1279年3月，元朝大將張弘范發動崖山海戰，消滅了南宋的最后一支反抗武裝，于是元朝完成了對中國的最后統一。
晚年的忽必烈完成因為長子朵兒只的去世和疾病的困擾，性情大變，對江南的少數民族不斷“招討”，燒殺掠奪，實行種族滅絕。各族人民屢起反抗，大者數萬人，小者數千人，斗爭此起彼伏。
蒙哥汗當年口諭給武岡路城步寨赤水峒楊家將的封地因為他的意外去世，成了空頭支票。連元朝開國皇帝元世祖忽必烈都忘記了此事，他死后，他的子孫為了皇位經常自相殘殺，哪里還有心思來兌現承諾。
不過有一點還好，寶慶府、武岡路、綏寧等地方官和駐軍將領若想對城步寨圖謀不軌，征收苛捐雜稅，受封的楊家將集團只要飛鴿傳書到大都的辦事處，皇帝就會親自過問此事，極力維護楊家將在周邊地區的威望，下令一律不得侵擾楊家的封地，否則格殺勿論。
皇慶二年(1313)，為了感謝大元朝廷對楊家將的蔭庇，造福一方，赤水峒楊正修后裔楊再成在族里長老的支持下，自己出資，創建了我國第一所苗族書院——儒林書院。楊再成自任院長，招收團峒子弟為學生，親自講學。由于儒林書院實行的是平民教育，有教無類，窮苦人家的子弟也可以進入書院學習，一時間城步寨崇文習武之傳統得到了發揚光大。
1341年，身世撲朔迷離的妥歡帖睦爾繼承了元朝的帝位，是為元順帝，年號至正。雖然后世稱其稱順帝，其實一點也不順利，他一上臺，天災人禍接踵而來。
1346年，南方地區湘桂黔邊境遭受特大的天災，許多地方莊稼顆粒無收，老百姓餓死的不計其數，瘟疫也隨著災荒蔓延開來。朝廷卻見死不救，還不斷派兵征糧、征稅，不交的就抓進大牢。
饑民人數在不斷上升，野外的樹皮、草根、野菜、蝗蟲等成了人民的主食，城步寨十數萬饑民已經到了生死邊緣。楊家將集團多年的貯備糧食在賑災過程中消耗殆盡，土司楊留總已經向周邊州縣請求伸出援手，支持城步寨的賑災工作。畢竟楊留總只是楊家將集團的一個將軍代表不了朝廷，沒有誰理會他。
飽漢不知餓漢饑暫且不論，有些官員和地方將領還說風涼話，誹謗楊留總是想收買民心，借機擴大自己的地盤，恢復五代時期的楊家封地。這些話很快傳到了大都，元順帝身邊的太監添油加醋的向皇帝進讒言，楊家將居心叵測，得盡快將土官楊留總捉拿進京斬首，以絕后患。
元順帝派兵查封了楊家將在大都的辦事處，并將所有人員都投入了大牢。辦事處的腳夫吳天保外出了，才沒有被抓，他立即飛鴿傳書回城步寨，說最近朝廷會有大動作，提醒楊留總給自己留一條后路，盡快組織一支武裝，以求自保。
楊留總尋思道：大都辦事處被查封，這是皇帝發出要對我下手的第一個信號。哎，忠心耿耿為民請命，還落了個謀反的罪名，這世道黑白顛倒了！
受了莫大冤屈的楊留總還是繼續盡自己最大的努力去救濟那些需要幫助的苗族同胞。十天之后，被驅逐的京城辦事處腳夫吳天保回到了赤水峒，徑直去了楊留總的京涼坪兵營，盡管秋風微涼還有些許寒意，士兵們還是如往常一樣在熱火朝天的操練，沒有一絲反常的跡象。
吳天保火急火燎的問一個頭領：“楊將軍去哪里？”
頭領回答：“將軍去了儒林鄉賑災去了。”
“我暈死，死到臨頭了還有心思去賑災，我看他腦子是進水了不成。給我備馬，快！”
“將軍有令，軍營戰馬不得擅自動用。”頭領道。
“你還磨嘰個甚，我有急事要向將軍稟報。”吳天保到馬廄牽了一匹馬，翻身上馬就出了軍營，頭領攔也攔不住。
吳天保雖然是腳夫，他之所以敢闖軍營，是因為楊留總和他是生死之交，鐵桿哥們，頭領拿他沒轍。吳天保一路狂奔，到了儒林鄉十里樹的一棵古樹下，終于找了楊留總。
正在賑災的楊留總見吳天保騎了自己營地的戰馬飛奔而來，大吃一驚：“不是說了不準去我軍營找我的嗎？
“大哥，我在回來的路上，發現各地都在調集兵馬，是沖你來的！”吳天保道。
“莫非圣上真的要動手了？”楊留總還是不相信這是真的。
“大哥，我吳天保什么時候騙你了？這是不是兒戲。”
“借一步說話。”楊留總離開了人群，“天保，現在我們怎么辦？”
“還能怎么辦？反了好了！”
“不行啊，我楊家將時代深受皇恩。反就是大逆不道。”
“此一時彼一時，君要臣死，臣不得不死。如果你想被冤殺，就隨便你了。”
“我要上京面圣......”
“你想自投羅網嗎”
“岳武穆你又不是不知道,申冤有個屁用！京城的十幾個兄弟都被捕了，生死未卜。我是冒死逃回來的，再遲疑我們都得死，”
“事已至此，那只好起兵了，戰死總比冤死強。”楊留總仰天長嘆一聲。
“現在我們不能回赤水峒軍營了，那里的弟兄們知道大哥起事一定會誓死追隨的。”......
楊留總和吳天保兩人騎馬向扶城峒方向去了，那里也是楊家將的軍事基地，易守難攻。到了扶城峒峒寨，藍家和李家的兵丁見楊留總兩個神色匆匆而來，馬上將其引入峒寨，和諸長老見了面。
楊留總說：“我傾家資賑災，忠心不二。而今皇帝昏庸，聽信讒言，準備興兵攻打我城步寨......”
眾長老一個個義憤填膺:“橫嶺峒、莫宜峒、蓬峒等峒寨糧食也差不多沒有了，仍不見朝廷一粒糧食，我們非餓死不可了！”
“與其餓死，不如起來反抗！”
“反了，我們都反了！”
“橫豎一個死，要死就要死得其所！”
“諸位，朝廷是想要我的人頭，如果我死能換來城步寨老百姓的生機，我寧愿自縛上京！”
“將軍，不可！難道你忘了晟臺公了嗎？”
“未曾忘記。”
“那今天將軍就來仿效一回晟臺公，舉大計迫使朝廷改變策略。你就做我們的頭領吧！”
“諸位聽令，吳天保為振威將軍，藍猛為奮威將軍，李昊為征將軍......”楊留總此時決意起事了。
是年閏10月，楊留總、吳天保領導的苗瑤起義爆發了，靖州、綏寧、武岡、錦屏等地苗族、瑤族、侗族諸蠻紛紛響應，很快人數增加到十幾萬，義軍氣勢如虹，一舉攻克了黔陽。起義軍相繼攻克或占領了武岡、靖州、黔陽、辰州、沅州、敘州、城步、綏寧等地，形勢迅猛發展。
元朝聞訊，驚駭不已，急遣湖廣行省右丞沙班統軍前往寶慶，鎮壓楊留總義軍。這個沙班心狠手辣，和義軍初次交鋒以后，取得了勝利，將俘虜的義軍士兵統統斬首，把他們的頭顱懸掛在寶慶城樓耀武揚威。
班沙以為采取恐怖手段就可以瓦解義軍的斗志，火炮裝備也不帶了，輕裝追擊義軍，將義軍趕進了山林，就地扎營。到了山區，蒙古騎兵就成了強弩之末，義軍據山溪險要之處，伏擊官軍，官軍不敵，元軍大敗，一路后撤。楊留總率著他的數百親兵，徑直殺進了沙班的行營。
班沙見楊留總殺了進來，慌忙組織部下迎戰。楊留總和他大戰了二十回合，班沙逐漸體力不支，被楊留總一招霧里看花將班沙斬于馬下。元軍見統帥已死，四處潰散。隨后起義軍多次擊敗朝廷軍，已經占領了五溪地區的大部分州縣及廣西、貴州一帶。
至正九年（1349）三月，吳天保率領起義軍第五次攻打沅州，這次主力全部外出。元軍得知這一情報，分兵一萬，攜帶火炮、火箭等，乘著夜色，偷襲義軍的根據地零溪。
此時，楊留總僅有2000人馬留守零溪，沒有重型武器，可是他毫不畏懼。元軍用猛烈的炮火摧毀了義軍的營寨，將義軍包圍了。楊留總率領他的親兵迎戰五倍于己的元軍，來回沖殺，不料坐騎被炮火所傷，他跌落馬下。數千的元軍憑借著人多勢眾和充足的弓箭，射殺了大部分義軍。
楊留總身邊就剩不到十個人了，步步逼近的官軍殺不完，他已經是深受上百處創傷。楊留總大吼一聲，楊家將劃過，官軍又死傷十數人。今天是出不去了，楊留總再看自己的身邊，就剩三個人了，他甩出數十把飛刀，再次命中元軍。
敵人太多了，殺不完。領頭的元軍下令士兵后退，他說：“我要抓活的！弓箭手放箭！”一陣亂箭之后，楊留總手足均中箭十幾支，失去了抵抗力，就這樣成了元軍的俘虜。不久，楊留總在元大都英勇就義，起義進入低潮。
吳天保率領起義軍仍然堅持戰斗，有一支苗軍北上湖北，轉戰河南、攻克了滎陽等地。朝廷命江西和湖廣數省合兵會剿，歷時四年方才平息了這次苗民大起義。起義失敗后，元朝將參加這次起義的苗瑤人民共十余萬眾舉家謫守安徽濠州定遠一帶。
