所以在國民軍進入了běi精城后，為了初步穩定běi精城的局勢，加上段祺瑞和黎元洪都準備去南京見陳敬云并且到南京任職，而李繼民也不能讓běi精一直處于軍官狀態，為此陳敬云就邀請這個在北洋諸多投降官員中有著巨大威望的周學熙擔任běi精特別市的市長，負責安定人心。
周學熙崛起了，也有些人頑固不化而被國民軍以叛國罪的逮捕并槍斃，不過更多的則是躲入了租界里頭，比如內閣總理趙秉鈞就是找了個機會溜出了běi精城，然后潛入了天津租界。
而不管怎么說，běi精城現在已經是掌控在國民軍的手中，等李繼民把běi精城肅清的差不多了，南京共和政府籌劃已久的北巡也準備開始了，五月十五號，陳敬云的專列從南京北站出發，準備沿著津浦線北上巡視，將會途徑安徽蚌埠、江蘇徐州、山東濟南最后抵達běi精。
